174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0254 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0254  preprotein translocase subunit SecB  100 
 
 		 172 aa  349  1e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0307  preprotein translocase subunit SecB  94.22 
 
 		 172 aa  281  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0356  preprotein translocase subunit SecB  81.01 
 
 		 173 aa  269  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0231  preprotein translocase subunit SecB  81.65 
 
 		 172 aa  265  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543911 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0212  preprotein translocase subunit SecB  81.65 
 
 		 172 aa  264  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162983 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4178  preprotein translocase subunit SecB  73.33 
 
 		 156 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0269  preprotein translocase subunit SecB  70.86 
 
 		 156 aa  231  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0537  preprotein translocase subunit SecB  72.67 
 
 		 156 aa  231  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0449  preprotein translocase subunit SecB  79.26 
 
 		 160 aa  229  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.513958  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3205  preprotein translocase subunit SecB  72.97 
 
 		 159 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0665  preprotein translocase subunit SecB  72.97 
 
 		 159 aa  228  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0178  preprotein translocase subunit SecB  72.97 
 
 		 159 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1414  preprotein translocase subunit SecB  72.97 
 
 		 159 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0481  preprotein translocase subunit SecB  72.97 
 
 		 159 aa  228  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0500  preprotein translocase subunit SecB  72.97 
 
 		 159 aa  228  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2841  preprotein translocase subunit SecB  72.97 
 
 		 159 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0419  preprotein translocase subunit SecB  72.97 
 
 		 157 aa  226  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2865  preprotein translocase subunit SecB  78.95 
 
 		 164 aa  225  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.794301 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2240  preprotein translocase subunit SecB  78.95 
 
 		 164 aa  225  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.274715  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2854  preprotein translocase subunit SecB  78.95 
 
 		 164 aa  225  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2771  preprotein translocase subunit SecB  78.95 
 
 		 163 aa  225  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6183  preprotein translocase subunit SecB  78.95 
 
 		 160 aa  224  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2909  preprotein translocase subunit SecB  78.95 
 
 		 159 aa  224  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1945  protein-export protein SecB  58.08 
 
 		 173 aa  200  6e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0940  protein-export protein SecB  62.67 
 
 		 181 aa  197  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.743949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3855  preprotein translocase subunit SecB  66.67 
 
 		 152 aa  197  5e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.138411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1650  protein-export protein SecB  61.33 
 
 		 174 aa  197  7e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.833903  normal  0.583875 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1816  protein-export protein SecB  67.16 
 
 		 167 aa  195  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0364683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1312  preprotein translocase subunit SecB  60.84 
 
 		 155 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.655485  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4100  protein-export protein SecB  65.15 
 
 		 154 aa  186  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.154363  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2825  preprotein translocase subunit SecB  65.62 
 
 		 150 aa  183  8e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3502  preprotein translocase subunit SecB  65.62 
 
 		 150 aa  183  8e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.444299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0716  preprotein translocase subunit SecB  62.96 
 
 		 166 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.946363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0041  preprotein translocase subunit SecB  62.88 
 
 		 169 aa  181  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.815394 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0930  preprotein translocase subunit SecB  60.58 
 
 		 155 aa  181  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.603252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0889  preprotein translocase subunit SecB  62.88 
 
 		 150 aa  177  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.098397  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3813  preprotein translocase subunit SecB  53.29 
 
 		 153 aa  175  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.211581 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0613  preprotein translocase subunit SecB  53.96 
 
 		 152 aa  167  7e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1124  preprotein translocase subunit SecB  47.5 
 
 		 159 aa  163  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2185  protein translocase subunit secB  52.38 
 
 		 157 aa  150  7e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.893597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1541  preprotein translocase subunit SecB  45.95 
 
 		 154 aa  149  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2402  preprotein translocase subunit SecB  47.18 
 
 		 152 aa  144  9e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2025  protein-export protein SecB  41.82 
 
 		 178 aa  134  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2537  preprotein translocase subunit SecB  45.99 
 
 		 155 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.849005  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0412  preprotein translocase subunit SecB  43.87 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.704473 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3282  preprotein translocase subunit SecB  43.9 
 
 		 168 aa  130  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5053  preprotein translocase subunit SecB  43.87 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5104  preprotein translocase subunit SecB  43.87 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1786  protein-export protein SecB  44.96 
 
 		 149 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2127  preprotein translocase, SecB subunit  44.96 
 
 		 149 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3208  protein-export protein chaperone SecB  42.58 
 
 		 155 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3164  preprotein translocase subunit SecB  42.28 
 
 		 165 aa  129  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4926  preprotein translocase subunit SecB  43.87 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.183537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2571  preprotein translocase subunit SecB  45.4 
 
 		 188 aa  128  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00740585 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0062  preprotein translocase subunit SecB  43.24 
 
 		 159 aa  129  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0336  preprotein translocase subunit SecB  40.38 
 
 		 161 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.523386  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4388  preprotein translocase, SecB subunit  40.54 
 
 		 165 aa  126  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00541  preprotein translocase subunit SecB  38.73 
 
 		 169 aa  126  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1953  protein-export protein SecB  40.91 
 
 		 149 aa  125  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000705897  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4468  preprotein translocase subunit SecB  42.75 
 
 		 162 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00890854 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4875  preprotein translocase subunit SecB  42.75 
 
 		 163 aa  124  9e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2256  preprotein translocase subunit SecB  43.67 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2227  preprotein translocase subunit SecB  43.67 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4215  preprotein translocase subunit SecB  41.84 
 
 		 161 aa  122  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0465  preprotein translocase subunit SecB  44.3 
 
 		 161 aa  122  2e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1702  preprotein translocase subunit SecB  44.3 
 
 		 161 aa  122  2e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4882  preprotein translocase subunit SecB  41.03 
 
 		 162 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67720  preprotein translocase subunit SecB  41.67 
 
 		 163 aa  121  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000356209  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5862  preprotein translocase subunit SecB  41.67 
 
 		 163 aa  121  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.128707  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3696  preprotein translocase subunit SecB  39.44 
 
 		 164 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4243  preprotein translocase subunit SecB  42.55 
 
 		 161 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.129397 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0049  preprotein translocase subunit SecB  41.13 
 
 		 161 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4019  preprotein translocase subunit SecB  39.72 
 
 		 157 aa  119  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0049  preprotein translocase subunit SecB  41.13 
 
 		 161 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000126595 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0045  preprotein translocase subunit SecB  41.13 
 
 		 161 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3804  preprotein translocase subunit SecB  40.88 
 
 		 162 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.903933  normal  0.687684 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0042  preprotein translocase subunit SecB  41.13 
 
 		 161 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5324  protein-export protein SecB  40.76 
 
 		 164 aa  117  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2015  protein-export protein SecB  37.18 
 
 		 172 aa  117  6e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00389495 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0034  preprotein translocase subunit SecB  43.17 
 
 		 164 aa  117  7e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4330  preprotein translocase subunit SecB  40.43 
 
 		 161 aa  117  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3900  preprotein translocase subunit SecB  39.01 
 
 		 155 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.192717 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3919  preprotein translocase subunit SecB  39.01 
 
 		 155 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4087  preprotein translocase subunit SecB  39.01 
 
 		 155 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4026  preprotein translocase subunit SecB  39.01 
 
 		 155 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3981  preprotein translocase subunit SecB  39.01 
 
 		 155 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.572141 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4082  preprotein translocase subunit SecB  37.5 
 
 		 156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908003  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4363  preprotein translocase subunit SecB  38.16 
 
 		 158 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0047  preprotein translocase subunit SecB  41.18 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000228873 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0045  preprotein translocase subunit SecB  41.18 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00254567 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0053  preprotein translocase subunit SecB  41.18 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0072  preprotein translocase subunit SecB  38 
 
 		 158 aa  116  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4138  preprotein translocase subunit SecB  38 
 
 		 158 aa  116  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0078  preprotein translocase subunit SecB  38 
 
 		 158 aa  116  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03467  export protein SecB  38.3 
 
 		 155 aa  115  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0096  protein-export protein SecB  38.3 
 
 		 155 aa  115  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4982  preprotein translocase subunit SecB  38.3 
 
 		 155 aa  115  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3821  preprotein translocase subunit SecB  38.3 
 
 		 155 aa  115  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4113  preprotein translocase subunit SecB  38.3 
 
 		 155 aa  115  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4037  preprotein translocase subunit SecB  38.3 
 
 		 155 aa  115  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>