227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0467 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0467  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 		 385 aa  737    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.535785 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6150  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  66.41 
 
 		 409 aa  457  1e-127  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.274671  normal  0.61333 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4625  folate-binding protein YgfZ  55.67 
 
 		 368 aa  322  6e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2873  hypothetical protein  51.81 
 
 		 343 aa  311  2e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0376  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  56.16 
 
 		 369 aa  310  2e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.126236 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0313  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  55.09 
 
 		 369 aa  306  6e-82  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5037  folate-binding protein YgfZ  51.52 
 
 		 369 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0884  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  51.18 
 
 		 360 aa  299  5e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.233435  hitchhiker  0.00165742 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0480  folate-binding protein YgfZ  50.41 
 
 		 352 aa  296  4e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0919  LigA  52.05 
 
 		 328 aa  295  9e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0655  folate-binding protein YgfZ  51.02 
 
 		 328 aa  295  1e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6837  folate-binding protein YgfZ  48.03 
 
 		 364 aa  294  2e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4342  folate-binding protein YgfZ  51.94 
 
 		 340 aa  286  4e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.964763  normal  0.943713 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.47 
 
 		 352 aa  285  7e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0444  folate-binding protein YgfZ  46.74 
 
 		 389 aa  281  2e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.401201 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37750  folate-binding protein YgfZ  44.67 
 
 		 376 aa  273  3e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.356305 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8240  folate-binding protein YgfZ  47.51 
 
 		 335 aa  272  6e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.496327  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3086  folate-binding protein YgfZ  47.97 
 
 		 399 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150861 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04980  folate-binding protein YgfZ  48.48 
 
 		 369 aa  269  7e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3028  folate-binding protein YgfZ  51.56 
 
 		 379 aa  259  6e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4250  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.61 
 
 		 324 aa  256  5e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0974011  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3415  folate-binding protein YgfZ  46.89 
 
 		 396 aa  256  7e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0952  folate-binding protein YgfZ  46.72 
 
 		 389 aa  251  2e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10826  hypothetical protein  46.95 
 
 		 368 aa  250  2e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0841313 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5109  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.19 
 
 		 361 aa  247  2e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.80079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3008  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.19 
 
 		 361 aa  246  4e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.6459  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2719  folate-binding protein YgfZ  46.48 
 
 		 361 aa  242  6e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239345 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5709  folate-binding protein YgfZ  47.28 
 
 		 344 aa  241  1e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4536  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  48 
 
 		 356 aa  241  1e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.935602  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4623  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  48 
 
 		 356 aa  241  1e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4919  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  48 
 
 		 356 aa  240  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1638  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.35 
 
 		 367 aa  238  9e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.246382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03590  folate-binding protein YgfZ  45.94 
 
 		 386 aa  236  5.0000000000000005e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.663588 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3572  folate-binding protein YgfZ  44.81 
 
 		 349 aa  228  1e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0682209  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17390  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  42.86 
 
 		 398 aa  218  2e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25690  folate-binding protein YgfZ  42.86 
 
 		 369 aa  200  3.9999999999999996e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2628  glycine cleavage T protein, aminomethyl transferase  28.4 
 
 		 342 aa  98.6  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.509615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0266  folate-binding protein YgfZ  31.44 
 
 		 362 aa  98.2  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0098053 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  30.15 
 
 		 336 aa  96.7  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1501  folate-binding protein YgfZ  28.47 
 
 		 384 aa  92  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.119461  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0332  folate-binding protein YgfZ  27.86 
 
 		 386 aa  91.3  3e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.97102  normal  0.0439096 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3469  folate-binding protein YgfZ  28.32 
 
 		 375 aa  89  1e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1989  folate-binding protein YgfZ  25.74 
 
 		 354 aa  85.9  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.36576 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  32.24 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0748  folate-binding protein YgfZ  27.86 
 
 		 325 aa  84.3  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.485087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1254  folate-binding protein YgfZ  30.12 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.64 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0063  folate-binding protein YgfZ  23.82 
 
 		 356 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0061  folate-binding protein YgfZ  23.82 
 
 		 356 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000369449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.77 
 
 		 349 aa  81.3  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.77868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3708  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.43 
 
 		 324 aa  81.3  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106413 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0173  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.94 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2547  folate-binding protein YgfZ  25.64 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3533  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.8 
 
 		 337 aa  75.9  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2938  folate-binding protein YgfZ  30.94 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.428228  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3032  folate-binding protein YgfZ  30.59 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.156046  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0855  folate-binding protein YgfZ  27.58 
 
 		 339 aa  73.6  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.22028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2848  LigA  30.19 
 
 		 304 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  27.56 
 
 		 371 aa  70.5  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1651  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.95 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.411538 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2871  folate-binding protein YgfZ  25 
 
 		 326 aa  68.6  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0217  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.08 
 
 		 340 aa  67.8  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.3 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0737  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.12 
 
 		 364 aa  66.2  0.0000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  26.33 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1164  folate-binding protein YgfZ  29.63 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000602813  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.37 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.73 
 
 		 347 aa  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03031  GcvT-like aminomethyltransferase  31.43 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  hitchhiker  0.000485176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  26.71 
 
 		 348 aa  62.4  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0045  glycine cleavage system T protein  29.45 
 
 		 379 aa  62.4  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0961  glycine cleavage system T protein  30.77 
 
 		 364 aa  61.6  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.132468  normal  0.780252 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0094  glycine cleavage system T protein  31.52 
 
 		 401 aa  62  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  26.88 
 
 		 370 aa  62  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.49 
 
 		 364 aa  60.8  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2455  glycine cleavage system T protein  26.26 
 
 		 363 aa  60.5  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  24.32 
 
 		 371 aa  59.7  0.00000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2760  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.4 
 
 		 376 aa  58.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27 
 
 		 365 aa  58.5  0.0000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1945  aminomethyltransferase  25.08 
 
 		 366 aa  58.2  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000285507 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.57 
 
 		 354 aa  57.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3450  glycine cleavage T-protein barrel  24.83 
 
 		 327 aa  57.8  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0834766  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.25 
 
 		 293 aa  57  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  25.25 
 
 		 326 aa  57  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  36.17 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.8 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1720  glycine cleavage system T protein  25.09 
 
 		 365 aa  56.2  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.845128 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.1 
 
 		 373 aa  55.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1800  glycine cleavage system T protein  28.16 
 
 		 367 aa  55.8  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  38.3 
 
 		 287 aa  55.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00490  aminomethyltransferase  27.89 
 
 		 381 aa  53.9  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.155954 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3161  FAD dependent oxidoreductase  29.48 
 
 		 827 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  26.24 
 
 		 345 aa  54.3  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0954  glycine cleavage T-protein-like  25.55 
 
 		 344 aa  53.5  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.436358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.68 
 
 		 282 aa  53.5  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  29.45 
 
 		 293 aa  53.5  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.23 
 
 		 318 aa  53.5  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  40 
 
 		 354 aa  52.8  0.000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3487  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.13 
 
 		 375 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.478453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3160  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.13 
 
 		 375 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.94655  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>