More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2032 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
327 aa  649    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.150977 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1751  IM pore protein  80.06 
 
 
327 aa  489  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.74 
 
 
325 aa  404  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.9 
 
 
325 aa  403  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1317  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.23 
 
 
325 aa  385  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0651157 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0933  ABC transporter, inner membrane subunit  57.06 
 
 
325 aa  378  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1670  oligopeptide ABC transporter permease protein  56.13 
 
 
325 aa  375  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0103707  normal  0.31836 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1265  peptide ABC transporter, permease protein, putative  56.13 
 
 
325 aa  364  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0384598  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1022  hypothetical protein  51.07 
 
 
325 aa  356  2.9999999999999997e-97  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0989  hypothetical protein  51.07 
 
 
325 aa  356  2.9999999999999997e-97  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0092  oligopeptide transport system permease protein  52 
 
 
336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2063  oligopeptide ABC transporter, permease protein  51.38 
 
 
336 aa  351  1e-95  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1183  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.45 
 
 
325 aa  347  2e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0205  hypothetical protein  38.04 
 
 
313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0214  hypothetical protein  38.04 
 
 
313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3694  IM pore protein  34.85 
 
 
312 aa  188  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  34.94 
 
 
314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7517  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  28.88 
 
 
317 aa  143  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.636938  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.04 
 
 
318 aa  142  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  31.63 
 
 
313 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.03 
 
 
313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0639  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  28.44 
 
 
313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.97 
 
 
325 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.46 
 
 
308 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0942  nickel-transporting ATPase  31.93 
 
 
305 aa  139  8.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.541988  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.68 
 
 
333 aa  138  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.81 
 
 
332 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.739242 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  31.59 
 
 
321 aa  138  2e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.57 
 
 
324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1080  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.72 
 
 
307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.810626  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.67 
 
 
321 aa  136  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0692911 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.61 
 
 
313 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.6 
 
 
326 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.3 
 
 
321 aa  135  8e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.181911  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.93 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.77 
 
 
313 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.84 
 
 
307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.089816 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  28.19 
 
 
326 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_931  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  31.71 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.541229  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  28.78 
 
 
321 aa  130  3e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  28.35 
 
 
310 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.49 
 
 
308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.243628  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.97 
 
 
318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.49 
 
 
308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.46607  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.25 
 
 
307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.09 
 
 
312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5912  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.39 
 
 
339 aa  129  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.185264  normal  0.0388419 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.23 
 
 
313 aa  129  7.000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.03 
 
 
305 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  32.52 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0570  oligopeptide ABC transporter, permease protein  30.18 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.71 
 
 
326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.14 
 
 
307 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.801835  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.77 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.47 
 
 
321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0267  oligopeptide ABC transporter, permease protein  29.48 
 
 
318 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.11 
 
 
325 aa  127  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.59 
 
 
321 aa  127  3e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.53 
 
 
335 aa  126  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.9 
 
 
307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0759  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.73 
 
 
306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000961636  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  29.8 
 
 
318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.53 
 
 
331 aa  126  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.308853 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  32.22 
 
 
336 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.59 
 
 
314 aa  126  6e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  31.29 
 
 
308 aa  125  7e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444748  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.79 
 
 
307 aa  125  7e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681707  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.09 
 
 
313 aa  125  7e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.33 
 
 
321 aa  125  8.000000000000001e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5079  oligopeptide ABC transporter, permease protein  29.19 
 
 
318 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.823719  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.81 
 
 
321 aa  125  9e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.44 
 
 
311 aa  125  9e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2031  ABC transporter, permease protein  27.91 
 
 
313 aa  125  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.381274  normal  0.768388 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  28.73 
 
 
339 aa  124  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  31.94 
 
 
336 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.18 
 
 
306 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.22 
 
 
334 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.36 
 
 
305 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587247  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.45 
 
 
336 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0487  putative dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  30.4 
 
 
308 aa  123  3e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.346546 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.09 
 
 
344 aa  123  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.14 
 
 
346 aa  123  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.62 
 
 
320 aa  123  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.51 
 
 
316 aa  123  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.57 
 
 
317 aa  123  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.55 
 
 
338 aa  123  4e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.508813  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3510  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  32.64 
 
 
329 aa  123  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  28.45 
 
 
339 aa  123  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.7 
 
 
313 aa  123  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.12 
 
 
316 aa  122  7e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.585262  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.66 
 
 
306 aa  122  7e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.86 
 
 
313 aa  122  9e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0249  oligopeptide ABC transporter, permease protein  28.53 
 
 
318 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.79 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0210  oligopeptide ABC transporter, permease  28.53 
 
 
318 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  29.79 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0232  oligopeptide ABC transporter permease protein  28.53 
 
 
318 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>