More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0071 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3620  thiamine transporter membrane protein  74.91 
 
 
535 aa  744  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.393942  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0071  thiamine transporter membrane protein  100 
 
 
536 aa  1058  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.818645  normal  0.387113 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0118  thiamine transporter membrane protein  90.67 
 
 
536 aa  923  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0333218 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0113  thiamine transporter membrane protein  90.67 
 
 
536 aa  923  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.195449 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0614  thiamine transporter membrane protein  84.51 
 
 
536 aa  868  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.012901 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0059  thiamine transporter membrane protein  98.88 
 
 
536 aa  1044  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0114  thiamine transporter membrane protein  90.86 
 
 
536 aa  924  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.576888 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0118  thiamine transporter membrane protein  90.49 
 
 
536 aa  920  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0111  thiamine transporter membrane protein  90.67 
 
 
536 aa  922  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3809  thiamine transporter membrane protein  74.91 
 
 
535 aa  742  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0622  thiamine transporter membrane protein  75 
 
 
536 aa  705  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0072  thiamine transporter membrane protein  98.51 
 
 
536 aa  1045  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3590  thiamine transporter membrane protein  98.69 
 
 
536 aa  1046  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.838581  hitchhiker  4.63415e-06 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00068  hypothetical protein  98.51 
 
 
536 aa  1043  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00069  thiamin ABC transporter membrane protein  98.51 
 
 
536 aa  1043  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3532  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  98.13 
 
 
536 aa  1041  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0736  thiamine transporter membrane protein  74.91 
 
 
535 aa  726  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0583  thiamine transporter membrane protein  74.95 
 
 
537 aa  682  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221441  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0069  thiamine transporter membrane protein  98.88 
 
 
536 aa  1046  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0071  thiamine transporter membrane protein  98.88 
 
 
536 aa  1047  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2944  thiamine transporter membrane protein  74.16 
 
 
535 aa  748  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.305825 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3543  thiamine transporter membrane protein  74.53 
 
 
535 aa  752  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3415  thiamine transporter membrane protein  74.34 
 
 
535 aa  749  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001685  thiamin ABC transporter transmembrane component  49.32 
 
 
516 aa  449  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2118  thiamine transporter membrane protein  48.67 
 
 
530 aa  446  1e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00789  thiamine transporter membrane protein  48.43 
 
 
516 aa  442  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0350  thiamine transporter membrane protein  45.44 
 
 
540 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0386  thiamine transporter membrane protein  44.74 
 
 
534 aa  428  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1012  thiamine transporter membrane protein  42.31 
 
 
514 aa  389  1e-107  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.775062  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1758  thiamine transporter membrane protein  42.62 
 
 
543 aa  359  9e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000432752  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1141  thiamine transporter membrane protein  40.75 
 
 
541 aa  328  2e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3471  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  40.53 
 
 
509 aa  326  6e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3260  thiamine transporter membrane protein  41.81 
 
 
545 aa  322  9e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3108  thiamine transporter membrane protein  42.28 
 
 
531 aa  314  2e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1199  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  42.28 
 
 
555 aa  283  6e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.60189  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4267  thiamine transporter membrane protein  40.31 
 
 
542 aa  263  5e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0329  thiamine transporter membrane protein  38.59 
 
 
521 aa  256  7e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.356206 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1392  thiamine transporter membrane protein  38.01 
 
 
504 aa  254  3e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0059  thiamine transporter membrane protein  39.23 
 
 
504 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2817  thiamine transporter membrane protein  38.94 
 
 
523 aa  249  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229213  normal  0.678489 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2799  thiamine transporter membrane protein  38.17 
 
 
504 aa  246  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.85 
 
 
606 aa  117  4e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.19 
 
 
565 aa  108  3e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.43 
 
 
663 aa  107  5e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.745838  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.54 
 
 
544 aa  106  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.10733  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.95 
 
 
634 aa  106  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0144  thiamine ABC transporter, permease protein  23.09 
 
 
560 aa  103  9e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.997679  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.69 
 
 
564 aa  101  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.62 
 
 
515 aa  99.8  1e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.23 
 
 
550 aa  96.7  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.19 
 
 
572 aa  91.3  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  1.3975e-06  decreased coverage  0.00476885 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31200  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  24.95 
 
 
547 aa  87.4  7e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.393839  normal  0.564354 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.85 
 
 
597 aa  87  7e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  20.79 
 
 
510 aa  86.7  9e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.01 
 
 
540 aa  86.7  9e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.666018  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.58 
 
 
532 aa  85.9  2e-15  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.763133  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2199  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  32.86 
 
 
284 aa  84.3  5e-15  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.133413  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1449  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  30.2 
 
 
281 aa  83.2  1e-14  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.847792 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1924  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  33.5 
 
 
222 aa  81.3  4e-14  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4009  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.3 
 
 
278 aa  80.9  5e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2747  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysW  27.31 
 
 
274 aa  79.7  1e-13  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3355  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysW  27.31 
 
 
274 aa  79.7  1e-13  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0624  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  30 
 
 
278 aa  79.3  1e-13  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0309  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  30.16 
 
 
273 aa  79.3  2e-13  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0083  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.95 
 
 
273 aa  78.6  2e-13  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.04 
 
 
741 aa  79.3  2e-13  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.885166  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25 
 
 
512 aa  79  2e-13  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  6.49932e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2109  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  32.99 
 
 
284 aa  78.6  3e-13  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.440331  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.37 
 
 
742 aa  77.4  6e-13  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151959  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2052  ABC transporter, permease protein  28.27 
 
 
315 aa  77  7e-13  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.667193  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2479  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.89 
 
 
306 aa  77  8e-13  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.403062  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1520  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  26.79 
 
 
283 aa  76.6  9e-13  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.693982  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2337  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  26.79 
 
 
283 aa  76.6  9e-13  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0669426  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2546  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  26.79 
 
 
291 aa  76.6  1e-12  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.493495  normal  0.012535 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5844  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  28 
 
 
285 aa  76.6  1e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.443331  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0867  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  28.71 
 
 
289 aa  76.6  1e-12  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6756  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  28 
 
 
285 aa  76.6  1e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0586  ABC-type sulfate transport system, permease component  28.27 
 
 
315 aa  75.9  2e-12  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  1.33683e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1862  sulfate/thiosulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.52 
 
 
297 aa  75.5  2e-12  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0443356  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04590  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  25.05 
 
 
551 aa  75.5  2e-12  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0353  sulfate/thiosulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.52 
 
 
297 aa  75.9  2e-12  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303881  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2214  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  28.27 
 
 
315 aa  75.9  2e-12  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.201652  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1848  sulfate/thiosulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.52 
 
 
297 aa  75.9  2e-12  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.704864  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1697  sulfate/thiosulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.52 
 
 
297 aa  75.9  2e-12  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.127251  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1902  PhnU  28.27 
 
 
315 aa  75.9  2e-12  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1760  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  28.27 
 
 
315 aa  75.9  2e-12  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10579  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0489  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  28.27 
 
 
315 aa  75.9  2e-12  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357372  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0898  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  28.27 
 
 
315 aa  75.9  2e-12  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00123492  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0807  sulfate/thiosulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.52 
 
 
297 aa  75.9  2e-12  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2015  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.52 
 
 
306 aa  75.9  2e-12  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0857  ABC transporter, permease protein  28.27 
 
 
315 aa  75.9  2e-12  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.020364  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0966  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  30.89 
 
 
279 aa  75.9  2e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0121  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.86 
 
 
288 aa  75.1  3e-12  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5230  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  28.57 
 
 
272 aa  75.1  3e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283699  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1970  sulphate transport system permease protein 2:Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  28.47 
 
 
318 aa  74.7  3e-12  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.750184  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4543  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  32.78 
 
 
285 aa  74.7  3e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.199466  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1329  sulfate ABC transporter, permease protein, putative  24.09 
 
 
288 aa  74.7  4e-12  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0287943  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0292  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  28.97 
 
 
272 aa  74.7  4e-12  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.48873 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3401  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  30.53 
 
 
283 aa  74.7  4e-12  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4117  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  24.31 
 
 
282 aa  74.7  4e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.191331  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>