213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_04980 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_04980  folate-binding protein YgfZ  100 
 
 
369 aa  726    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3086  folate-binding protein YgfZ  69.47 
 
 
399 aa  501  1e-141  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000150861 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0444  folate-binding protein YgfZ  64.92 
 
 
389 aa  481  1e-135  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.401201 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3028  folate-binding protein YgfZ  72.28 
 
 
379 aa  476  1e-133  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0884  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  59.38 
 
 
360 aa  381  1e-105  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.233435  hitchhiker  0.00165742 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3008  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  57.54 
 
 
361 aa  367  1e-100  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.6459  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3415  folate-binding protein YgfZ  58.13 
 
 
396 aa  359  3e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2719  folate-binding protein YgfZ  56.22 
 
 
361 aa  358  7e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239345 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03590  folate-binding protein YgfZ  53.85 
 
 
386 aa  318  7.999999999999999e-86  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.663588 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0480  folate-binding protein YgfZ  52 
 
 
352 aa  311  1e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17390  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  52.02 
 
 
398 aa  303  3.0000000000000004e-81  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4342  folate-binding protein YgfZ  53.49 
 
 
340 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.964763  normal  0.943713 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0919  LigA  51.96 
 
 
328 aa  303  4.0000000000000003e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321522  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0655  folate-binding protein YgfZ  50.69 
 
 
328 aa  297  2e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2873  hypothetical protein  49.42 
 
 
343 aa  291  1e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8240  folate-binding protein YgfZ  50.14 
 
 
335 aa  287  2.9999999999999996e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.496327  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  48.99 
 
 
352 aa  272  6e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0467  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  48.08 
 
 
385 aa  268  1e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.535785 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5037  folate-binding protein YgfZ  47.87 
 
 
369 aa  265  1e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4250  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  50.14 
 
 
324 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0974011  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37750  folate-binding protein YgfZ  42.97 
 
 
376 aa  256  4e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.356305 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6837  folate-binding protein YgfZ  45.09 
 
 
364 aa  254  2.0000000000000002e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0313  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.02 
 
 
369 aa  245  8e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0376  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.61 
 
 
369 aa  244  9.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.126236 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4625  folate-binding protein YgfZ  47.79 
 
 
368 aa  239  6.999999999999999e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25690  folate-binding protein YgfZ  45.22 
 
 
369 aa  226  5.0000000000000005e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0952  folate-binding protein YgfZ  41.69 
 
 
389 aa  223  3e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5709  folate-binding protein YgfZ  42.17 
 
 
344 aa  219  6e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3572  folate-binding protein YgfZ  44.51 
 
 
349 aa  216  5.9999999999999996e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0682209  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4536  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.94 
 
 
356 aa  199  6e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.935602  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4623  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  42.94 
 
 
356 aa  199  6e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4919  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  42.94 
 
 
356 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1638  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.19 
 
 
367 aa  196  6e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.246382  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10826  hypothetical protein  42.99 
 
 
368 aa  193  4e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0841313 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5109  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.68 
 
 
361 aa  192  5e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.80079  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6150  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  58.49 
 
 
409 aa  159  7e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.274671  normal  0.61333 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3469  folate-binding protein YgfZ  30.22 
 
 
375 aa  106  6e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0266  folate-binding protein YgfZ  33.03 
 
 
362 aa  104  3e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  hitchhiker  0.0098053 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1501  folate-binding protein YgfZ  27.17 
 
 
384 aa  102  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.119461  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.16 
 
 
349 aa  92  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.77868  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2628  glycine cleavage T protein, aminomethyl transferase  26.58 
 
 
342 aa  87.8  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.509615  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0332  folate-binding protein YgfZ  28.57 
 
 
386 aa  85.5  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.97102  normal  0.0439096 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  31.87 
 
 
293 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.21 
 
 
293 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0748  folate-binding protein YgfZ  26.97 
 
 
325 aa  79.3  0.00000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.485087  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0855  folate-binding protein YgfZ  27.6 
 
 
339 aa  79.3  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.22028  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.97 
 
 
293 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  44.34 
 
 
336 aa  74.7  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3450  glycine cleavage T-protein barrel  25.89 
 
 
327 aa  69.7  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0834766  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.07 
 
 
293 aa  69.3  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.46 
 
 
347 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.62 
 
 
293 aa  68.9  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.98 
 
 
328 aa  69.3  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.67 
 
 
294 aa  69.3  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  25.54 
 
 
291 aa  66.6  0.0000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.94 
 
 
354 aa  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  22.88 
 
 
268 aa  64.7  0.000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0173  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.55 
 
 
309 aa  65.1  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1164  folate-binding protein YgfZ  37.78 
 
 
302 aa  65.1  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000602813  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  28.21 
 
 
316 aa  65.5  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.32 
 
 
318 aa  63.5  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  29.97 
 
 
356 aa  62.8  0.000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  26.1 
 
 
370 aa  62.8  0.000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  26.52 
 
 
279 aa  62.8  0.000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.17 
 
 
316 aa  62.4  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  22.12 
 
 
354 aa  62.4  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0376  hypothetical protein  28.19 
 
 
267 aa  61.2  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.482866  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3692  folate-binding protein YgfZ  38.89 
 
 
267 aa  61.2  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0180331  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  25.08 
 
 
371 aa  59.7  0.00000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1800  glycine cleavage system T protein  26.01 
 
 
367 aa  60.1  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  25.41 
 
 
371 aa  59.7  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  26.86 
 
 
354 aa  58.9  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  22.56 
 
 
287 aa  58.9  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  25.38 
 
 
345 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.65 
 
 
288 aa  58.9  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.9 
 
 
335 aa  59.3  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.59 
 
 
292 aa  59.3  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1651  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.42 
 
 
327 aa  58.5  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.411538 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.52 
 
 
293 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.62 
 
 
348 aa  58.2  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1989  folate-binding protein YgfZ  24.13 
 
 
354 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.36576 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0340  putative aminomethyl transferase  27.75 
 
 
305 aa  57.8  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.89 
 
 
312 aa  57.4  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1804  glycine cleavage system T protein  25.77 
 
 
375 aa  57.4  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.280258  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2848  LigA  28.76 
 
 
304 aa  56.6  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.34 
 
 
282 aa  56.2  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.38 
 
 
344 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  25.47 
 
 
349 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.2 
 
 
344 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0278  hypothetical protein  21.9 
 
 
278 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.39 
 
 
344 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.08 
 
 
325 aa  55.1  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03031  GcvT-like aminomethyltransferase  29.93 
 
 
280 aa  55.5  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  hitchhiker  0.000485176  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02950  aminomethyltransferase  28.8 
 
 
388 aa  54.3  0.000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2938  folate-binding protein YgfZ  37.96 
 
 
304 aa  54.7  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.428228  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1254  folate-binding protein YgfZ  31.67 
 
 
322 aa  54.7  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.32 
 
 
348 aa  53.9  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2547  folate-binding protein YgfZ  26.05 
 
 
325 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  27.64 
 
 
284 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3708  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.28 
 
 
324 aa  53.9  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0106413 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>