174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4100 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4100  protein-export protein SecB  100 
 
 		 154 aa  305  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.154363  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3855  preprotein translocase subunit SecB  84.56 
 
 		 152 aa  257  4e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.138411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0889  preprotein translocase subunit SecB  86.23 
 
 		 150 aa  246  7e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.098397  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0930  preprotein translocase subunit SecB  85.4 
 
 		 155 aa  246  7e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.603252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1816  protein-export protein SecB  85.51 
 
 		 167 aa  242  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0364683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1312  preprotein translocase subunit SecB  84.06 
 
 		 155 aa  239  7.999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.655485  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0041  preprotein translocase subunit SecB  80.52 
 
 		 169 aa  236  6.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.815394 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2825  preprotein translocase subunit SecB  85.83 
 
 		 150 aa  230  5e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3502  preprotein translocase subunit SecB  85.83 
 
 		 150 aa  230  5e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.444299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3813  preprotein translocase subunit SecB  70.67 
 
 		 153 aa  217  3.9999999999999997e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.211581 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0716  preprotein translocase subunit SecB  73.91 
 
 		 166 aa  214  5e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.946363  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0356  preprotein translocase subunit SecB  67.57 
 
 		 173 aa  204  4e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0231  preprotein translocase subunit SecB  69.23 
 
 		 172 aa  204  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543911 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0212  preprotein translocase subunit SecB  68.53 
 
 		 172 aa  202  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162983 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0269  preprotein translocase subunit SecB  61.07 
 
 		 156 aa  201  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4178  preprotein translocase subunit SecB  61.9 
 
 		 156 aa  201  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0537  preprotein translocase subunit SecB  61.22 
 
 		 156 aa  200  7e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0449  preprotein translocase subunit SecB  62.86 
 
 		 160 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.513958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2771  preprotein translocase subunit SecB  63.04 
 
 		 163 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2240  preprotein translocase subunit SecB  63.04 
 
 		 164 aa  196  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.274715  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2909  preprotein translocase subunit SecB  63.04 
 
 		 159 aa  196  7e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2854  preprotein translocase subunit SecB  63.04 
 
 		 164 aa  196  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2865  preprotein translocase subunit SecB  63.04 
 
 		 164 aa  196  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.794301 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6183  preprotein translocase subunit SecB  63.04 
 
 		 160 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3205  preprotein translocase subunit SecB  61.22 
 
 		 159 aa  194  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0665  preprotein translocase subunit SecB  61.22 
 
 		 159 aa  194  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0178  preprotein translocase subunit SecB  61.22 
 
 		 159 aa  194  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1414  preprotein translocase subunit SecB  61.22 
 
 		 159 aa  194  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0481  preprotein translocase subunit SecB  61.22 
 
 		 159 aa  194  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0500  preprotein translocase subunit SecB  61.22 
 
 		 159 aa  194  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2841  preprotein translocase subunit SecB  61.22 
 
 		 159 aa  194  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0419  preprotein translocase subunit SecB  61.22 
 
 		 157 aa  194  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0940  protein-export protein SecB  62.42 
 
 		 181 aa  191  4e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.743949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0254  preprotein translocase subunit SecB  62.67 
 
 		 172 aa  180  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1650  protein-export protein SecB  57.66 
 
 		 174 aa  180  6e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.833903  normal  0.583875 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0307  preprotein translocase subunit SecB  64.96 
 
 		 172 aa  178  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1945  protein-export protein SecB  58.09 
 
 		 173 aa  176  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1124  preprotein translocase subunit SecB  49.33 
 
 		 159 aa  161  3e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0613  preprotein translocase subunit SecB  47.3 
 
 		 152 aa  156  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2402  preprotein translocase subunit SecB  48.91 
 
 		 152 aa  152  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1541  preprotein translocase subunit SecB  47.86 
 
 		 154 aa  147  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2537  preprotein translocase subunit SecB  49.61 
 
 		 155 aa  145  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.849005  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2185  protein translocase subunit secB  51.77 
 
 		 157 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.893597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0062  preprotein translocase subunit SecB  45.03 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2127  preprotein translocase, SecB subunit  44.36 
 
 		 149 aa  134  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1786  protein-export protein SecB  44.36 
 
 		 149 aa  134  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2025  protein-export protein SecB  42.36 
 
 		 178 aa  133  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4875  preprotein translocase subunit SecB  43.88 
 
 		 163 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4388  preprotein translocase, SecB subunit  41.84 
 
 		 165 aa  130  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4468  preprotein translocase subunit SecB  43.17 
 
 		 162 aa  130  9e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00890854 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0465  preprotein translocase subunit SecB  41.73 
 
 		 161 aa  128  3e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1702  preprotein translocase subunit SecB  41.73 
 
 		 161 aa  128  3e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3614  preprotein translocase subunit SecB  41.91 
 
 		 169 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.825013  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1953  protein-export protein SecB  39.46 
 
 		 149 aa  127  8.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000705897  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0034  preprotein translocase subunit SecB  46.27 
 
 		 164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3696  preprotein translocase subunit SecB  42.22 
 
 		 164 aa  125  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4215  preprotein translocase subunit SecB  40.29 
 
 		 161 aa  125  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4019  preprotein translocase subunit SecB  41.73 
 
 		 157 aa  125  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00541  preprotein translocase subunit SecB  38.46 
 
 		 169 aa  124  4.0000000000000003e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3282  preprotein translocase subunit SecB  42.54 
 
 		 168 aa  123  7e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1222  preprotein translocase subunit SecB  40.94 
 
 		 172 aa  123  9e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1130  preprotein translocase subunit SecB  40.94 
 
 		 172 aa  123  9e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00591719  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3804  preprotein translocase subunit SecB  40.88 
 
 		 162 aa  122  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.903933  normal  0.687684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0049  preprotein translocase subunit SecB  41.73 
 
 		 161 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1682  protein-export protein SecB  42.86 
 
 		 166 aa  122  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0049  preprotein translocase subunit SecB  41.73 
 
 		 161 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000126595 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0042  preprotein translocase subunit SecB  41.73 
 
 		 161 aa  122  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0045  preprotein translocase subunit SecB  41.73 
 
 		 161 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3208  protein-export protein chaperone SecB  40.43 
 
 		 155 aa  121  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3981  preprotein translocase subunit SecB  37.41 
 
 		 155 aa  121  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.572141 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4087  preprotein translocase subunit SecB  37.41 
 
 		 155 aa  121  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0047  preprotein translocase subunit SecB  41.61 
 
 		 161 aa  121  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000228873 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0045  preprotein translocase subunit SecB  41.61 
 
 		 161 aa  121  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00254567 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0053  preprotein translocase subunit SecB  41.61 
 
 		 161 aa  121  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3900  preprotein translocase subunit SecB  37.41 
 
 		 155 aa  121  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.192717 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4026  preprotein translocase subunit SecB  37.41 
 
 		 155 aa  121  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3919  preprotein translocase subunit SecB  37.41 
 
 		 155 aa  121  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0052  preprotein translocase subunit SecB  41.61 
 
 		 157 aa  120  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4330  preprotein translocase subunit SecB  41.01 
 
 		 161 aa  120  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03467  export protein SecB  36.73 
 
 		 155 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0096  protein-export protein SecB  36.73 
 
 		 155 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03418  hypothetical protein  36.73 
 
 		 155 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0099  preprotein translocase subunit SecB  36.24 
 
 		 155 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4113  preprotein translocase subunit SecB  36.73 
 
 		 155 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3946  preprotein translocase subunit SecB  36.73 
 
 		 155 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.738209 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4982  preprotein translocase subunit SecB  36.73 
 
 		 155 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2571  preprotein translocase subunit SecB  40.41 
 
 		 188 aa  119  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00740585 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3821  preprotein translocase subunit SecB  36.73 
 
 		 155 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4037  preprotein translocase subunit SecB  36.73 
 
 		 155 aa  119  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4363  preprotein translocase subunit SecB  36.67 
 
 		 158 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1213  preprotein translocase subunit SecB  35.88 
 
 		 173 aa  118  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4138  preprotein translocase subunit SecB  37.41 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0072  preprotein translocase subunit SecB  37.41 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3940  preprotein translocase subunit SecB  35.37 
 
 		 179 aa  118  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4816  preprotein translocase subunit SecB  36.24 
 
 		 156 aa  118  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.348641  hitchhiker  0.000175665 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0078  preprotein translocase subunit SecB  37.41 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3164  preprotein translocase subunit SecB  36.96 
 
 		 165 aa  117  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4082  preprotein translocase subunit SecB  36.91 
 
 		 156 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908003  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0048  protein translocase subunit secB  38.52 
 
 		 164 aa  117  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0126  preprotein translocase subunit SecB  34.9 
 
 		 155 aa  117  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>