187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_3977 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  100 
 
 
109 aa  218  3e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  79.82 
 
 
139 aa  174  5e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  79.82 
 
 
139 aa  173  6e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  79.82 
 
 
109 aa  172  9e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  75.23 
 
 
136 aa  164  5e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.12 
 
 
113 aa  108  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  50.45 
 
 
136 aa  106  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  44.04 
 
 
113 aa  103  6e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.87 
 
 
110 aa  102  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  46.36 
 
 
110 aa  101  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  42.59 
 
 
112 aa  100  6e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  41.82 
 
 
114 aa  100  9e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  44.04 
 
 
109 aa  98.6  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.04 
 
 
109 aa  98.6  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  48.15 
 
 
117 aa  97.8  4e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.95 
 
 
110 aa  97.4  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.12 
 
 
115 aa  97.1  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  40.74 
 
 
112 aa  95.5  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.73 
 
 
114 aa  95.5  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  44.04 
 
 
110 aa  92.8  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  47.32 
 
 
110 aa  93.2  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.82 
 
 
114 aa  92  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.82 
 
 
114 aa  92  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.28 
 
 
117 aa  86.3  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  39.09 
 
 
112 aa  83.2  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
119 aa  81.6  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
110 aa  80.9  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.53 
 
 
110 aa  79  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
116 aa  78.2  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
120 aa  77.4  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
119 aa  76.3  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
119 aa  76.3  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.94 
 
 
111 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.82 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  39.45 
 
 
110 aa  75.1  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
113 aa  73.9  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
113 aa  73.9  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.23 
 
 
121 aa  73.2  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
115 aa  72.4  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.05 
 
 
113 aa  72  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.18 
 
 
117 aa  70.9  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
113 aa  70.5  0.000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  32.46 
 
 
113 aa  69.7  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
113 aa  69.7  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.07 
 
 
117 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
123 aa  68.6  0.00000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  32.46 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  39.05 
 
 
110 aa  68.2  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3821  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.82 
 
 
130 aa  68.2  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.631833  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  67.4  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
117 aa  67.4  0.00000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
113 aa  67  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
114 aa  67  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.14 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.23 
 
 
124 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0331  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.24 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0315757  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  36.61 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  36.61 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.55 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.91 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.46 
 
 
113 aa  63.5  0.0000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.36 
 
 
125 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
114 aa  61.6  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  37.39 
 
 
113 aa  61.6  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.46 
 
 
117 aa  61.2  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
113 aa  60.5  0.000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.08 
 
 
135 aa  60.1  0.000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4512  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40 
 
 
114 aa  59.7  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1078  putative hydrogenase nickel incorporation protein  27.97 
 
 
171 aa  59.3  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0654843  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
128 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
114 aa  58.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.17 
 
 
123 aa  59.3  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2619  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.45 
 
 
137 aa  59.3  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.227524 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.91 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1931  hydrogenase nickel incorporation protein  28.57 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350795  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
113 aa  57.8  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.63 
 
 
128 aa  57.4  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
113 aa  57.4  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
112 aa  57  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>