More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3230 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3230  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  100 
 
 
146 aa  290  4e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00262263 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2551  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  70.27 
 
 
148 aa  206  1e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.107388  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0184  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  67.83 
 
 
204 aa  203  7e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6056  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  74.31 
 
 
158 aa  203  7e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183859  normal  0.29725 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0908  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  69.01 
 
 
148 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.464954  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0205  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  67.13 
 
 
157 aa  201  3e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  65.07 
 
 
173 aa  201  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1908  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  75 
 
 
151 aa  200  6e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  73.61 
 
 
158 aa  199  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103435  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3095  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  66.2 
 
 
147 aa  197  3.9999999999999996e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.786655  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1272  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  66.22 
 
 
148 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3172  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  66.22 
 
 
148 aa  194  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0411701  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1355  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  70.31 
 
 
148 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.939679  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1170  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  72.44 
 
 
148 aa  193  7e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.358945 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0521  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  66.2 
 
 
145 aa  193  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.430095 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1700  tRNA-adenosine deaminase  63.38 
 
 
148 aa  193  8.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.448042  normal  0.760302 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4179  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  73.44 
 
 
147 aa  192  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3870  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  72.66 
 
 
147 aa  192  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0619986 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4326  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  72.66 
 
 
147 aa  191  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.688995  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0427  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  73.23 
 
 
171 aa  191  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0415  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  63.76 
 
 
149 aa  190  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.605346 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0476  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  63.38 
 
 
145 aa  189  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679753  normal  0.578248 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  70.83 
 
 
164 aa  188  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0911  cytidine and deoxycytidylate deaminase  64.08 
 
 
149 aa  187  5e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.312122  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2749  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  61.64 
 
 
155 aa  183  8e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1218  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  62.68 
 
 
142 aa  181  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1211  cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding protein  58.04 
 
 
148 aa  180  6e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0208856  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0223  tRNA-adenosine deaminase  60.27 
 
 
151 aa  180  6e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  71.09 
 
 
162 aa  173  8e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2323  tRNA-adenosine deaminase  62.94 
 
 
150 aa  167  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.034799 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4143  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  61.54 
 
 
149 aa  166  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0816552 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4636  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  62.5 
 
 
146 aa  165  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1476  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  59.23 
 
 
151 aa  155  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2012  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  62.5 
 
 
178 aa  151  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.168679  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1926  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  66.67 
 
 
144 aa  150  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512826  normal  0.748539 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0449  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  52.76 
 
 
140 aa  148  2e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0619  tRNA-adenosine deaminase  58.27 
 
 
174 aa  144  5e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0703101 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0650  tRNA-adenosine deaminase  57.14 
 
 
159 aa  142  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1986  tRNA-adenosine deaminase  48.59 
 
 
152 aa  138  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.365375  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2493  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  52.11 
 
 
158 aa  137  7e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0573  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  51.56 
 
 
139 aa  136  7.999999999999999e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0025  tRNA-adenosine deaminase  50 
 
 
150 aa  134  4e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000596631  hitchhiker  0.00000110312 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2502  tRNA-adenosine deaminase  46.48 
 
 
161 aa  133  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211119  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0469  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  49.3 
 
 
135 aa  132  9.999999999999999e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2509  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50 
 
 
154 aa  131  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0557203  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1573  tRNA-adenosine deaminase  50 
 
 
189 aa  131  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0055  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  49.3 
 
 
176 aa  131  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.89 
 
 
152 aa  131  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0941  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  64.91 
 
 
150 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180946  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2230  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  65.49 
 
 
114 aa  130  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000174043  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  47.89 
 
 
177 aa  130  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2267  hypothetical protein  64.04 
 
 
150 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0504375  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  46.48 
 
 
152 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3763  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.11 
 
 
150 aa  129  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.253802  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.92 
 
 
148 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143091  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0839  tRNA-adenosine deaminase  49.65 
 
 
151 aa  128  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0367  cytosine/adenosine deaminase  44.06 
 
 
160 aa  128  3e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000211246 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3563  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.77 
 
 
166 aa  127  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0612  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  49.3 
 
 
153 aa  127  4.0000000000000003e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1525  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  44.37 
 
 
147 aa  127  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  50.7 
 
 
154 aa  127  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0014  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  45.65 
 
 
156 aa  127  5.0000000000000004e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0204  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  45.14 
 
 
168 aa  126  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.938161  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4584  tRNA-adenosine deaminase  47.92 
 
 
165 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1225  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  46.48 
 
 
163 aa  125  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0085  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  48.94 
 
 
144 aa  126  1.0000000000000001e-28  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1748  tRNA-adenosine deaminase  49.3 
 
 
205 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00208224  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.95 
 
 
231 aa  125  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1840  tRNA-adenosine deaminase  47.92 
 
 
168 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0533758  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0014  tRNA-adenosine deaminase  39.44 
 
 
158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000574394  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50.72 
 
 
484 aa  124  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323933  normal  0.500889 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3524  tRNA-adenosine deaminase  47.89 
 
 
171 aa  124  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2286  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  47.97 
 
 
363 aa  124  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.382351  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2131  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.89 
 
 
151 aa  125  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000198227  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4191  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.07 
 
 
159 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2202  tRNA-adenosine deaminase  47.18 
 
 
146 aa  124  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0325  tRNA-adenosine deaminase  42.75 
 
 
170 aa  124  6e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00296157  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1680  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.59 
 
 
142 aa  123  7e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0174432  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0738  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  47.89 
 
 
150 aa  123  8.000000000000001e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0103  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50 
 
 
161 aa  123  8.000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3440  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.25 
 
 
152 aa  123  8.000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20800  tRNA-adenosine deaminase  43.75 
 
 
159 aa  123  9e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.3528e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0274  tRNA-adenosine deaminase  46.48 
 
 
168 aa  123  9e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1396  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.07 
 
 
182 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.355926  normal  0.109007 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0037  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  45.45 
 
 
143 aa  123  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0031  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  43.66 
 
 
148 aa  122  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000369042  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1331  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.07 
 
 
182 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0071  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.77 
 
 
166 aa  122  1e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15680  hypothetical protein  49.21 
 
 
182 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0652995  hitchhiker  0.000000000000295358 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3629  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.66 
 
 
166 aa  122  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0595  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.37 
 
 
156 aa  121  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0581  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  44.37 
 
 
156 aa  121  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.679154  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0015  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.1 
 
 
165 aa  120  5e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0018  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.07 
 
 
160 aa  120  5e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000222669  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0037  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  44.76 
 
 
143 aa  120  5e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2788  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  49.65 
 
 
158 aa  120  5e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0654304  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1302  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50 
 
 
187 aa  120  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0817948 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0013  hypothetical protein  44.44 
 
 
151 aa  120  6e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000252281  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1349  hypothetical protein  48.41 
 
 
182 aa  120  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.556036  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3638  tRNA-adenosine deaminase  49.29 
 
 
160 aa  120  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>