More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3722 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3722  CMP/dCMP deaminase  100 
 
 
156 aa  325  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.804018  normal  0.286118 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2923  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  69.74 
 
 
163 aa  223  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4251  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  62.5 
 
 
157 aa  213  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.3601 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2740  putative deaminase  59.73 
 
 
151 aa  194  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32340  putative deaminase  59.86 
 
 
151 aa  191  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319572  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1282  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.59 
 
 
156 aa  180  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.16352  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3135  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.67 
 
 
153 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.581984  normal  0.065238 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3332  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.33 
 
 
153 aa  163  8e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3456  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.67 
 
 
153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5383  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  63.16 
 
 
152 aa  157  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0144  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  59.65 
 
 
147 aa  153  7e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263375  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5456  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50 
 
 
158 aa  150  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.637653  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5437  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  48.03 
 
 
152 aa  142  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.647105  normal  0.506194 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.67 
 
 
155 aa  140  5e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.659828  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2203  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.33 
 
 
153 aa  140  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.282185  normal  0.128098 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4602  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein; guanine deaminase  46.21 
 
 
153 aa  131  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3057  dCMP deaminase  41.04 
 
 
157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.876762  normal  0.403626 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1544  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.83 
 
 
155 aa  128  3e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.552121  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2805  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  43.05 
 
 
158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0860  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.44 
 
 
160 aa  125  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00617037 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3479  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.3 
 
 
223 aa  124  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0857  Guanine deaminase  41.61 
 
 
163 aa  121  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1461  hypothetical protein  34.84 
 
 
159 aa  121  4e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.252188  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2902  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.19 
 
 
157 aa  121  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000164713  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1532  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  34.84 
 
 
159 aa  121  4e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00420564  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2297  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  42.45 
 
 
155 aa  120  5e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000194857  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4858  cytidine/deoxycytidylate deaminase  37.58 
 
 
167 aa  118  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.127548 
 
 
-
 
NC_002950  PG1728  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  44.8 
 
 
150 aa  117  4.9999999999999996e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0107  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.36 
 
 
163 aa  115  3e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0710056 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1831  guanine deaminase  40.14 
 
 
149 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.358543  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5071  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.75 
 
 
158 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.724864 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1731  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  40.88 
 
 
157 aa  114  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.120946  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4544  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.82 
 
 
183 aa  114  5e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.285833  normal  0.383896 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1129  hypothetical protein  37.86 
 
 
154 aa  114  6e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1134  hypothetical protein  37.86 
 
 
154 aa  114  6e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.65 
 
 
160 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4793  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.93 
 
 
160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.758133  normal  0.45937 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2515  guanine deaminase  37.41 
 
 
154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0479995  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2814  cytidine/deoxycytidylate deaminase  36 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1249  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.18 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0576  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.38 
 
 
161 aa  111  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2061  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.31 
 
 
158 aa  110  8.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.448071  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0215  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  36.13 
 
 
159 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3254  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.8 
 
 
214 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0120  cytosine/adenosine deaminase-like  40 
 
 
161 aa  107  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.585423  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1166  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  42.64 
 
 
190 aa  107  5e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.61 
 
 
161 aa  107  8.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2794  Guanine deaminase  38.36 
 
 
186 aa  104  5e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00026215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4004  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.05 
 
 
159 aa  103  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0207982  hitchhiker  0.00540331 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3424  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  45.38 
 
 
164 aa  101  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.628106  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1066  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.17 
 
 
188 aa  100  9e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3292  Guanine deaminase  35.36 
 
 
188 aa  99.4  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.650383  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3204  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.7 
 
 
164 aa  100  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2814  twin-arginine translocation pathway signal  40.15 
 
 
176 aa  99  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.338742  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1303  cytosine/adenosine deaminase  46.36 
 
 
148 aa  97.1  8e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1498  zinc-binding domain-containing protein  39.68 
 
 
164 aa  94.7  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3264  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  36.23 
 
 
211 aa  91.3  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06100  cytosine/adenosine deaminase  40.48 
 
 
158 aa  89.7  1e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0031  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  44 
 
 
148 aa  89.7  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000369042  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2551  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  43.56 
 
 
148 aa  89.4  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.107388  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2749  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  46.39 
 
 
155 aa  88.2  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0612  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  43.75 
 
 
153 aa  87.8  5e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1419  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42.71 
 
 
161 aa  87.8  5e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0501  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  31.13 
 
 
149 aa  87.8  6e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0055  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42.86 
 
 
176 aa  87.4  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1042  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.75 
 
 
155 aa  87.4  7e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1670  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.44 
 
 
163 aa  87  8e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0217007  normal  0.338032 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2029  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  43.16 
 
 
141 aa  86.7  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0797  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.2 
 
 
158 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  43.75 
 
 
484 aa  85.5  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323933  normal  0.500889 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0700  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.2 
 
 
157 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.192591  normal  0.865877 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2603  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  42.57 
 
 
155 aa  85.1  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000499641  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0839  tRNA-adenosine deaminase  42.71 
 
 
151 aa  85.5  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0103  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.83 
 
 
161 aa  84.7  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1141  guanine deaminase  40.62 
 
 
158 aa  84.3  5e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.172316  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0223  tRNA-adenosine deaminase  44.33 
 
 
151 aa  84.3  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1093  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.19 
 
 
181 aa  84.3  6e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00512356  hitchhiker  0.0000000000228725 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3619  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  38 
 
 
166 aa  84  8e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2447  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.19 
 
 
461 aa  83.6  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.683334 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20800  tRNA-adenosine deaminase  43.75 
 
 
159 aa  83.6  9e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.3528e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3230  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.98 
 
 
146 aa  83.2  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00262263 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0025  tRNA-adenosine deaminase  43.62 
 
 
150 aa  83.6  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000596631  hitchhiker  0.00000110312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1272  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  44.9 
 
 
148 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3172  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  40.38 
 
 
148 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0411701  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0037  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  45.45 
 
 
143 aa  82.8  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8163  guanine deaminase  32.19 
 
 
157 aa  83.6  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.241917 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.9 
 
 
521 aa  82.4  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3001  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.44 
 
 
145 aa  82.4  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.341603 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0737  tRNA-specific adenosine deaminase  38.54 
 
 
148 aa  82.8  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3440  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.3 
 
 
152 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004282  tRNA-specific adenosine-34 deaminase  42 
 
 
182 aa  82.4  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3563  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.74 
 
 
166 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3629  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.86 
 
 
166 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0635  tRNA-specific adenosine deaminase  38.54 
 
 
148 aa  82.8  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.481891  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0184  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  44.33 
 
 
204 aa  82.4  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0289  zinc-binding domain-containing protein  45.05 
 
 
137 aa  82  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2282  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42.45 
 
 
361 aa  82  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.134141  normal  0.095707 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.51 
 
 
361 aa  82  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0205  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  44.33 
 
 
157 aa  81.6  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2118  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39 
 
 
174 aa  81.3  0.000000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154407  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>