More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1670 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1670  oligopeptide ABC transporter permease protein  100 
 
 
325 aa  646    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0103707  normal  0.31836 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1317  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  73.54 
 
 
325 aa  498  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0651157 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.85 
 
 
325 aa  498  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  72 
 
 
325 aa  496  1e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0933  ABC transporter, inner membrane subunit  71.38 
 
 
325 aa  465  9.999999999999999e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0092  oligopeptide transport system permease protein  64.51 
 
 
336 aa  448  1e-125  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1265  peptide ABC transporter, permease protein, putative  66.46 
 
 
325 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0384598  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1022  hypothetical protein  64.62 
 
 
325 aa  443  1e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0989  hypothetical protein  64.62 
 
 
325 aa  443  1e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2063  oligopeptide ABC transporter, permease protein  63.58 
 
 
336 aa  442  1e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1183  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.54 
 
 
325 aa  440  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.13 
 
 
327 aa  358  7e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.150977 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1751  IM pore protein  56.75 
 
 
327 aa  349  5e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0205  hypothetical protein  41.23 
 
 
313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0214  hypothetical protein  41.23 
 
 
313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3694  IM pore protein  34.15 
 
 
312 aa  181  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.83 
 
 
313 aa  150  2e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
313 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.8 
 
 
332 aa  147  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.739242 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.6 
 
 
325 aa  147  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0639  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  30.72 
 
 
313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  30.45 
 
 
313 aa  146  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
313 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.77 
 
 
313 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
313 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29 
 
 
308 aa  144  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.79 
 
 
324 aa  143  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
309 aa  142  6e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.53 
 
 
321 aa  142  8e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.181911  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.19 
 
 
325 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.19 
 
 
326 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1080  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.69 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.810626  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.19 
 
 
326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.09 
 
 
346 aa  140  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.29 
 
 
339 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.186938  normal  0.127201 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.46 
 
 
321 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  30.68 
 
 
321 aa  137  2e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.41 
 
 
333 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.04 
 
 
315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  0.741309 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0487  putative dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  29.69 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.346546 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  29.41 
 
 
326 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  31.73 
 
 
298 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5079  oligopeptide ABC transporter, permease protein  30.79 
 
 
318 aa  135  9e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.823719  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7517  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  28.35 
 
 
317 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.636938  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2974  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.55 
 
 
342 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.552398  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.31 
 
 
312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.42 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.79 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  29.05 
 
 
339 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  29.21 
 
 
339 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  29.21 
 
 
339 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  29.21 
 
 
339 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  29.21 
 
 
339 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.71 
 
 
306 aa  133  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  27.73 
 
 
339 aa  133  5e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  29.06 
 
 
381 aa  132  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  30.79 
 
 
318 aa  132  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  28.19 
 
 
324 aa  132  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  29.06 
 
 
339 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  29.06 
 
 
339 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  29.06 
 
 
339 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  29.06 
 
 
339 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.1 
 
 
306 aa  132  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  29.06 
 
 
339 aa  132  6.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.15 
 
 
314 aa  132  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  29.06 
 
 
339 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.04 
 
 
306 aa  132  6.999999999999999e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  29.06 
 
 
339 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  29.06 
 
 
339 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0253  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  27.81 
 
 
308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0169931  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  29.06 
 
 
339 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.45 
 
 
335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.97 
 
 
335 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2257  oligopeptide ABC transporter, permease component  26.63 
 
 
321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.61 
 
 
316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.585262  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.5 
 
 
321 aa  130  3e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.23 
 
 
313 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  28.21 
 
 
339 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2554  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  27.43 
 
 
321 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  28.21 
 
 
339 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.73 
 
 
339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.21 
 
 
318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  30.11 
 
 
339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  28.82 
 
 
321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.75 
 
 
313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  29.06 
 
 
339 aa  129  6e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  28.98 
 
 
351 aa  129  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.18 
 
 
308 aa  129  7.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.452226  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  26.61 
 
 
310 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.18 
 
 
306 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.36 
 
 
321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0267  oligopeptide ABC transporter, permease protein  29.91 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.14 
 
 
321 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.84 
 
 
344 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.25 
 
 
350 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.02 
 
 
345 aa  128  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.16813  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.38 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.31067  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  29.06 
 
 
339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>