More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0843 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  72.71 
 
 
415 aa  638  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  1.11099e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1562  transcription termination factor Rho  84.1 
 
 
449 aa  733  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.135636  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  82.65 
 
 
415 aa  726  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  2.84119e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  83.61 
 
 
503 aa  726  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  72.22 
 
 
415 aa  644  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  83.86 
 
 
416 aa  731  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  100 
 
 
415 aa  843  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  8.58809e-11  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  80.92 
 
 
431 aa  711  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  73.19 
 
 
437 aa  634  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  1.45962e-05  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  71.01 
 
 
415 aa  631  1e-180  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  71.01 
 
 
415 aa  632  1e-180  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  1.84202e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  71.26 
 
 
415 aa  628  1e-179  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  71.5 
 
 
415 aa  627  1e-178  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.95561e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  70.29 
 
 
415 aa  625  1e-178  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.15458e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  70.77 
 
 
415 aa  626  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.87673e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  69.64 
 
 
415 aa  613  1e-174  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  5.48676e-08  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  69.47 
 
 
421 aa  612  1e-174  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  69.88 
 
 
414 aa  608  1e-173  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  4.67448e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  69.14 
 
 
422 aa  608  1e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  68.97 
 
 
422 aa  609  1e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  69.62 
 
 
421 aa  605  1e-172  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  68.42 
 
 
421 aa  601  1e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  67.94 
 
 
418 aa  603  1e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  68.66 
 
 
421 aa  601  1e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  69.14 
 
 
421 aa  603  1e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  68.18 
 
 
421 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  68.66 
 
 
421 aa  599  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  65.52 
 
 
435 aa  598  1e-170  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  67.87 
 
 
418 aa  598  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  67.87 
 
 
418 aa  598  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  68.42 
 
 
421 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1226  transcription termination factor Rho  66.75 
 
 
424 aa  600  1e-170  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  68.66 
 
 
421 aa  599  1e-170  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  68.9 
 
 
421 aa  598  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  68.66 
 
 
421 aa  597  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2293  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 
435 aa  596  1e-169  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.182483  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  66.59 
 
 
418 aa  594  1e-169  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  2.72927e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  68.66 
 
 
421 aa  595  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  68.66 
 
 
418 aa  597  1e-169  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  68.66 
 
 
421 aa  596  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  66.59 
 
 
418 aa  594  1e-169  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  3.92995e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  68.42 
 
 
421 aa  595  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1990  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 
435 aa  596  1e-169  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  67.79 
 
 
418 aa  597  1e-169  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 
421 aa  592  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 
419 aa  592  1e-168  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  67.07 
 
 
419 aa  591  1e-168  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0056  transcription termination factor Rho  66.35 
 
 
418 aa  592  1e-168  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.624347  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  67.79 
 
 
418 aa  590  1e-167  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  67.46 
 
 
429 aa  589  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2532  transcription termination factor Rho  68.74 
 
 
422 aa  590  1e-167  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  66.75 
 
 
436 aa  589  1e-167  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  68.97 
 
 
422 aa  591  1e-167  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 
419 aa  587  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2310  transcription termination factor Rho  66.59 
 
 
432 aa  587  1e-166  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000407022  normal  0.229849 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 
419 aa  587  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 
436 aa  587  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 
419 aa  582  1e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 
419 aa  582  1e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0204  transcription termination factor Rho  66.35 
 
 
419 aa  583  1e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2835  transcription termination factor Rho  65.71 
 
 
418 aa  583  1e-165  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.182498 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2863  transcription termination factor Rho  66.11 
 
 
420 aa  584  1e-165  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 
419 aa  582  1e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3002  transcription termination factor Rho  66.11 
 
 
420 aa  584  1e-165  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  65.95 
 
 
420 aa  581  1e-165  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  66.75 
 
 
436 aa  584  1e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 
419 aa  582  1e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3999  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 
419 aa  580  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4220  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 
419 aa  580  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00203599  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 
419 aa  578  1e-164  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  66.03 
 
 
428 aa  579  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4146  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 
419 aa  580  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4003  transcription termination factor Rho  65.62 
 
 
419 aa  579  1e-164  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499603  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  66.03 
 
 
447 aa  578  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2668  transcription termination factor Rho  66.03 
 
 
422 aa  578  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.169241  normal  0.40239 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2892  transcription termination factor Rho  65.79 
 
 
422 aa  578  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4293  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 
419 aa  580  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4139  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 
419 aa  580  1e-164  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0009  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 
421 aa  580  1e-164  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  1.7892e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4197  transcription termination factor Rho  65.62 
 
 
419 aa  578  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4246  transcription termination factor Rho  65.62 
 
 
419 aa  578  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4128  transcription termination factor Rho  65.62 
 
 
419 aa  578  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4203  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 
450 aa  578  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4305  transcription termination factor Rho  65.62 
 
 
419 aa  578  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 
419 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4011  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 
450 aa  578  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0157  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 
419 aa  578  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 
419 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5215  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 
419 aa  580  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1231  transcription termination factor Rho  65.79 
 
 
422 aa  578  1e-164  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287939  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4143  transcription termination factor Rho  65.62 
 
 
419 aa  578  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2469  transcription termination factor Rho  64.9 
 
 
419 aa  578  1e-164  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00570  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 
421 aa  578  1e-164  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.576624  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  65.38 
 
 
419 aa  579  1e-164  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4194  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 
419 aa  580  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  7.94569e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 
419 aa  577  1e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00336  transcription termination factor Rho  65.62 
 
 
419 aa  574  1e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2806  transcription termination factor Rho  64.18 
 
 
420 aa  574  1e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0160  transcription termination factor Rho  65.38 
 
 
419 aa  575  1e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.227506 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2055  transcription termination factor Rho  65.47 
 
 
419 aa  577  1e-163  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.224008  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>