More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3401 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  100 
 
 
396 aa  780    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  82.96 
 
 
395 aa  626  1e-178  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  84.03 
 
 
397 aa  594  1e-169  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  58.59 
 
 
396 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  59.67 
 
 
389 aa  391  1e-107  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  51.27 
 
 
399 aa  377  1e-103  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  40.73 
 
 
374 aa  278  2e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  41.33 
 
 
384 aa  270  2.9999999999999997e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  42.2 
 
 
376 aa  253  5.000000000000001e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  37.4 
 
 
419 aa  248  1e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  41.01 
 
 
398 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  38.97 
 
 
404 aa  239  9e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  37.93 
 
 
399 aa  238  1e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  38.75 
 
 
378 aa  237  3e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  39.19 
 
 
404 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  39.48 
 
 
404 aa  235  9e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  37.75 
 
 
402 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  37.75 
 
 
371 aa  226  6e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  38.92 
 
 
369 aa  223  6e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  38.32 
 
 
390 aa  219  7.999999999999999e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  35.07 
 
 
381 aa  219  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  37.35 
 
 
370 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1469  extracellular ligand-binding receptor  39.24 
 
 
370 aa  211  1e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000103418  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  37.58 
 
 
370 aa  212  1e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  36.52 
 
 
394 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  35.85 
 
 
392 aa  211  2e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  35.88 
 
 
382 aa  210  4e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
383 aa  208  1e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  37.33 
 
 
376 aa  205  1e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  35.31 
 
 
386 aa  204  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  34.02 
 
 
381 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0862  extracellular ligand-binding receptor  35.98 
 
 
375 aa  198  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  35.57 
 
 
390 aa  197  3e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  34.17 
 
 
386 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  35.46 
 
 
383 aa  194  2e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  35.44 
 
 
392 aa  192  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  34.01 
 
 
391 aa  191  2e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 
375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  34.02 
 
 
386 aa  190  4e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  35.57 
 
 
400 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  34.62 
 
 
391 aa  182  1e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  34.68 
 
 
376 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  34.1 
 
 
460 aa  179  7e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  33.06 
 
 
405 aa  179  7e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  35.88 
 
 
401 aa  179  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.68 
 
 
380 aa  179  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.68 
 
 
380 aa  179  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.68 
 
 
380 aa  179  9e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  36.96 
 
 
401 aa  179  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  34.39 
 
 
380 aa  177  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0475  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
372 aa  177  4e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000158967  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.39 
 
 
380 aa  177  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.39 
 
 
380 aa  177  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
397 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
397 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 
387 aa  176  7e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0399  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  33.43 
 
 
372 aa  176  7e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  34.19 
 
 
381 aa  176  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  32.96 
 
 
376 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.94 
 
 
388 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  34.1 
 
 
380 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.76 
 
 
402 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  34.38 
 
 
380 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  36.68 
 
 
401 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  34.97 
 
 
393 aa  175  9.999999999999999e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.03 
 
 
380 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.03 
 
 
380 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  35.03 
 
 
372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  32.41 
 
 
378 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
386 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.03 
 
 
380 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  35.03 
 
 
380 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.03 
 
 
380 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.64 
 
 
397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  34.1 
 
 
380 aa  173  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.14 
 
 
380 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  34.1 
 
 
380 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  34.1 
 
 
391 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  34.1 
 
 
391 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  34.18 
 
 
384 aa  172  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3860  extracellular ligand-binding receptor  35.45 
 
 
381 aa  172  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470803  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
397 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  32.4 
 
 
377 aa  172  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0371  extracellular ligand-binding receptor  34.87 
 
 
383 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  34.09 
 
 
376 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 
397 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.31 
 
 
386 aa  170  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  34.2 
 
 
384 aa  170  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  34.2 
 
 
384 aa  170  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1490  Extracellular ligand-binding receptor  32.21 
 
 
372 aa  169  6e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000299787  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  35.56 
 
 
384 aa  169  8e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 
381 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  33.91 
 
 
384 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  33.91 
 
 
384 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  33.91 
 
 
384 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 
380 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
386 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
376 aa  168  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
386 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 
372 aa  167  4e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>