More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8569 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  641    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 308 aa  237  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 316 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  41.53 
 
 		 308 aa  222  6e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 320 aa  219  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 324 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 324 aa  216  4e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 308 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 323 aa  206  5e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 328 aa  205  7e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 316 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 306 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 312 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 317 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 335 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  36.77 
 
 		 331 aa  178  9e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 304 aa  175  9e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 309 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.92 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.31 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.9 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  37.9 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  37.9 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.9 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  37.9 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.9 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.9 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.9 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 325 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  38.46 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.27 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  37.04 
 
 		 320 aa  159  6e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 324 aa  156  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 302 aa  153  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 316 aa  152  8e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 311 aa  152  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  33.66 
 
 		 318 aa  149  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  40.32 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 332 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 339 aa  140  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  32.38 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 310 aa  134  3e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 327 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 328 aa  133  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 336 aa  124  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 312 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1769  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0244764  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 300 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 300 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 306 aa  119  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2085  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>