More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0088 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0088  glutamate racemase  100 
 
 
311 aa  628  1e-179  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2202  glutamate racemase  55.02 
 
 
282 aa  320  3e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2810  glutamate racemase  54.05 
 
 
308 aa  310  2e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2743  glutamate racemase  52.79 
 
 
285 aa  300  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.677331  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0264  glutamate racemase  45.98 
 
 
276 aa  265  8e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.741636  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1386  glutamate racemase  46.43 
 
 
272 aa  258  1e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  45.54 
 
 
275 aa  249  4e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2923  glutamate racemase  45.76 
 
 
272 aa  243  3e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0547  glutamate racemase  45.1 
 
 
276 aa  242  7e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.77942  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0487  glutamate racemase  44.37 
 
 
288 aa  238  6e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0275  glutamate racemase  45.52 
 
 
278 aa  236  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1411  glutamate racemase  44.07 
 
 
272 aa  236  3e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.093968  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0699  glutamate racemase  46.49 
 
 
259 aa  232  7e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0698  glutamate racemase  46.49 
 
 
259 aa  232  7e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0260  glutamate racemase  45.86 
 
 
278 aa  230  3e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00172375 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0404  glutamate racemase  40.85 
 
 
280 aa  229  5e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0664  glutamate racemase  46.49 
 
 
259 aa  229  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1783  glutamate racemase  40.85 
 
 
280 aa  228  1e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2724  glutamate racemase  45.36 
 
 
266 aa  224  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2038  glutamate racemase  37.76 
 
 
267 aa  212  7e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00710975  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2258  hypothetical protein  41.29 
 
 
279 aa  210  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1214  glutamate racemase  37.83 
 
 
268 aa  209  4e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3790  glutamate racemase  40.54 
 
 
270 aa  209  4e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0490998  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1848  glutamate racemase  43.97 
 
 
281 aa  207  1e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  5.32867e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2229  hypothetical protein  40.97 
 
 
279 aa  206  3e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0708  glutamate racemase  46.2 
 
 
259 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.235687 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0538  glutamate racemase  39 
 
 
261 aa  204  2e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  1.09629e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3010  glutamate racemase  39.6 
 
 
275 aa  200  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.067434 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3052  glutamate racemase  39.6 
 
 
275 aa  200  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.580902 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0278  glutamate racemase  37.88 
 
 
264 aa  199  6e-50  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.424849  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2509  glutamate racemase  40.68 
 
 
291 aa  199  6e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.194908 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3231  glutamate racemase  41.04 
 
 
272 aa  197  1e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.041198  normal  0.505933 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1522  glutamate racemase  38.83 
 
 
265 aa  197  2e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.167317  normal  0.205372 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1735  glutamate racemase  39.29 
 
 
271 aa  196  5e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0215474 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1937  glutamate racemase  35.64 
 
 
268 aa  195  7e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  5.12985e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3675  glutamate racemase  36 
 
 
258 aa  193  4e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00345939  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0346  glutamate racemase  38.08 
 
 
274 aa  192  7e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.633772  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2003  glutamate racemase  39.03 
 
 
269 aa  191  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.520225  normal  0.08167 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0987  glutamate racemase  35.29 
 
 
260 aa  189  4e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.507565  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1797  glutamate racemase  40.76 
 
 
269 aa  189  7e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.850127  normal  0.2795 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1238  glutamate racemase  40 
 
 
268 aa  186  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0449  glutamate racemase  36.6 
 
 
273 aa  186  5e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0316043  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0573  glutamate racemase  37.01 
 
 
267 aa  185  9e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0415  glutamate racemase  39.11 
 
 
272 aa  180  3e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.51428  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0590  glutamate racemase  40.6 
 
 
293 aa  179  7e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.169456  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3764  glutamate racemase  40.68 
 
 
282 aa  177  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.030559 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1058  glutamate racemase  39.13 
 
 
268 aa  177  2e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.213351  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2602  glutamate racemase  36.43 
 
 
264 aa  175  9e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0518  glutamate racemase  40.65 
 
 
276 aa  174  1e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  7.16913e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1700  glutamate racemase  39.39 
 
 
301 aa  174  2e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0499651  normal  0.299923 
 
 
-
 
NC_002950  PG0705  glutamate racemase  31.17 
 
 
274 aa  174  2e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.05847e-05 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4404  glutamate racemase  34.45 
 
 
295 aa  173  3e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0632  glutamate racemase  34.02 
 
 
269 aa  169  5e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000756048  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4603  glutamate racemase  34.02 
 
 
269 aa  169  5e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.171271  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4328  glutamate racemase  34.02 
 
 
267 aa  169  5e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4220  glutamate racemase  34.36 
 
 
269 aa  169  7e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.328787  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4379  glutamate racemase  34.36 
 
 
269 aa  169  7e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.119134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3920  glutamate racemase  41.25 
 
 
280 aa  169  7e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4573  glutamate racemase  34.36 
 
 
269 aa  169  7e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1797  glutamate racemase  39.22 
 
 
278 aa  169  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3846  glutamate racemase  41.25 
 
 
280 aa  169  7e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4717  glutamate racemase  34.36 
 
 
269 aa  169  7e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  2.52581e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4589  glutamate racemase  34.36 
 
 
269 aa  168  9e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.547606  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2377  glutamate racemase  32.69 
 
 
280 aa  168  9e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.629157  normal  0.65613 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4236  glutamate racemase  34.36 
 
 
269 aa  168  9e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4623  glutamate racemase  34.36 
 
 
269 aa  168  9e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000438915  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0609  glutamate racemase  35.44 
 
 
291 aa  168  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.765975  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0449  glutamate racemase  33.78 
 
 
267 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2356  glutamate racemase  39.69 
 
 
278 aa  167  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0280232  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0302  glutamate racemase  34.55 
 
 
271 aa  167  2e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0848  glutamate racemase  39 
 
 
264 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1209  glutamate racemase  37.16 
 
 
266 aa  166  4e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1231  glutamate racemase  37.16 
 
 
266 aa  166  4e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.759515  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0733  glutamate racemase  37.8 
 
 
267 aa  166  4e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3832  glutamate racemase  40.86 
 
 
280 aa  166  5e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08350  glutamate racemase  38.1 
 
 
310 aa  166  5e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1602  glutamate racemase  38.31 
 
 
281 aa  166  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.151201  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1296  glutamate racemase  33.83 
 
 
259 aa  165  8e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7556  glutamate racemase  37.76 
 
 
295 aa  165  9e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3204  glutamate racemase  34.02 
 
 
267 aa  164  1e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.685477  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4218  glutamate racemase  37.22 
 
 
285 aa  164  1e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.574186  normal  0.380381 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1508  glutamate racemase  35.27 
 
 
273 aa  164  1e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1543  glutamate racemase  40.78 
 
 
277 aa  164  2e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79894  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1467  glutamate racemase  36.56 
 
 
292 aa  164  2e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0107271  normal  0.23474 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09920  glutamate racemase  36.91 
 
 
285 aa  163  3e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.634287  normal  0.13498 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4289  glutamate racemase  38.61 
 
 
281 aa  163  4e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.244249 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1600  glutamate racemase  31.89 
 
 
264 aa  162  7e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0129686  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25070  glutamate racemase  38.24 
 
 
268 aa  162  7e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1955  glutamate racemase  38.01 
 
 
303 aa  162  9e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00243974  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1276  glutamate racemase  35.59 
 
 
295 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3867  glutamate racemase  38.41 
 
 
270 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20070  glutamate racemase  38.61 
 
 
270 aa  160  3e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.189885  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09110  glutamate racemase  35.86 
 
 
307 aa  159  5e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.644138  normal  0.0830373 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2583  glutamate racemase  37.7 
 
 
312 aa  159  6e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00016554  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1403  glutamate racemase  33.22 
 
 
271 aa  159  6e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.011176  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0527  glutamate racemase  31.29 
 
 
264 aa  159  7e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1015  glutamate racemase  37.71 
 
 
264 aa  158  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29140  glutamate racemase  40.7 
 
 
265 aa  158  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.818975 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0479  glutamate racemase  38.89 
 
 
265 aa  157  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.553791  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0860  glutamate racemase  33.98 
 
 
284 aa  157  2e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  2.13664e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>