More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1858 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_1858  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
173 aa  348  3e-95  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  6.44129e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2146  translation initiation factor IF-3  98.27 
 
 
173 aa  342  2e-93  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  6.92224e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  58.33 
 
 
202 aa  211  3e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  57.74 
 
 
190 aa  207  5e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  6.48528e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  58.64 
 
 
179 aa  207  5e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  1.29093e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  56.44 
 
 
164 aa  204  3e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  55.36 
 
 
195 aa  202  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.45665e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  55.36 
 
 
195 aa  202  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.20658e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  55.36 
 
 
195 aa  202  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  1.17232e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  55.36 
 
 
195 aa  202  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  4.32272e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  55.36 
 
 
186 aa  202  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  6.90292e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  57.8 
 
 
198 aa  201  4e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  55.95 
 
 
195 aa  201  4e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.25648e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  55.03 
 
 
187 aa  201  5e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  1.11233e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1311  translation initiation factor IF-3  56.44 
 
 
164 aa  201  5e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  6.44552e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  56.17 
 
 
166 aa  197  5e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.01645e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  56.17 
 
 
166 aa  197  5e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.2216e-07  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 
166 aa  197  7e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  2.60309e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 
166 aa  197  7e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 
166 aa  196  1e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  1.11711e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1225  translation initiation factor 3  55.83 
 
 
164 aa  196  2e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  3.14962e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  54.66 
 
 
202 aa  189  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  52.07 
 
 
238 aa  186  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2666  translation initiation factor IF-3  53.53 
 
 
176 aa  185  2e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  51.63 
 
 
154 aa  186  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.20038e-09  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  52.69 
 
 
178 aa  184  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  55.49 
 
 
178 aa  184  5e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  51.19 
 
 
171 aa  184  7e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  9.64088e-06  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  55.49 
 
 
178 aa  184  7e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0447  translation initiation factor IF-3  58.28 
 
 
164 aa  183  9e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  4.72838e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  51.48 
 
 
225 aa  183  1e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2054  translation initiation factor IF-3  55.26 
 
 
152 aa  182  2e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000423398  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 
174 aa  180  8e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  54.3 
 
 
154 aa  180  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  8.64988e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  53.05 
 
 
194 aa  180  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1409  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
172 aa  179  2e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.37178e-16  unclonable  1.34184e-28 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  54.88 
 
 
190 aa  178  3e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1204  translation initiation factor IF-3  54.17 
 
 
171 aa  177  5e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  2.44125e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  53.05 
 
 
194 aa  177  6e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  53.05 
 
 
194 aa  177  6e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 
252 aa  177  7e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  52.29 
 
 
165 aa  177  7e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  7.58155e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  48.24 
 
 
219 aa  177  7e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  4.86529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  51.23 
 
 
219 aa  177  8e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  2.73336e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  50.9 
 
 
173 aa  177  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  52.47 
 
 
173 aa  177  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2156  translation initiation factor IF-3  51.48 
 
 
175 aa  176  1e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  1.87486e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 
173 aa  176  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1613  translation initiation factor IF-3  57.14 
 
 
145 aa  175  3e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  3.06668e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  52.76 
 
 
173 aa  174  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2619  translation initiation factor IF-3  57.67 
 
 
176 aa  174  6e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1244  translation initiation factor IF-3  54.39 
 
 
175 aa  174  7e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  3.17297e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1241  translation initiation factor 3  48.45 
 
 
170 aa  173  9e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  2.56408e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  49.38 
 
 
173 aa  172  2e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1738  translation initiation factor IF-3  55.28 
 
 
200 aa  171  3e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  1.96833e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
172 aa  171  3e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  51.88 
 
 
185 aa  172  3e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1772  translation initiation factor IF-3  55.28 
 
 
200 aa  171  3e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.39127e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  53.99 
 
 
163 aa  171  3e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 
178 aa  171  4e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  48.54 
 
 
227 aa  171  4e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  57.93 
 
 
180 aa  171  5e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  57.93 
 
 
180 aa  171  5e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  6.76935e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  57.93 
 
 
180 aa  171  5e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
192 aa  171  7e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
200 aa  170  8e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
173 aa  169  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
176 aa  170  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
173 aa  170  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  48.77 
 
 
175 aa  169  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  49.38 
 
 
173 aa  169  1e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 
183 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 
183 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  48.15 
 
 
176 aa  169  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  57.93 
 
 
180 aa  169  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 
183 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 
177 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
173 aa  169  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2981  translation initiation factor 3  48.82 
 
 
238 aa  168  3e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  51.32 
 
 
154 aa  169  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3025  translation initiation factor 3  48.82 
 
 
238 aa  168  3e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.335133 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1889  translation initiation factor IF-3  57.93 
 
 
180 aa  168  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  57.32 
 
 
180 aa  168  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  52.44 
 
 
171 aa  169  3e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  47.65 
 
 
205 aa  168  3e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0441  translation initiation factor IF-3  46.63 
 
 
179 aa  168  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.077533  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  57.14 
 
 
173 aa  169  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0930  translation initiation factor 3  46.95 
 
 
178 aa  168  4e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2996  translation initiation factor 3  48.82 
 
 
238 aa  168  4e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171641  normal  0.0309942 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  49.07 
 
 
207 aa  167  5e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  1.88671e-05  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  53.25 
 
 
155 aa  167  6e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3328  translation initiation factor IF-3  47.67 
 
 
243 aa  167  6e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.825238  normal  0.390058 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0065  translation initiation factor IF-3  46.34 
 
 
184 aa  167  7e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  48.78 
 
 
182 aa  167  7e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  2.64089e-06  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  49.69 
 
 
192 aa  167  8e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2459  translation initiation factor 3  47.34 
 
 
243 aa  167  8e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14590  translation initiation factor 3  48.45 
 
 
401 aa  166  1e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2052  translation initiation factor IF-3  57.32 
 
 
180 aa  166  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0593383  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2418  translation initiation factor IF-3  46.47 
 
 
196 aa  166  1e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0412  translation initiation factor IF-3  55.94 
 
 
144 aa  166  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.601649  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>