More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0489 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0489  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 176 aa  353  5.999999999999999e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0000720798  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0983  translation initiation factor IF-3  77.91 
 
 		 176 aa  264  4e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0708  translation initiation factor IF-3  77.33 
 
 		 176 aa  252  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00002338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2638  translation initiation factor IF-3  73.62 
 
 		 169 aa  242  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.294805  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  65.03 
 
 		 173 aa  231  6e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  60.84 
 
 		 173 aa  218  3e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  56.21 
 
 		 172 aa  204  6e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  54.88 
 
 		 171 aa  199  1.9999999999999998e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  53.7 
 
 		 207 aa  193  1e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  57.4 
 
 		 173 aa  192  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  52.05 
 
 		 173 aa  191  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  52.73 
 
 		 194 aa  191  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  52.69 
 
 		 174 aa  191  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  52.73 
 
 		 194 aa  191  5e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  53.25 
 
 		 169 aa  191  6e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  52.12 
 
 		 194 aa  189  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 		 202 aa  190  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  49.43 
 
 		 178 aa  188  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  57.42 
 
 		 177 aa  188  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  53.29 
 
 		 238 aa  187  5e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  53.01 
 
 		 178 aa  187  8e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  49.43 
 
 		 204 aa  186  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0713  translation initiation factor 3  55.15 
 
 		 249 aa  186  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.814826 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  53.89 
 
 		 190 aa  186  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  51.95 
 
 		 156 aa  186  1e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  52.35 
 
 		 175 aa  186  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0364  translation initiation factor 3  49.43 
 
 		 182 aa  185  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297976  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  51.45 
 
 		 177 aa  185  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  51.45 
 
 		 183 aa  185  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  51.45 
 
 		 183 aa  185  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  54.84 
 
 		 174 aa  185  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  53.7 
 
 		 183 aa  185  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  52.76 
 
 		 173 aa  184  7e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  54.14 
 
 		 179 aa  184  7e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  51.5 
 
 		 200 aa  184  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  54.97 
 
 		 154 aa  183  9e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  52.69 
 
 		 192 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  52.98 
 
 		 178 aa  183  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  52.98 
 
 		 178 aa  183  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  54.14 
 
 		 173 aa  183  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  51.85 
 
 		 197 aa  182  2.0000000000000003e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 357 aa  182  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  51.81 
 
 		 173 aa  182  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0930  translation initiation factor 3  49.42 
 
 		 178 aa  181  3e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  52.47 
 
 		 198 aa  181  4.0000000000000006e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000135112  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  50.9 
 
 		 225 aa  181  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1975  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 233 aa  181  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  56.49 
 
 		 155 aa  181  6e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 		 173 aa  181  6e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  52.76 
 
 		 173 aa  181  6e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0077  translation initiation factor IF-3  50.88 
 
 		 171 aa  181  6e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1988  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 230 aa  180  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.61417  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1903  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 232 aa  180  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.982503  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  51.5 
 
 		 192 aa  180  8.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  49.71 
 
 		 176 aa  180  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  50.9 
 
 		 178 aa  179  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 173 aa  179  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0522  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 193 aa  179  2e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.0000000692532  hitchhiker  0.000000579185 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 		 190 aa  179  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 173 aa  179  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  50.93 
 
 		 202 aa  179  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  53.59 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 		 195 aa  178  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000432272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 		 195 aa  178  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 		 195 aa  178  2.9999999999999997e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000145665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 		 195 aa  178  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000117232  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  50.29 
 
 		 171 aa  178  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  53.89 
 
 		 173 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 187 aa  179  2.9999999999999997e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 		 186 aa  178  4e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000690292  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 		 166 aa  178  4e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000101645  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 		 166 aa  178  4e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000012216  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 		 166 aa  177  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  49.67 
 
 		 154 aa  178  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 		 166 aa  177  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000260309  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  53.37 
 
 		 171 aa  177  5.999999999999999e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 		 195 aa  177  7e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000125648  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  48.81 
 
 		 173 aa  177  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 		 166 aa  177  9e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000111711  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  50.61 
 
 		 180 aa  177  9e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  48.81 
 
 		 173 aa  176  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  46.95 
 
 		 179 aa  176  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  53.25 
 
 		 159 aa  176  1e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  46.91 
 
 		 164 aa  175  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  50.61 
 
 		 205 aa  176  2e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  49.41 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  50.61 
 
 		 225 aa  175  3e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1880  translation initiation factor IF-3  53.37 
 
 		 229 aa  174  4e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.10659 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  50.33 
 
 		 151 aa  174  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 252 aa  174  5e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  55.75 
 
 		 180 aa  174  6e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0660  translation initiation factor IF-3  45.51 
 
 		 176 aa  174  6e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000367528  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  51.97 
 
 		 154 aa  174  6e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  46.11 
 
 		 173 aa  174  6e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1613  translation initiation factor IF-3  55 
 
 		 145 aa  174  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000306668  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1889  translation initiation factor IF-3  55.75 
 
 		 180 aa  174  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0767  translation initiation factor 3  58.33 
 
 		 146 aa  174  7e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1409  translation initiation factor IF-3  46.88 
 
 		 172 aa  174  8e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.37178e-16  unclonable  1.3418400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  48.24 
 
 		 173 aa  173  9e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  54.6 
 
 		 180 aa  173  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>