More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1743 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.6 
 
 		 957 aa  691    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 930 aa  1927    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.96 
 
 		 921 aa  627  1e-178  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.28 
 
 		 921 aa  580  1e-164  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.22 
 
 		 927 aa  558  1e-157  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  35.98 
 
 		 929 aa  544  1e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.8 
 
 		 934 aa  541  9.999999999999999e-153  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.33 
 
 		 956 aa  535  1e-150  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.88 
 
 		 944 aa  535  1e-150  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.76 
 
 		 934 aa  488  1e-136  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.65 
 
 		 934 aa  487  1e-136  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.25 
 
 		 952 aa  487  1e-136  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.55 
 
 		 934 aa  486  1e-135  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.44 
 
 		 934 aa  484  1e-135  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.72 
 
 		 934 aa  479  1e-134  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.65 
 
 		 934 aa  479  1e-133  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.72 
 
 		 934 aa  479  1e-133  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.65 
 
 		 934 aa  479  1e-133  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.72 
 
 		 934 aa  479  1e-133  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.8 
 
 		 934 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.37 
 
 		 929 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.24 
 
 		 921 aa  444  1e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.06 
 
 		 909 aa  431  1e-119  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  35.88 
 
 		 838 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  35.07 
 
 		 822 aa  397  1e-109  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  34.27 
 
 		 840 aa  386  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  36.22 
 
 		 851 aa  384  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  35.6 
 
 		 843 aa  384  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  33.24 
 
 		 832 aa  379  1e-103  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  33.75 
 
 		 876 aa  377  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  33.28 
 
 		 646 aa  361  3e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  34.98 
 
 		 729 aa  359  9.999999999999999e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  33.29 
 
 		 843 aa  359  9.999999999999999e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3854  helicase c2  32.77 
 
 		 830 aa  357  5.999999999999999e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000920192 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  31.89 
 
 		 709 aa  349  1e-94  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4323  helicase c2  35.16 
 
 		 631 aa  349  2e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1106  helicase c2  33.82 
 
 		 636 aa  345  2.9999999999999997e-93  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.243566 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  35.06 
 
 		 659 aa  343  1e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  34.91 
 
 		 633 aa  342  2e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  33.43 
 
 		 725 aa  341  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1235  helicase c2  33.85 
 
 		 743 aa  341  2.9999999999999998e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895293  normal  0.149585 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4459  helicase c2  34.76 
 
 		 633 aa  341  2.9999999999999998e-92  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157065  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  35.29 
 
 		 640 aa  341  5e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  33.29 
 
 		 725 aa  340  5e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.29 
 
 		 960 aa  337  7e-91  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  34.92 
 
 		 674 aa  336  9e-91  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  32.36 
 
 		 639 aa  325  3e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3112  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.88 
 
 		 966 aa  325  3e-87  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000116759  hitchhiker  0.000000000648685 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  28.1 
 
 		 954 aa  324  4e-87  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  33.72 
 
 		 641 aa  322  3e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0897  helicase c2  32.47 
 
 		 647 aa  319  1e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  31.53 
 
 		 658 aa  319  1e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  33.53 
 
 		 651 aa  318  2e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14100  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  26.29 
 
 		 1043 aa  317  8e-85  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1403  helicase c2  34.83 
 
 		 757 aa  316  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127709  hitchhiker  0.000000348035 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  31.38 
 
 		 653 aa  313  1e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0709  helicase c2  32.95 
 
 		 650 aa  312  2e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.968194 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2809  helicase c2  31.78 
 
 		 707 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0820  helicase c2  32.53 
 
 		 650 aa  310  8e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.932295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2207  putative ATP-dependent helicase  34.09 
 
 		 749 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  33.73 
 
 		 755 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  0.000000000263353 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  33.23 
 
 		 751 aa  308  4.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.49 
 
 		 978 aa  307  5.0000000000000004e-82  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2251  ATP-dependent helicase, putative  33.63 
 
 		 755 aa  307  7e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247338  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1859  helicase c2  32.22 
 
 		 674 aa  304  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1269  helicase c2  31.93 
 
 		 636 aa  303  7.000000000000001e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1805  helicase c2  32.17 
 
 		 659 aa  302  2e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2172  helicase c2  31.98 
 
 		 659 aa  302  2e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2147  helicase c2  33.48 
 
 		 641 aa  301  3e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0303331  hitchhiker  0.00135971 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2517  ATP-dependent helicase, DEXD family  33.48 
 
 		 641 aa  301  3e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.764826  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2424  helicase c2  32.46 
 
 		 669 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2532  helicase c2  32.41 
 
 		 640 aa  299  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  32.85 
 
 		 664 aa  298  3e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01778  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  32.09 
 
 		 636 aa  297  8e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.548012  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1825  helicase c2  32.09 
 
 		 636 aa  297  8e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979985  normal  0.491186 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1896  hypothetical protein  32.09 
 
 		 636 aa  297  8e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  32.09 
 
 		 636 aa  297  8e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2535  hypothetical protein  32.09 
 
 		 636 aa  297  8e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2034  hypothetical protein  32.09 
 
 		 636 aa  297  8e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1835  helicase c2  32.09 
 
 		 636 aa  296  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00837342  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  32.09 
 
 		 636 aa  296  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1295  helicase c2  32.58 
 
 		 664 aa  296  1e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2413  helicase c2  32.46 
 
 		 669 aa  296  1e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0561182  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3486  helicase c2  32.22 
 
 		 698 aa  295  2e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  32.23 
 
 		 636 aa  294  6e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2068  hypothetical protein  31.95 
 
 		 636 aa  293  1e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2081  ATP-dependent helicase DinG  32.18 
 
 		 633 aa  290  7e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  31.3 
 
 		 645 aa  287  7e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2013  helicase c2  31.47 
 
 		 639 aa  286  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.479282  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0528  helicase c2  29.64 
 
 		 667 aa  285  2.0000000000000002e-75  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3841  helicase c2  32.4 
 
 		 665 aa  285  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.478709  normal  0.0359375 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3855  helicase c2  32.4 
 
 		 665 aa  285  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.210682  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3929  helicase c2  32.4 
 
 		 665 aa  285  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0336304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1812  helicase c2  30.48 
 
 		 706 aa  283  8.000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2005  putative ATP-dependent DNA helicase-related protein  31.65 
 
 		 666 aa  282  3e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.349435 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1990  helicase c2  32.2 
 
 		 649 aa  281  4e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  30.94 
 
 		 670 aa  281  6e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3093  helicase c2  32.79 
 
 		 681 aa  280  7e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2347  helicase c2  33.14 
 
 		 670 aa  278  4e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.490547  normal  0.859108 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2877  helicase c2  31.56 
 
 		 658 aa  277  6e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>