More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1598 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1598  ATP-dependent RNA helicase (cold-shock DEAD-box protein A)  100 
 
 
580 aa  1176    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.602418 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.53 
 
 
643 aa  592  1e-168  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0202  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.51 
 
 
590 aa  565  1.0000000000000001e-159  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.940477  normal  0.073291 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.33 
 
 
527 aa  507  9.999999999999999e-143  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.93 
 
 
527 aa  493  9.999999999999999e-139  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471221  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0152  DEAD/DEAH box helicase-like  43.21 
 
 
572 aa  483  1e-135  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2125  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.88 
 
 
531 aa  484  1e-135  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1040  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.48 
 
 
550 aa  478  1e-133  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.1 
 
 
532 aa  473  1e-132  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  42.64 
 
 
656 aa  466  9.999999999999999e-131  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1725  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.54 
 
 
595 aa  452  1e-125  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.09 
 
 
565 aa  444  1e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000211561  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1760  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.91 
 
 
527 aa  436  1e-121  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.83 
 
 
532 aa  427  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.07 
 
 
584 aa  428  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04825  ATP-dependent RNA helicase  41.36 
 
 
614 aa  422  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1225  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.9 
 
 
646 aa  425  1e-117  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.115574 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  40.94 
 
 
589 aa  423  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1182  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.07 
 
 
541 aa  416  9.999999999999999e-116  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00431867  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.79 
 
 
550 aa  412  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109819  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.56 
 
 
533 aa  413  1e-114  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0456  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.89 
 
 
546 aa  409  1e-113  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.441946  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.24 
 
 
546 aa  411  1e-113  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.661924  normal  0.15207 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.14 
 
 
664 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1087  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.47 
 
 
467 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1472  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.1 
 
 
541 aa  405  1.0000000000000001e-112  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000440496  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.14 
 
 
664 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.04 
 
 
538 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3706  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.01 
 
 
594 aa  407  1.0000000000000001e-112  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.14 
 
 
664 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0206  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48 
 
 
466 aa  404  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00471201  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5063  DEAD/DEAH box helicase  46.34 
 
 
529 aa  404  1e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1118  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.24 
 
 
606 aa  405  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.892999  normal  0.51461 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0262  DEAD/DEAH box helicase  46.34 
 
 
533 aa  402  1e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0234  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.52 
 
 
511 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0267  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.34 
 
 
525 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0233  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.34 
 
 
528 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.714358  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0219  DEAD/DEAH box helicase  46.34 
 
 
528 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0221  DEAD/DEAH box helicase  46.34 
 
 
528 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.983114  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  46.34 
 
 
528 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0247  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.34 
 
 
528 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0281  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  46.34 
 
 
525 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.58 
 
 
599 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1816  DEAD/DEAH box helicase-like  48.08 
 
 
531 aa  401  9.999999999999999e-111  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3317  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.19 
 
 
611 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.289713  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3714  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.39 
 
 
634 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00250632  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.06 
 
 
640 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1116  DEAD/DEAH box helicase-like  37.39 
 
 
640 aa  397  1e-109  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  38.46 
 
 
637 aa  398  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0418  DEAD/DEAH box helicase-like  39.62 
 
 
579 aa  395  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1726  RNA helicase DeaD  39.35 
 
 
611 aa  392  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.226291  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.89 
 
 
640 aa  393  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.06 
 
 
640 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2292  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.96 
 
 
482 aa  395  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.229861  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.52 
 
 
605 aa  393  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0593463 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  38.99 
 
 
590 aa  392  1e-108  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.795312  normal  0.95213 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1307  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.97 
 
 
657 aa  392  1e-108  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.398232  normal  0.396333 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2009  DEAD/DEAH box helicase-like  38.41 
 
 
574 aa  392  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0924  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.52 
 
 
599 aa  394  1e-108  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.06 
 
 
640 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.06 
 
 
640 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.82 
 
 
610 aa  392  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643169 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.92 
 
 
530 aa  389  1e-107  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1854  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.47 
 
 
610 aa  390  1e-107  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  38 
 
 
601 aa  390  1e-107  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3048  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.15 
 
 
747 aa  391  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1629  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.03 
 
 
538 aa  386  1e-106  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.343673  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2752  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.98 
 
 
694 aa  387  1e-106  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0117058 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2267  hypothetical protein  37.31 
 
 
589 aa  385  1e-106  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0647  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.66 
 
 
589 aa  386  1e-106  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.176165  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  37.97 
 
 
653 aa  385  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14791  putative ATP-dependent RNA helicase  39.66 
 
 
589 aa  387  1e-106  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.459404  normal  0.230286 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1259  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.67 
 
 
608 aa  386  1e-106  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.65 
 
 
589 aa  388  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2294  hypothetical protein  37.23 
 
 
589 aa  385  1e-105  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3340  ATP-dependent RNA helicase DeaD  37.8 
 
 
621 aa  383  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0265  superfamily II DNA/RNA helicase  45.47 
 
 
485 aa  385  1e-105  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.65 
 
 
559 aa  381  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0522  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.79 
 
 
562 aa  379  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0328  cold-shock inducible ATP-independent RNA helicase  38.26 
 
 
583 aa  380  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011259  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1893  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.44 
 
 
581 aa  381  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0980839  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0220  ATP-dependent RNA helicase  37.48 
 
 
609 aa  381  1e-104  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.986223  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0191  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.54 
 
 
609 aa  381  1e-104  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0454  superfamily II DNA/RNA helicase  46.56 
 
 
528 aa  382  1e-104  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1774  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.61 
 
 
589 aa  382  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1083  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.41 
 
 
536 aa  378  1e-103  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2267  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.17 
 
 
561 aa  378  1e-103  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.67 
 
 
498 aa  378  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0681922  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  37.69 
 
 
625 aa  376  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  37.15 
 
 
632 aa  379  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  37.85 
 
 
595 aa  378  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000047314  decreased coverage  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3203  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  37.48 
 
 
581 aa  376  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.185856  normal  0.0248784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.9 
 
 
581 aa  379  1e-103  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0434047 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0097  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.98 
 
 
602 aa  377  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0439  cold-shock DEAD box protein A (ATP-independent RNA helicase)  37.01 
 
 
641 aa  377  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.251569  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1868  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.39 
 
 
559 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0935982  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1688  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  43.55 
 
 
509 aa  373  1e-102  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.279594  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0777  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.94 
 
 
528 aa  373  1e-102  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  37.15 
 
 
623 aa  373  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.83 
 
 
506 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000532471  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>