More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0001 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0001  LysR substrate binding domain protein  100 
 
 		 300 aa  613  9.999999999999999e-175  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000100891 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  43.88 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  45.21 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  44.98 
 
 		 320 aa  230  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  43.14 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 302 aa  225  8e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 323 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 323 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  38.23 
 
 		 296 aa  195  9e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.26 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.54 
 
 		 296 aa  193  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  39.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.12 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.12 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  37.76 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.36 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.12 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.12 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.12 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  38.57 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.52 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.52 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.52 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.78 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 320 aa  189  5.999999999999999e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.49 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  38.23 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.36 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  38.23 
 
 		 311 aa  187  3e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.84 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 308 aa  181  9.000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  38.18 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.43 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 318 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 318 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  34.63 
 
 		 317 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 324 aa  170  3e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 320 aa  169  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.31 
 
 		 319 aa  168  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 301 aa  168  8e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 315 aa  168  8e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 315 aa  168  9e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 323 aa  167  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 319 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  35.71 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 336 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 321 aa  166  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  34.72 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 321 aa  165  8e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.6 
 
 		 319 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.6 
 
 		 319 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  34.6 
 
 		 319 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.6 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.6 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 321 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.6 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.6 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  32.53 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.1 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3286  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.254644  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 308 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 317 aa  163  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 312 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 317 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  35.9 
 
 		 314 aa  162  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2149  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0529153 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  33.78 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>