More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_0440 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008060  Bcen_2595  peptide chain release factor 1  97.22 
 
 
360 aa  719  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.324585  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3590  peptide chain release factor 1  92.22 
 
 
360 aa  687  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.637465  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0676  peptide chain release factor 1  91.94 
 
 
360 aa  685  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3614  peptide chain release factor 1  92.22 
 
 
360 aa  687  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528922  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3522  peptide chain release factor 1  91.11 
 
 
360 aa  681  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.217548  normal  0.148888 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2721  peptide chain release factor 1  89.17 
 
 
360 aa  675  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3603  peptide chain release factor 1  92.22 
 
 
360 aa  687  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0504  peptide chain release factor 1  91.94 
 
 
360 aa  685  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0972  peptide chain release factor 1  91.94 
 
 
360 aa  685  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0793395  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0440  peptide chain release factor 1  100 
 
 
360 aa  736  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.518401 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0482  peptide chain release factor 1  97.22 
 
 
360 aa  719  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.464905 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3597  peptide chain release factor 1  96.67 
 
 
360 aa  715  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1943  peptide chain release factor 1  91.94 
 
 
360 aa  685  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0436  peptide chain release factor 1  90.56 
 
 
360 aa  676  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2930  peptide chain release factor 1  92.5 
 
 
360 aa  689  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0414  peptide chain release factor 1  100 
 
 
360 aa  736  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.592527  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0510  peptide chain release factor 1  97.22 
 
 
360 aa  719  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2888  peptide chain release factor 1  96.11 
 
 
360 aa  712  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.362694 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2901  peptide chain release factor 1  79.33 
 
 
360 aa  600  1e-170  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3146  peptide chain release factor 1  76.82 
 
 
360 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0205917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2798  peptide chain release factor 1  76.54 
 
 
360 aa  586  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3044  peptide chain release factor 1  76.54 
 
 
360 aa  583  1e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3201  peptide chain release factor 1  74.86 
 
 
360 aa  569  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2641  peptide chain release factor 1  73.74 
 
 
358 aa  560  1e-158  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2493  peptide chain release factor 1  71.07 
 
 
360 aa  533  1e-150  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0136  peptide chain release factor 1  70.47 
 
 
359 aa  531  1e-149  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.056338  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2474  peptide chain release factor 1  68.99 
 
 
360 aa  530  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0148  peptide chain release factor 1  69.27 
 
 
359 aa  521  1e-147  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.570569  normal  0.18601 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1424  peptide chain release factor 1  68.72 
 
 
360 aa  508  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.997988  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3687  peptide chain release factor 1  70 
 
 
360 aa  491  1e-138  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2360  peptide chain release factor 1  63.06 
 
 
363 aa  481  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0851  peptide chain release factor 1  64.11 
 
 
367 aa  475  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.376649  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0780  peptide chain release factor 1  64.11 
 
 
367 aa  475  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.328101  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5476  peptide chain release factor 1  64.04 
 
 
360 aa  472  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4206  peptide chain release factor 1  64.89 
 
 
362 aa  464  1e-130  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0775  peptide chain release factor 1  62.57 
 
 
373 aa  457  1e-128  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0952955 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3833  peptide chain release factor 1  60 
 
 
363 aa  458  1e-128  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3664  peptide chain release factor 1  63.76 
 
 
360 aa  458  1e-128  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2566  peptide chain release factor 1  61.11 
 
 
363 aa  459  1e-128  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0384672  normal  0.342733 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0797  peptide chain release factor 1  59.72 
 
 
363 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0297796  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3169  peptide chain release factor 1  59.72 
 
 
363 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0178961  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1856  peptide chain release factor 1  60.28 
 
 
361 aa  456  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.227654  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0769  peptide chain release factor 1  59.72 
 
 
363 aa  457  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.081149  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1280  peptide chain release factor 1  62.5 
 
 
366 aa  456  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0389  peptide chain release factor 1  58.61 
 
 
363 aa  455  1e-127  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.802059  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0523  peptide chain release factor 1  63.76 
 
 
359 aa  454  1e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.19675 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2563  peptide chain release factor 1  59.17 
 
 
362 aa  454  1e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.273749  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0801  peptide chain release factor 1  59.17 
 
 
363 aa  452  1e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00710906  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2912  peptide chain release factor 1  58.61 
 
 
361 aa  453  1e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107492  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0509  peptide chain release factor 1  59.72 
 
 
360 aa  452  1e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4456  peptide chain release factor 1  59.44 
 
 
360 aa  453  1e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02573  peptide chain release factor 1  60.28 
 
 
361 aa  454  1e-126  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0263327  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61700  peptide chain release factor 1  60.28 
 
 
360 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0850  peptide chain release factor 1  63.66 
 
 
373 aa  449  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0761  peptide chain release factor 1  58.33 
 
 
360 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.169079  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2337  peptide chain release factor 1  59.72 
 
 
360 aa  451  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0733  peptide chain release factor 1  58.33 
 
 
360 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2257  peptide chain release factor 1  56.91 
 
 
362 aa  448  1e-125  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2284  peptide chain release factor 1  56.91 
 
 
362 aa  448  1e-125  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2072  peptide chain release factor 1  60.61 
 
 
360 aa  445  1e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132752  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0920  peptide chain release factor 1  57.5 
 
 
361 aa  445  1e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000562935  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0949  peptide chain release factor 1  59.17 
 
 
360 aa  447  1e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0774  peptide chain release factor 1  57.78 
 
 
360 aa  446  1e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1109  peptide chain release factor 1  58.89 
 
 
360 aa  445  1e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1971  peptide chain release factor 1  61.73 
 
 
360 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00228451  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1913  peptide chain release factor 1  61.73 
 
 
360 aa  444  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.305061  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3614  peptide chain release factor 1  57.78 
 
 
363 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  8.15596e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1060  peptide chain release factor 1  57.78 
 
 
360 aa  444  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1363  peptide chain release factor 1  61.73 
 
 
360 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.33324e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1547  peptide chain release factor 1  61.73 
 
 
360 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891695  normal  0.256018 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0522  peptide chain release factor 1  63.61 
 
 
361 aa  442  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0340  peptide chain release factor 1  60.56 
 
 
361 aa  442  1e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1907  peptide chain release factor 1  61.73 
 
 
360 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0341026  normal  0.709349 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0278  peptide chain release factor 1  59.89 
 
 
361 aa  442  1e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.728879  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3685  peptide chain release factor 1  57.78 
 
 
361 aa  442  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369473  normal  0.712251 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1756  peptide chain release factor 1  58.01 
 
 
362 aa  444  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  8.01734e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3737  peptide chain release factor 1  57.78 
 
 
363 aa  440  1e-122  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0200456  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01196  hypothetical protein  60.89 
 
 
360 aa  439  1e-122  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.26987  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3126  peptide chain release factor 1  57.22 
 
 
361 aa  441  1e-122  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000819953  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1316  peptide chain release factor 1  60.89 
 
 
360 aa  439  1e-122  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.10156e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1692  peptide chain release factor 1  60.89 
 
 
360 aa  439  1e-122  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0012914  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2415  peptide chain release factor 1  60.89 
 
 
360 aa  439  1e-122  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00102463  hitchhiker  3.0401e-05 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0119  peptide chain release factor 1  57.82 
 
 
361 aa  441  1e-122  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.99484e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2123  peptide chain release factor 1  58.22 
 
 
361 aa  437  1e-122  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000913582  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1375  peptide chain release factor 1  60.89 
 
 
360 aa  439  1e-122  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.7097e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1359  peptide chain release factor 1  60.89 
 
 
360 aa  439  1e-122  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.44623e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1554  peptide chain release factor 1  62.36 
 
 
359 aa  438  1e-122  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.438091  hitchhiker  0.00494588 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1931  peptide chain release factor 1  60.89 
 
 
360 aa  439  1e-122  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  6.08431e-07  normal  0.0690317 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2064  peptide chain release factor 1  57.82 
 
 
361 aa  441  1e-122  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.243868  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3546  peptide chain release factor 1  57.78 
 
 
363 aa  439  1e-122  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00646422  hitchhiker  4.10243e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0696  peptide chain release factor 1  57.78 
 
 
363 aa  439  1e-122  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0264279  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2436  peptide chain release factor 1  60.89 
 
 
360 aa  439  1e-122  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  6.71796e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01186  peptide chain release factor 1  60.89 
 
 
360 aa  439  1e-122  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.304726  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0950  peptide chain release factor 1  58.06 
 
 
360 aa  440  1e-122  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.568062  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0723  peptide chain release factor 1  57.5 
 
 
361 aa  436  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.905014  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2212  peptide chain release factor 1  57.94 
 
 
361 aa  436  1e-121  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.189214  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0380  peptide chain release factor 1  59.83 
 
 
355 aa  436  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.362441  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3104  peptide chain release factor 1  60.4 
 
 
355 aa  436  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4748  peptide chain release factor 1  58.33 
 
 
360 aa  437  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.242955  normal  0.0645708 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1457  peptide chain release factor 1  57.02 
 
 
364 aa  434  1e-121  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262209  normal  0.168501 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>