More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1054 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_1184  Extracellular ligand-binding receptor  97.57 
 
 
370 aa  679    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333329  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1054  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
370 aa  709    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0988  Extracellular ligand-binding receptor  88.14 
 
 
371 aa  595  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0919893  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  42.03 
 
 
375 aa  318  1e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  43.14 
 
 
372 aa  316  5e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  45.17 
 
 
377 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  41.51 
 
 
373 aa  300  3e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  43.21 
 
 
372 aa  295  7e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  42.39 
 
 
388 aa  288  7e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3403  extracellular ligand-binding receptor  53.09 
 
 
378 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123353 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  38.01 
 
 
372 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  38.11 
 
 
371 aa  273  4.0000000000000004e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  38.6 
 
 
371 aa  259  5.0000000000000005e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.6 
 
 
371 aa  259  5.0000000000000005e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  39.18 
 
 
373 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  40.78 
 
 
368 aa  255  8e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1775  extracellular ligand-binding receptor  39.35 
 
 
370 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  37.68 
 
 
372 aa  247  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  39.18 
 
 
374 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  38.3 
 
 
371 aa  246  6e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  36.78 
 
 
371 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  39.5 
 
 
368 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4334  Extracellular ligand-binding receptor  37.11 
 
 
368 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.82 
 
 
374 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  40.78 
 
 
368 aa  243  5e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  37.64 
 
 
373 aa  242  6e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  36.39 
 
 
373 aa  241  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  38.12 
 
 
373 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  39.18 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  38.9 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  39 
 
 
373 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1118  extracellular ligand-binding receptor  37.23 
 
 
371 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.0000205251  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1782  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  38.37 
 
 
371 aa  239  5.999999999999999e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  39.18 
 
 
374 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  39.71 
 
 
417 aa  238  2e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  36.49 
 
 
371 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  37.35 
 
 
375 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  36.91 
 
 
371 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  40.18 
 
 
368 aa  232  8.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3328  extracellular ligand-binding receptor  39.55 
 
 
366 aa  232  9e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  38.33 
 
 
367 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  36.01 
 
 
371 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  37.6 
 
 
375 aa  230  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3769  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  37.5 
 
 
365 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  37.26 
 
 
413 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3759  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  37.22 
 
 
367 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  40.67 
 
 
366 aa  229  6e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3879  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  37.22 
 
 
367 aa  229  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  36.9 
 
 
378 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  36.54 
 
 
371 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2171  extracellular ligand-binding receptor  40.82 
 
 
370 aa  229  8e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  38.64 
 
 
373 aa  229  8e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  36.96 
 
 
378 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2213  extracellular ligand-binding receptor  35.41 
 
 
371 aa  228  9e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.650544 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3836  leucine-specific-binding protein  37.22 
 
 
365 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  36.96 
 
 
378 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  36.61 
 
 
371 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  36.63 
 
 
378 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3938  leucine-specific-binding protein  37.22 
 
 
367 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  37.26 
 
 
374 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3863  extracellular ligand-binding receptor  36.11 
 
 
366 aa  227  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  38.12 
 
 
372 aa  227  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  37.18 
 
 
372 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.18 
 
 
399 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  37.18 
 
 
372 aa  226  4e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  37.18 
 
 
372 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  37.18 
 
 
372 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  38.84 
 
 
364 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4919  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.5 
 
 
380 aa  226  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3743  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  36.69 
 
 
367 aa  225  8e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  38.33 
 
 
367 aa  225  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  36.69 
 
 
367 aa  225  9e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0255  Extracellular ligand-binding receptor  36.69 
 
 
367 aa  225  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3942  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  36.69 
 
 
367 aa  225  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  37.83 
 
 
372 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  38.01 
 
 
371 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  37.43 
 
 
371 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  37.43 
 
 
371 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  37.43 
 
 
371 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4780  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  36.69 
 
 
367 aa  225  1e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0244  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein  36.13 
 
 
371 aa  225  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3974  extracellular ligand-binding receptor  35.85 
 
 
371 aa  225  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3668  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  36.44 
 
 
371 aa  225  1e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.210463  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0552  extracellular ligand-binding receptor  36.73 
 
 
377 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0988947  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0228  extracellular ligand-binding receptor  36.16 
 
 
371 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03262  hypothetical protein  36.41 
 
 
367 aa  223  4e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03309  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  36.41 
 
 
367 aa  223  4e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0256  extracellular ligand-binding receptor  36.41 
 
 
367 aa  223  4e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3659  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  36.41 
 
 
367 aa  223  4e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  36.95 
 
 
371 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  35.47 
 
 
372 aa  223  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0098  Extracellular ligand-binding receptor  36.06 
 
 
370 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0104  Extracellular ligand-binding receptor  36.75 
 
 
370 aa  220  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0597  extracellular ligand-binding receptor  38.25 
 
 
378 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  35.71 
 
 
370 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  34.92 
 
 
373 aa  217  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 
374 aa  215  8e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0569  Extracellular ligand-binding receptor  36.72 
 
 
364 aa  215  9e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783749  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  35.67 
 
 
371 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  36.01 
 
 
370 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>