194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2702 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  551  1e-156  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20620  Helix-turn-helix protein  41.91 
 
 		 281 aa  190  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0588198  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 288 aa  190  2e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  43.53 
 
 		 287 aa  186  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  40.51 
 
 		 282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 292 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  38.13 
 
 		 288 aa  180  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2430  transcriptional regulator, XRE family  37 
 
 		 276 aa  176  4e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  37.64 
 
 		 285 aa  176  5e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14260  Helix-turn-helix protein  36.86 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  40.07 
 
 		 288 aa  171  7.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  39.3 
 
 		 289 aa  171  9e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  39.21 
 
 		 289 aa  169  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  37.27 
 
 		 288 aa  168  9e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  39.86 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  35.23 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  41.03 
 
 		 295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  40.44 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  37.01 
 
 		 287 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  37.23 
 
 		 303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 284 aa  165  8e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  34.64 
 
 		 285 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  36.98 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  37.74 
 
 		 290 aa  163  3e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  39.45 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  37.05 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  37.41 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  37.5 
 
 		 283 aa  159  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  40.82 
 
 		 299 aa  159  5e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  36.16 
 
 		 288 aa  159  6e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  38.91 
 
 		 281 aa  158  8e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  35.51 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  37.99 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  34.88 
 
 		 287 aa  156  4e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  38.6 
 
 		 287 aa  155  7e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20570  Helix-turn-helix protein  38.87 
 
 		 289 aa  155  8e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.936379 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.36 
 
 		 284 aa  155  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  36.63 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  37.41 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  37.01 
 
 		 410 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.46 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  34.67 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  34.9 
 
 		 285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  37.17 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  37.23 
 
 		 291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  40.07 
 
 		 281 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6434  helix-turn-helix domain protein  37.96 
 
 		 279 aa  152  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.147514  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  35.44 
 
 		 294 aa  152  8e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  37.32 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  40.35 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  36.76 
 
 		 276 aa  150  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  36.79 
 
 		 283 aa  149  5e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12010  predicted transcription factor, MBF1 like protein  37.83 
 
 		 284 aa  149  5e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  39.62 
 
 		 280 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  39.23 
 
 		 280 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  36.88 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  37.07 
 
 		 301 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  34.67 
 
 		 285 aa  143  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  36.43 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 		 287 aa  139  7e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  35.13 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  35.76 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  36.36 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  35.76 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  34.39 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  32.16 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  37.74 
 
 		 270 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  34.19 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.82 
 
 		 278 aa  135  9e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  36.89 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0902  helix-turn-helix domain protein  36.17 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.579826  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  35.74 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  35.56 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  33.09 
 
 		 283 aa  132  6.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4578  transcriptional regulator, XRE family  36.97 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  30.87 
 
 		 328 aa  129  4.0000000000000003e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 278 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  30.8 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  33.72 
 
 		 278 aa  128  9.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.51 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  33.68 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0488  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.86 
 
 		 279 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.78 
 
 		 283 aa  125  6e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  33.09 
 
 		 293 aa  125  6e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  34.11 
 
 		 274 aa  125  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  33.33 
 
 		 293 aa  125  9e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  35.83 
 
 		 319 aa  125  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0579  transcriptional regulator, XRE family  38.38 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  38.86 
 
 		 212 aa  123  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1005  transcriptional regulator, XRE family  35.74 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4567  hypothetical protein  36.45 
 
 		 264 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.266381 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  38.6 
 
 		 302 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  32.12 
 
 		 278 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>