More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3164 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 544 aa  1104    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  25.13 
 
 		 542 aa  169  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 544 aa  164  5.0000000000000005e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  25.32 
 
 		 534 aa  161  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 532 aa  159  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 362 aa  153  8e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 535 aa  150  5e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 548 aa  149  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 519 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  24.59 
 
 		 537 aa  147  5e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  22.88 
 
 		 538 aa  146  8.000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 546 aa  145  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  25.23 
 
 		 507 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 533 aa  143  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  25.41 
 
 		 507 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 		 539 aa  140  7.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  24.24 
 
 		 515 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 529 aa  133  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 543 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  22.69 
 
 		 530 aa  128  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2452  two component transcriptional regulator, AraC family  23.01 
 
 		 509 aa  125  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0693402  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0314  two component transcriptional regulator, AraC family  26.06 
 
 		 494 aa  120  7e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  22.51 
 
 		 513 aa  117  6e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 556 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3211  two component AraC family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 548 aa  113  9e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3979  two component transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 348 aa  110  9.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1722  two component AraC family transcriptional regulator  21.45 
 
 		 508 aa  99.8  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 532 aa  98.2  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  21.7 
 
 		 517 aa  97.4  6e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  31.67 
 
 		 365 aa  95.5  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  24.54 
 
 		 760 aa  91.7  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0213  response regulator receiver  35.07 
 
 		 252 aa  88.6  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0207  response regulator receiver protein  35.07 
 
 		 252 aa  89  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  26.43 
 
 		 531 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 273 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 519 aa  85.5  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 414 aa  84.3  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 1201 aa  84  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1915  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 775 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000415573  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5293  adenylate/guanylate cyclase  37.27 
 
 		 421 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0545376  normal  0.227088 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.43 
 
 		 415 aa  81.6  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 522 aa  81.3  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 409 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 430 aa  79.7  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  34 
 
 		 257 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 251 aa  79  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 409 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  36.61 
 
 		 409 aa  79  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  34.34 
 
 		 529 aa  79  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 502 aa  78.6  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  33.63 
 
 		 412 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5657  adenylate/guanylate cyclase  29.93 
 
 		 421 aa  78.6  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  29.24 
 
 		 386 aa  78.6  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2534  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2141  two component AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0147  two component transcriptional regulator, AraC family  31.69 
 
 		 525 aa  77.8  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0990  transcriptional regulator, AraC family  23.35 
 
 		 779 aa  77.4  0.0000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02292  predicted DNA-binding protein  30.37 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02253  hypothetical protein  30.37 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2672  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1287  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 506 aa  77  0.0000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  31.73 
 
 		 529 aa  77  0.0000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3614  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 285 aa  77  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.950607 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 285 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 531 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 440 aa  76.3  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 300 aa  76.6  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2519  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 285 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2796  adenylate/guanylate cyclase  29.22 
 
 		 447 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3100  response regulator  33.88 
 
 		 122 aa  75.9  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.182729  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2033  transcriptional regulator, AraC family  24.19 
 
 		 267 aa  75.5  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 773 aa  75.9  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 259 aa  75.9  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  32.33 
 
 		 519 aa  75.9  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2751  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 285 aa  76.3  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  28.75 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2406  AraC family DNA-binding response regulator  34.56 
 
 		 251 aa  75.1  0.000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 411 aa  74.7  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 233 aa  74.3  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  34.34 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3661  AraC family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3531  AraC family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0868  AraC family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0171  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 719 aa  73.9  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 118 aa  73.6  0.000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 252 aa  73.6  0.000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 509 aa  73.2  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  26.25 
 
 		 303 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0149  two component transcriptional regulator, AraC family  32.81 
 
 		 525 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 409 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 408 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 234 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1732  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 323 aa  72.8  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0413947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  30.19 
 
 		 291 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>