More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0428 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0428  thioredoxin  100 
 
 
110 aa  222  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0530  thioredoxin  77.14 
 
 
114 aa  174  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.303131  normal  0.878071 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0093  thioredoxin  68.87 
 
 
106 aa  158  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00548015 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0867  thioredoxin  58.65 
 
 
105 aa  140  7e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.800963  hitchhiker  0.0030343 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0180  thioredoxin  55.14 
 
 
115 aa  134  3e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0922  thioredoxin  56.07 
 
 
108 aa  134  4e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0649  hypothetical protein  55.45 
 
 
109 aa  133  7e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.698912 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11511  thioredoxin  56.07 
 
 
107 aa  133  1e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1513  thioredoxin  58.49 
 
 
109 aa  132  1e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  4.29326e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04950  thioredoxin  52.94 
 
 
105 aa  131  2e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2654  thioredoxin  57.01 
 
 
107 aa  132  2e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4231  thioredoxin  57.01 
 
 
107 aa  132  2e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000465688 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1072  thioredoxin  55.14 
 
 
107 aa  131  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.888152  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11661  thioredoxin  55.14 
 
 
107 aa  131  3e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.113798  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11671  thioredoxin  55.14 
 
 
107 aa  131  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1206  thioredoxin  52.83 
 
 
109 aa  131  4e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.232039  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0813  thioredoxin  54.72 
 
 
109 aa  131  4e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1372  thioredoxin  57.43 
 
 
110 aa  130  5e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00473089  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0034  thioredoxin  53.47 
 
 
104 aa  130  5e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3067  thioredoxin  52 
 
 
109 aa  130  7e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.788534  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2805  thioredoxin  55.88 
 
 
109 aa  130  8e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.686799 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0691  thioredoxin  53.27 
 
 
107 aa  129  1e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15251  thioredoxin  53.27 
 
 
107 aa  129  1e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11291  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  53.27 
 
 
148 aa  129  1e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.554772 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1150  thioredoxin  53.77 
 
 
109 aa  129  1e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  7.55865e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3312  thioredoxin  53.7 
 
 
109 aa  129  2e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.124332  normal  0.074373 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1261  thioredoxin  54.72 
 
 
109 aa  128  3e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.262262  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0301  thioredoxin  55.45 
 
 
106 aa  128  3e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0810  thioredoxin  57.28 
 
 
107 aa  128  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.195011 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  51.43 
 
 
108 aa  127  5e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3500  thioredoxin  58.25 
 
 
107 aa  127  6e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0720  thioredoxin  52.88 
 
 
107 aa  127  8e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1830  thioredoxin  53.27 
 
 
107 aa  126  1e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.260875 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2065  thioredoxin  48.62 
 
 
110 aa  126  1e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.568423 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1546  thioredoxin  52.83 
 
 
114 aa  126  1e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.350487  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1945  thioredoxin  51.92 
 
 
124 aa  126  1e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3311  thioredoxin  54.9 
 
 
125 aa  125  2e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105882  normal  0.0734612 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5927  thioredoxin  50.49 
 
 
110 aa  125  2e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365173  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09121  thioredoxin  54 
 
 
107 aa  125  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0402  thioredoxin  50 
 
 
107 aa  124  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0895025 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  52.38 
 
 
108 aa  124  4e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1359  thioredoxin  57.43 
 
 
109 aa  124  4e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1456  thioredoxin  57.43 
 
 
109 aa  124  4e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  49.52 
 
 
108 aa  124  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1323  thioredoxin  52 
 
 
107 aa  123  7e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.131811  hitchhiker  0.00367785 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3190  thioredoxin  53.47 
 
 
108 aa  123  8e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  hitchhiker  0.00537167 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2067  thioredoxin  49.51 
 
 
107 aa  123  9e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1545  thioredoxin  51.85 
 
 
110 aa  123  9e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.24811  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2898  thioredoxin  51.96 
 
 
133 aa  122  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002097  thioredoxin  52.38 
 
 
108 aa  122  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00313258  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0147  thioredoxin 1  53.33 
 
 
108 aa  123  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000169587  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00337  thioredoxin  52.38 
 
 
108 aa  122  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1196  thioredoxin  49.06 
 
 
109 aa  122  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  50.48 
 
 
108 aa  123  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2195  thioredoxin  53.92 
 
 
110 aa  122  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173373  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4155  thioredoxin  52.43 
 
 
107 aa  122  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2698  thioredoxin  52.38 
 
 
108 aa  122  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0171911  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2496  thioredoxin  56.44 
 
 
109 aa  122  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.182202  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4115  thioredoxin  52.43 
 
 
107 aa  122  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0351  thioredoxin  50.49 
 
 
107 aa  122  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.537931  normal  0.872759 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0460  thioredoxin  50.48 
 
 
108 aa  121  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.810082  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0398  thioredoxin  51.43 
 
 
108 aa  121  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31565  predicted protein  57.29 
 
 
123 aa  121  4e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4222  thioredoxin  49.52 
 
 
108 aa  120  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0161465  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3022  thioredoxin  55.1 
 
 
108 aa  120  5e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0505  thioredoxin  52.08 
 
 
109 aa  120  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000129794  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4110  thioredoxin  50.48 
 
 
108 aa  120  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.465308  hitchhiker  7.24164e-05 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3336  thioredoxin  49.02 
 
 
259 aa  120  9e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2309  thioredoxin  56 
 
 
108 aa  119  1e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  7.56824e-06  normal  0.11067 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  48.57 
 
 
108 aa  119  1e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  50 
 
 
110 aa  119  1e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  50.98 
 
 
110 aa  119  1e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  50 
 
 
110 aa  119  1e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  48.57 
 
 
108 aa  119  1e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  50.52 
 
 
109 aa  119  1e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0410  thioredoxin  48.57 
 
 
108 aa  119  1e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2256  thioredoxin  50.96 
 
 
105 aa  119  1e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435277 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_599  thioredoxin  49.04 
 
 
107 aa  119  1e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  1.30429e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  48.57 
 
 
108 aa  119  1e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3068  thioredoxin  51.02 
 
 
109 aa  119  1e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.61955e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2292  thioredoxin  54 
 
 
120 aa  119  2e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.345169  normal  0.308955 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  48.57 
 
 
108 aa  118  2e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.447164 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1908  thioredoxin  51.49 
 
 
106 aa  119  2e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00177252  normal  0.288463 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2639  thioredoxin  51.96 
 
 
110 aa  119  2e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0886828  hitchhiker  0.00590655 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0175  thioredoxin  47.62 
 
 
108 aa  119  2e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1307  thioredoxin  51.49 
 
 
108 aa  118  2e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0171  thioredoxin  51.92 
 
 
105 aa  119  2e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.620565  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1989  thioredoxin  52.43 
 
 
108 aa  119  2e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.154515  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1199  thioredoxin  48.54 
 
 
107 aa  119  2e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  5.34537e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  47.62 
 
 
108 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2997  thioredoxin  54.84 
 
 
108 aa  118  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.140108  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  47.62 
 
 
108 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  47.62 
 
 
108 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  8.66569e-05 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1283  thioredoxin 1  51.96 
 
 
109 aa  118  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.149215  normal  0.0874847 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2263  thioredoxin  51.96 
 
 
110 aa  118  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  47.62 
 
 
108 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0921  thioredoxin  47.52 
 
 
107 aa  118  3e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  4.45063e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2548  thioredoxin  48.57 
 
 
109 aa  118  3e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.543523  normal  0.158534 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3433  thioredoxin  48.57 
 
 
108 aa  117  4e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1138  thioredoxin  50 
 
 
106 aa  117  4e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.898127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>