More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5456 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5456  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  100 
 
 
158 aa  325  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.637653  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4251  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.41 
 
 
157 aa  150  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.3601 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3722  CMP/dCMP deaminase  50 
 
 
156 aa  150  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.804018  normal  0.286118 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2740  putative deaminase  52.7 
 
 
151 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32340  putative deaminase  52.74 
 
 
151 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319572  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2923  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.03 
 
 
163 aa  130  9e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1282  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.75 
 
 
156 aa  124  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.16352  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0144  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  53.04 
 
 
147 aa  124  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263375  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5383  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  48.59 
 
 
152 aa  123  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0860  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.33 
 
 
160 aa  120  7e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00617037 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4602  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein; guanine deaminase  37.33 
 
 
153 aa  118  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2203  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.37 
 
 
153 aa  115  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.282185  normal  0.128098 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5437  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46 
 
 
152 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.647105  normal  0.506194 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3057  dCMP deaminase  42.66 
 
 
157 aa  114  5e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.876762  normal  0.403626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3135  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.31 
 
 
153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.581984  normal  0.065238 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3332  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.64 
 
 
153 aa  110  9e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3456  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.97 
 
 
153 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  48.62 
 
 
155 aa  106  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.659828  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2805  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  37.93 
 
 
158 aa  103  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1728  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  38.78 
 
 
150 aa  102  2e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4544  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.46 
 
 
183 aa  100  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.285833  normal  0.383896 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5071  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  34.93 
 
 
158 aa  99.8  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.724864 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0107  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  32.88 
 
 
163 aa  99.8  1e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0710056 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.42 
 
 
160 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3479  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.54 
 
 
223 aa  99.4  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2902  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.39 
 
 
157 aa  95.1  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000164713  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1249  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.1 
 
 
155 aa  95.1  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1461  hypothetical protein  30.2 
 
 
159 aa  95.5  3e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.252188  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1532  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  30.2 
 
 
159 aa  95.5  3e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00420564  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2297  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  41.18 
 
 
155 aa  92.4  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000194857  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4793  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.1 
 
 
160 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.758133  normal  0.45937 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0857  Guanine deaminase  37.88 
 
 
163 aa  91.3  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1731  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  34.25 
 
 
157 aa  90.1  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.120946  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0576  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.16 
 
 
161 aa  89.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2515  guanine deaminase  42.31 
 
 
154 aa  89.4  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0479995  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4858  cytidine/deoxycytidylate deaminase  34.25 
 
 
167 aa  88.6  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.127548 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0215  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  36.18 
 
 
159 aa  88.2  4e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.84 
 
 
161 aa  87  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1303  cytosine/adenosine deaminase  49.45 
 
 
148 aa  87  9e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1831  guanine deaminase  38.06 
 
 
149 aa  85.5  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.358543  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2814  cytidine/deoxycytidylate deaminase  38.46 
 
 
155 aa  84.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1498  zinc-binding domain-containing protein  44.14 
 
 
164 aa  83.2  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2061  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.09 
 
 
158 aa  83.6  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.448071  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3204  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.4 
 
 
164 aa  81.6  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1544  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  34.03 
 
 
155 aa  82  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.552121  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1166  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  33.1 
 
 
190 aa  81.6  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1129  hypothetical protein  33.87 
 
 
154 aa  80.5  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1134  hypothetical protein  33.87 
 
 
154 aa  80.5  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0120  cytosine/adenosine deaminase-like  31.54 
 
 
161 aa  79  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.585423  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1066  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  28.33 
 
 
188 aa  78.6  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3424  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42.86 
 
 
164 aa  78.6  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.628106  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3763  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.07 
 
 
150 aa  78.2  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.253802  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0055  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  39.13 
 
 
176 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3001  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.77 
 
 
145 aa  75.9  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.341603 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.75 
 
 
524 aa  75.9  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.25 
 
 
521 aa  76.3  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3292  Guanine deaminase  26.11 
 
 
188 aa  74.3  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.650383  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06100  cytosine/adenosine deaminase  41.41 
 
 
158 aa  74.3  0.0000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0415  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.51 
 
 
149 aa  73.9  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.605346 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3254  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.74 
 
 
214 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2794  Guanine deaminase  35.03 
 
 
186 aa  73.2  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00026215 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0025  tRNA-adenosine deaminase  44.16 
 
 
150 aa  73.6  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000596631  hitchhiker  0.00000110312 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4585  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.65 
 
 
178 aa  73.6  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.639578 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0737  tRNA-specific adenosine deaminase  40.21 
 
 
148 aa  72.4  0.000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0635  tRNA-specific adenosine deaminase  40.21 
 
 
148 aa  72.4  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.481891  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3264  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  41.35 
 
 
211 aa  72.8  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0427  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  38.39 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1419  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42.27 
 
 
161 aa  72.4  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4002  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.16 
 
 
162 aa  72  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.789776 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4004  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  31.58 
 
 
159 aa  71.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0207982  hitchhiker  0.00540331 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4179  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.78 
 
 
147 aa  70.9  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3230  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.78 
 
 
146 aa  70.5  0.000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00262263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1349  hypothetical protein  44.16 
 
 
182 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.556036  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4326  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.99 
 
 
147 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.688995  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15680  hypothetical protein  44.16 
 
 
182 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0652995  hitchhiker  0.000000000000295358 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2788  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  41.18 
 
 
158 aa  70.1  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0654304  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0797  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40 
 
 
158 aa  70.1  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0065  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  38.95 
 
 
179 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.289308  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2814  twin-arginine translocation pathway signal  39.81 
 
 
176 aa  69.7  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.338742  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3524  tRNA-adenosine deaminase  40.62 
 
 
171 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0103  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.54 
 
 
161 aa  68.6  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.27 
 
 
152 aa  68.6  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8163  guanine deaminase  34.4 
 
 
157 aa  68.9  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.241917 
 
 
-
 
NC_002950  PG0738  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  45.57 
 
 
150 aa  67.8  0.00000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1141  guanine deaminase  44.66 
 
 
158 aa  67.8  0.00000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.172316  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3696  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.82 
 
 
183 aa  67.8  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0595885  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2029  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  37.14 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0223  tRNA-adenosine deaminase  46.99 
 
 
151 aa  67.8  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3779  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.82 
 
 
154 aa  67.8  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.142761  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0085  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  42.71 
 
 
144 aa  67.4  0.00000000007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0109  cytosine/adenosine deaminase  31.33 
 
 
148 aa  67.4  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1476  tRNA-adenosine deaminase  44.16 
 
 
176 aa  67.4  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.969851 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0013  hypothetical protein  39.39 
 
 
151 aa  67.4  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000252281  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.96 
 
 
148 aa  67  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143091  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3638  tRNA-adenosine deaminase  38.94 
 
 
160 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.82 
 
 
164 aa  66.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3870  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.58 
 
 
147 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0619986 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0136  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein  48 
 
 
157 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0700  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.27 
 
 
157 aa  67  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.192591  normal  0.865877 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0911  cytidine and deoxycytidylate deaminase  41.49 
 
 
149 aa  65.9  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.312122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>