More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2940 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 		 323 aa  659    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 		 328 aa  668    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  91.77 
 
 		 328 aa  627  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  92.35 
 
 		 329 aa  624  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  92.35 
 
 		 329 aa  624  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  92.35 
 
 		 329 aa  624  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  92.35 
 
 		 348 aa  621  1e-177  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.34 
 
 		 322 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  75.74 
 
 		 320 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.64 
 
 		 334 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  76.07 
 
 		 321 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  76.07 
 
 		 321 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  76.07 
 
 		 321 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  77.26 
 
 		 321 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  76.07 
 
 		 321 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  75.33 
 
 		 322 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  76.07 
 
 		 321 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  77.26 
 
 		 321 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  64 
 
 		 313 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  60 
 
 		 309 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  61.41 
 
 		 320 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  60.41 
 
 		 320 aa  355  5e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  59.73 
 
 		 320 aa  352  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  59.4 
 
 		 297 aa  350  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 317 aa  236  5.0000000000000005e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 295 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.67 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.24 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.78 
 
 		 314 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.3 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.57 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.61 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.57 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.24 
 
 		 303 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.33 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.67 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.64 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 307 aa  209  6e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.38 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  39.38 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 318 aa  206  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  42.96 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 301 aa  203  4e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14280  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 298 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.560719  normal  0.445591 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 307 aa  202  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  39.2 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 308 aa  200  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2665  transcription regulator protein  41.03 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.824942  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2495  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 305 aa  193  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  38.17 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 305 aa  190  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2946  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 306 aa  189  7e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 306 aa  188  9e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>