More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0903 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0903  SAM-dependent methyltransferase  100 
 
 		 406 aa  817    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3440  PUA  73.76 
 
 		 393 aa  587  1e-167  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3432  PUA domain-containing protein  70.69 
 
 		 394 aa  583  1.0000000000000001e-165  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3685  SAM-dependent methyltransferase  74.38 
 
 		 395 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0805  SAM-dependent methyltransferase  75.62 
 
 		 395 aa  580  1e-164  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.969032 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2995  SAM-dependent methyltransferase  74.38 
 
 		 395 aa  580  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1062  SAM-dependent methyltransferase  67.82 
 
 		 422 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0139  PUA domain-containing protein  69.36 
 
 		 397 aa  553  1e-156  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3242  SAM-dependent methyltransferase  66.67 
 
 		 397 aa  537  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0051  hypothetical protein  55.75 
 
 		 397 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3698  PUA domain containing protein  54.85 
 
 		 400 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3375  PUA domain containing protein  55.01 
 
 		 397 aa  398  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3134  PUA domain-containing protein  52.64 
 
 		 404 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312464  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2997  PUA domain-containing protein  52.64 
 
 		 404 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0717099 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0282  SAM-dependent methyltransferase  51.96 
 
 		 398 aa  385  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6438  SAM-dependent methyltransferase  52.4 
 
 		 404 aa  383  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.812224 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3083  PUA domain-containing protein  52.05 
 
 		 404 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0506746 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0223  SAM-dependent methyltransferase  50.98 
 
 		 397 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0194  hypothetical protein  50.23 
 
 		 422 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0390  SAM-dependent methyltransferase  50.34 
 
 		 425 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2474  PUA domain-containing protein  52.16 
 
 		 404 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.78499  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3088  PUA domain-containing protein  52.16 
 
 		 404 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3105  PUA domain-containing protein  52.16 
 
 		 404 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.281212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0346  PUA domain containing protein  52.67 
 
 		 400 aa  378  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.734176 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0169  hypothetical protein  49.89 
 
 		 423 aa  375  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4376  SAM-dependent methyltransferase  51.46 
 
 		 400 aa  375  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2170  hypothetical protein  49.66 
 
 		 425 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.64943  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0073  PUA domain-containing protein  51.82 
 
 		 400 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2919  hypothetical protein  49.66 
 
 		 425 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0869648  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3257  hypothetical protein  49.66 
 
 		 425 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.521213  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3429  hypothetical protein  49.66 
 
 		 425 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0206  hypothetical protein  49.89 
 
 		 425 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0196  SAM-dependent methyltransferase  50.86 
 
 		 396 aa  359  5e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1911  PUA domain containing protein  53.47 
 
 		 396 aa  353  4e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4037  PUA domain-containing protein  46.17 
 
 		 397 aa  345  7e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.663766  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2932  PUA domain-containing protein  47.28 
 
 		 396 aa  342  5e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3155  SAM-dependent methyltransferase  46.67 
 
 		 411 aa  343  5e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3390  PUA domain-containing protein  47.03 
 
 		 396 aa  341  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1063  PUA domain containing protein  47.03 
 
 		 396 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504036 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3294  PUA domain-containing protein  47.03 
 
 		 396 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3515  PUA domain-containing protein  47.03 
 
 		 396 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.498444 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2247  hypothetical protein  45.41 
 
 		 396 aa  336  3.9999999999999995e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02370  methyltransferase  45.91 
 
 		 397 aa  334  1e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003408  hypothetical protein  45.52 
 
 		 397 aa  334  1e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000270562  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2965  putative SAM-dependent methyltransferase  46.67 
 
 		 396 aa  333  3e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.545858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0977  SAM-dependent methyltransferase  45.54 
 
 		 396 aa  332  9e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0973  SAM-dependent methyltransferase  45.3 
 
 		 396 aa  330  4e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.510915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1011  SAM-dependent methyltransferase  45.3 
 
 		 396 aa  329  5.0000000000000004e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.719099 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1368  PUA domain containing protein  47.63 
 
 		 397 aa  329  6e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1479  SAM-dependent methyltransferase  44.89 
 
 		 396 aa  328  1.0000000000000001e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.41969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02391  putative methyltransferase with S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase activity and a PUA domain  45.5 
 
 		 397 aa  328  2.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.907564  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1076  hypothetical protein  45.68 
 
 		 396 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00716941  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1082  hypothetical protein  45.68 
 
 		 396 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000305834  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1709  hypothetical protein  44.53 
 
 		 396 aa  327  2.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2629  hypothetical protein  45.68 
 
 		 396 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.126778  hitchhiker  0.0000254452 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1132  hypothetical protein  45.68 
 
 		 396 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.250632 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2151  hypothetical protein  46.17 
 
 		 396 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.111749  normal  0.201335 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2676  Protein of unknown function methylase putative  45.66 
 
 		 391 aa  327  3e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00640456  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2348  hypothetical protein  45.43 
 
 		 396 aa  327  3e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.287324  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2168  PUA domain-containing protein  44.25 
 
 		 395 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1149  SAM-dependent methyltransferase  45.05 
 
 		 396 aa  325  1e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1143  protein YccW  45.3 
 
 		 403 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.405441 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1155  hypothetical protein  45.3 
 
 		 403 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.282182  normal  0.900174 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1121  SAM-dependent methyltransferase  45.3 
 
 		 403 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  7.50041e-16 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1189  hypothetical protein  45.3 
 
 		 403 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.887543 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1038  protein YccW  45.3 
 
 		 403 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.677771  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0968  hypothetical protein  45.41 
 
 		 418 aa  321  9.999999999999999e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000850762  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3209  PUA domain-containing protein  45.27 
 
 		 396 aa  316  4e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0310372  hitchhiker  0.00624197 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2531  PUA domain-containing protein  45.27 
 
 		 396 aa  316  4e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.149563  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2620  PUA domain-containing protein  45.27 
 
 		 396 aa  316  4e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.925241  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1764  PUA domain-containing protein  43.89 
 
 		 396 aa  309  5.9999999999999995e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0181071  hitchhiker  0.000729336 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3058  PUA domain containing protein  46.63 
 
 		 400 aa  300  3e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00971  predicted methyltransferase  45.36 
 
 		 367 aa  298  9e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.406744  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00978  hypothetical protein  45.36 
 
 		 367 aa  298  9e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.536136  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4225  PUA domain containing protein  41.23 
 
 		 394 aa  296  4e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.731484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3701  protein of unknown function Met10  43.1 
 
 		 394 aa  294  2e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0887  PUA domain-containing protein  42.44 
 
 		 396 aa  290  5.0000000000000004e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.201837  unclonable  0.0000193307 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4090  PUA domain-containing protein  43.03 
 
 		 396 aa  287  2.9999999999999996e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.337957  normal  0.372554 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0968  methyltransferase small  41.62 
 
 		 392 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2323  methyltransferase small  40.88 
 
 		 400 aa  258  1e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.475171  hitchhiker  0.00560103 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0341  protein of unknown function Met10  38.58 
 
 		 395 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0993  SAM-dependent methyltransferase-like protein  36.59 
 
 		 391 aa  243  5e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0222076  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1409  protein of unknown function Met10  38.5 
 
 		 394 aa  239  8e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1218  protein of unknown function Met10  34.33 
 
 		 389 aa  238  2e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0747272  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0604  protein of unknown function Met10  37 
 
 		 394 aa  237  3e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000482493  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1137  hypothetical protein  36.18 
 
 		 391 aa  234  3e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.484053  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0846  SAM-dependent methyltransferase  39.53 
 
 		 391 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3712  SAM-dependent methyltransferase  35.63 
 
 		 393 aa  231  2e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.100663 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1811  protein of unknown function Met10  35.48 
 
 		 415 aa  230  4e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000878098  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2179  methyltransferase small  35.97 
 
 		 393 aa  225  1e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.41478  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2060  PUA domain-containing protein  34.24 
 
 		 418 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0032112  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3851  protein of unknown function Met10  37.88 
 
 		 388 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.848902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6903  putative RNA methylase  33.75 
 
 		 390 aa  219  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0358341  normal  0.255977 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0592  PUA domain-containing protein  34.59 
 
 		 394 aa  218  1e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3722  SAM-dependent methyltransferase  39.49 
 
 		 389 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1583  PUA domain containing protein  36.63 
 
 		 400 aa  215  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.303299  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1488  PUA domain containing protein  36.95 
 
 		 400 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2376  SAM-dependent methyltransferase  36.95 
 
 		 400 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3862  protein of unknown function Met10  38.73 
 
 		 389 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1491  putative RNA methylase  37.25 
 
 		 408 aa  213  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.286756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>