118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0210 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0210  transcriptional regulator NikR, CopG family  100 
 
 		 140 aa  287  4e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.547655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3231  nickel responsive regulator  68.35 
 
 		 139 aa  200  6e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.758254  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0474  nickel responsive regulator  64.75 
 
 		 139 aa  191  2e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0139967 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1320  nickel responsive regulator  63.31 
 
 		 139 aa  186  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00541993 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2956  nickel responsive regulator  61.7 
 
 		 139 aa  184  5e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0649578  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2218  nickel responsive regulator  52.24 
 
 		 141 aa  154  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0455847  hitchhiker  0.00550238 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0772  nickel responsive regulator  51.08 
 
 		 139 aa  150  5e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3628  nickel responsive regulator  51.08 
 
 		 139 aa  148  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3562  nickel responsive regulator  51.08 
 
 		 139 aa  147  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2980  nickel responsive regulator  48.94 
 
 		 139 aa  147  5e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0494  nickel responsive regulator  49.64 
 
 		 139 aa  146  9e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1765  nickel responsive regulator  52.86 
 
 		 138 aa  145  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2090  nickel responsive regulator  48.2 
 
 		 139 aa  141  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000414666  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0193  nickel responsive regulator  44.03 
 
 		 143 aa  139  9e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0129549  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0497  nickel responsive regulator  48.89 
 
 		 139 aa  137  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.492849  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0525  nickel responsive regulator  49.63 
 
 		 139 aa  137  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.317174  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0530  nickel responsive regulator  48.89 
 
 		 139 aa  136  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0440783  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0662  nickel responsive regulator  45.19 
 
 		 140 aa  136  1e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0229415  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3075  transcriptional regulator NikR, CopG family  44.53 
 
 		 140 aa  132  1.9999999999999998e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.251737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1182  nickel responsive regulator  44.78 
 
 		 141 aa  131  3e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2765  nickel responsive regulator  45.93 
 
 		 139 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.648121  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3947  nickel responsive regulator  44.88 
 
 		 154 aa  124  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1201  nickel responsive regulator  39.55 
 
 		 141 aa  120  5e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00550  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain and metal-binding domain  42.75 
 
 		 172 aa  120  7e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0327438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1017  nickel responsive regulator  38.81 
 
 		 141 aa  119  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1664  nickel responsive regulator  38.06 
 
 		 141 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00610  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain protein and metal-binding domain protein  43.28 
 
 		 140 aa  118  1.9999999999999998e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0616517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0929  nickel responsive regulator  38.06 
 
 		 141 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2041  CopG family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 140 aa  116  9.999999999999999e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000563555  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0162  CopG family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 139 aa  115  9.999999999999999e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0507  nickel responsive regulator  40.94 
 
 		 140 aa  114  6e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2805  nickel responsive regulator  40.16 
 
 		 156 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.20015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1135  putative transcriptional regulator, CopG family  39.69 
 
 		 131 aa  112  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.548865 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1371  transcriptional regulator NikR, CopG family  38.28 
 
 		 135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.551897  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2003  putative transcriptional regulator, CopG family  37.5 
 
 		 134 aa  111  4.0000000000000004e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000417208  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2239  CopG family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 140 aa  110  5e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.849236  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1897  nickel responsive regulator  38.69 
 
 		 137 aa  110  8.000000000000001e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2743  CopG family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 138 aa  110  9e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00281756  hitchhiker  0.00032337 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0355  nickel responsive regulator  37.96 
 
 		 137 aa  109  1.0000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000375481  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0606  putative transcriptional regulator, CopG family  39.68 
 
 		 140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3111  nickel responsive regulator  40.16 
 
 		 164 aa  108  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1953  nickel responsive regulator  38.71 
 
 		 167 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.414583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2250  CopG family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 141 aa  107  5e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000647292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4064  CopG family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 147 aa  107  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.516784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2008  CopG family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 139 aa  106  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1100  NikR nickel binding protein  36.64 
 
 		 137 aa  106  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0842  CopG family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 151 aa  105  2e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.514267  normal  0.251181 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1768  putative transcriptional regulator, CopG family  34.81 
 
 		 135 aa  105  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.123509  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7612  nickel responsive regulator  39.37 
 
 		 132 aa  105  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1643  CopG family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 140 aa  104  5e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.0000269216 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0271  transcriptional regulator NikR, CopG family  37.8 
 
 		 135 aa  104  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1344  putative transcriptional regulator, CopG family  41.73 
 
 		 147 aa  102  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000723092  unclonable  0.00000108063 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1234  nickel responsive regulator  39.37 
 
 		 153 aa  102  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0488  CopG family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 134 aa  102  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.632627  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0220  transcriptional regulator NikR, CopG family  37.8 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3645  CopG family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 136 aa  100  9e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0934  nickel responsive regulator  35.29 
 
 		 140 aa  99.8  1e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6191  CopG family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 167 aa  99.4  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5239  nickel responsive regulator  41.6 
 
 		 147 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0870  nickel-responsive regulator  33.59 
 
 		 138 aa  98.2  3e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0805  nickel responsive regulator  38.58 
 
 		 132 aa  96.7  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.822913  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0755  nickel responsive regulator  38.58 
 
 		 132 aa  96.7  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1674  nickel-responsive regulator  34.62 
 
 		 136 aa  95.1  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.750347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2412  nickel responsive regulator  39.55 
 
 		 140 aa  94.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.0049093  normal  0.0222031 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3039  nickel responsive regulator  39.39 
 
 		 139 aa  94  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3086  putative transcriptional regulator, CopG family  37.12 
 
 		 150 aa  93.6  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.817448  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3004  nickel responsive regulator  36.22 
 
 		 138 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.37343 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3341  nickel responsive regulator  36.8 
 
 		 138 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.370359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0795  transcriptional regulator NikR, CopG family  35.61 
 
 		 148 aa  90.1  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1397  putative transcriptional regulator, CopG family  40.31 
 
 		 139 aa  89.7  1e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.640554  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3853  nickel responsive regulator  40 
 
 		 145 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3896  nickel responsive regulator  40 
 
 		 145 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3776  nickel responsive regulator  41.6 
 
 		 133 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.472074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3786  nickel responsive regulator  40 
 
 		 145 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3956  nickel responsive regulator  40 
 
 		 145 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03330  nickel responsive regulator  40.8 
 
 		 133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0234  putative transcriptional regulator, CopG family  40.8 
 
 		 133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1839  nickel responsive regulator  40.8 
 
 		 133 aa  87.4  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.442629  normal  0.0456101 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3680  nickel responsive regulator  40.8 
 
 		 133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3965  nickel responsive regulator  40.8 
 
 		 133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0235  nickel responsive regulator  40.8 
 
 		 133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3840  nickel responsive regulator  40.8 
 
 		 133 aa  87.4  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4821  nickel responsive regulator  40.8 
 
 		 133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03283  hypothetical protein  40.8 
 
 		 133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3765  nickel responsive regulator  40 
 
 		 133 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0076  CopG family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 151 aa  84  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0039  CopG family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 152 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.248709 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0164  transcriptional regulator NikR, CopG family  33.91 
 
 		 172 aa  83.2  0.000000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.200645  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1855  CopG family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 156 aa  82  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1789  CopG family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 157 aa  72.4  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6071  CopG family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 153 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1563  CopG family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0911  transcriptional regulator NikR, CopG family  28.71 
 
 		 142 aa  65.9  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0193  CopG family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.272405 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0299  transcriptional regulator NikR, CopG family  34.21 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.345818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1897  transcriptional regulator NikR, CopG family  28.21 
 
 		 142 aa  65.5  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.208975 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0411  CopG family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.629331  normal  0.0285278 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3104  transcriptional regulator NikR, CopG family  27.35 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4927  transcriptional regulator NikR, CopG family  26.87 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0269  transcriptional regulator NikR, CopG family  24.79 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.38556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>