More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2720 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  100 
 
 		 238 aa  481  1e-135  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1111  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  80.17 
 
 		 238 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.592876  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  62.77 
 
 		 240 aa  318  7e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  62.29 
 
 		 239 aa  314  7e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1366  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  60.26 
 
 		 235 aa  313  9.999999999999999e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  59.49 
 
 		 238 aa  309  2.9999999999999997e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2478  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  60.59 
 
 		 235 aa  304  8.000000000000001e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0927823  normal  0.689692 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3541  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  58.55 
 
 		 235 aa  303  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2557  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  56.36 
 
 		 238 aa  285  2.9999999999999996e-76  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.379328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0097  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  53.81 
 
 		 238 aa  280  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0094  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  53.39 
 
 		 238 aa  278  5e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4164  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  52.54 
 
 		 238 aa  269  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4051  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  52.97 
 
 		 238 aa  268  5e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0848168 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4258  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit G, iron-sulfur-binding protein  56.22 
 
 		 226 aa  259  3e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.27815  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0076  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  40.53 
 
 		 559 aa  180  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.75307  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.55 
 
 		 905 aa  175  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  41.43 
 
 		 355 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  42.65 
 
 		 359 aa  169  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2100  ferredoxin  42.93 
 
 		 609 aa  167  2e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.624892  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.85 
 
 		 911 aa  165  5.9999999999999996e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0839  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.87 
 
 		 946 aa  162  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.331727  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1473  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.07 
 
 		 947 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0442327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  38.65 
 
 		 579 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.1 
 
 		 886 aa  162  6e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.91 
 
 		 1000 aa  161  7e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  37.44 
 
 		 659 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.85 
 
 		 944 aa  159  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.79 
 
 		 898 aa  159  4e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.32 
 
 		 948 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1861  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.09 
 
 		 978 aa  159  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.53 
 
 		 947 aa  158  6e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.79 
 
 		 948 aa  158  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  38.5 
 
 		 899 aa  158  7e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.32 
 
 		 948 aa  158  8e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3019  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.44 
 
 		 957 aa  157  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0344  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  38.35 
 
 		 826 aa  157  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.47 
 
 		 979 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.65 
 
 		 960 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.28 
 
 		 956 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3552  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.65 
 
 		 960 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.85 
 
 		 948 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.85 
 
 		 948 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.65 
 
 		 983 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.2 
 
 		 960 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.65 
 
 		 983 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.65 
 
 		 983 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3479  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.94 
 
 		 946 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.389807 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  40 
 
 		 982 aa  155  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  41.55 
 
 		 307 aa  155  4e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.78 
 
 		 959 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.19 
 
 		 959 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.9 
 
 		 959 aa  155  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  38.12 
 
 		 573 aa  155  6e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  37.73 
 
 		 666 aa  155  7e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2853  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.44 
 
 		 960 aa  154  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.771386 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1080  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  36.44 
 
 		 960 aa  155  8e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  39.53 
 
 		 982 aa  154  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  39.73 
 
 		 977 aa  154  8e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.64 
 
 		 951 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2741  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.44 
 
 		 960 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.313061 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  40.19 
 
 		 957 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.72 
 
 		 983 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.72 
 
 		 983 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  36.8 
 
 		 573 aa  153  2e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.38 
 
 		 967 aa  153  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  37.25 
 
 		 578 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  38.57 
 
 		 573 aa  153  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  34.29 
 
 		 581 aa  153  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3089  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.33 
 
 		 959 aa  153  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.71 
 
 		 893 aa  153  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 984 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4024  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.32 
 
 		 966 aa  152  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3636  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.33 
 
 		 959 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.234983 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 984 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  39.34 
 
 		 984 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.72 
 
 		 983 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 984 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.03 
 
 		 952 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 984 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  40.38 
 
 		 590 aa  152  2.9999999999999998e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  39.05 
 
 		 593 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  36.36 
 
 		 573 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.59 
 
 		 900 aa  152  4e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  37.33 
 
 		 583 aa  152  4e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 984 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 984 aa  152  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2750  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.56 
 
 		 969 aa  152  5.9999999999999996e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0453604 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.25 
 
 		 903 aa  152  5.9999999999999996e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  37.44 
 
 		 353 aa  152  5.9999999999999996e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  37.2 
 
 		 576 aa  152  5.9999999999999996e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.19 
 
 		 983 aa  151  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  36.77 
 
 		 573 aa  151  7e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 984 aa  151  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  38.65 
 
 		 562 aa  151  8e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3269  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.01 
 
 		 942 aa  150  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.964291  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.79 
 
 		 949 aa  150  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.85 
 
 		 950 aa  150  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  35.75 
 
 		 582 aa  150  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.38 
 
 		 950 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0735  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.65 
 
 		 952 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>