More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3459 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3459  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
340 aa  701    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3240  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  86.47 
 
 
340 aa  590  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.207886  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0114  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  84.71 
 
 
340 aa  585  1e-166  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.918447 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1376  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  83.24 
 
 
340 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0300827  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2775  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  80.59 
 
 
340 aa  575  1.0000000000000001e-163  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0044  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  82.94 
 
 
340 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0034  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  82.94 
 
 
340 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1410  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  75.73 
 
 
341 aa  548  1e-155  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.308974  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2664  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  73.98 
 
 
341 aa  523  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2718  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  73.68 
 
 
341 aa  506  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.845789  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1426  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70 
 
 
359 aa  494  1e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1186  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70.18 
 
 
344 aa  493  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2824  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.04 
 
 
344 aa  488  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.163926  normal  0.649951 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3514  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.64 
 
 
357 aa  491  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000101086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2214  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.88 
 
 
344 aa  484  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244055  normal  0.319963 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0238  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.67 
 
 
344 aa  486  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0344  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.58 
 
 
344 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.034026 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3182  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.67 
 
 
344 aa  487  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3384  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.58 
 
 
344 aa  486  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3185  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.98 
 
 
344 aa  486  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0122  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.57 
 
 
345 aa  485  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2702  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.57 
 
 
344 aa  482  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.347697  normal  0.305752 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0229  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.58 
 
 
344 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2929  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.57 
 
 
344 aa  482  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.047306 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0237  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.98 
 
 
344 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3593  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.98 
 
 
344 aa  481  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0831  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.28 
 
 
344 aa  481  1e-135  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0887  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.98 
 
 
344 aa  479  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3908  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.87 
 
 
344 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.117901 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2793  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  67.85 
 
 
344 aa  479  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.430867  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0338  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.98 
 
 
344 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4232  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  67.17 
 
 
344 aa  481  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0846709 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3290  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.37 
 
 
344 aa  477  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0493  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.67 
 
 
344 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.60024  normal  0.710301 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4363  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.66 
 
 
344 aa  467  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1196  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.71 
 
 
345 aa  462  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0575411  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1101  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.06 
 
 
343 aa  455  1e-127  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4618  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.9 
 
 
342 aa  451  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2110  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  63.96 
 
 
342 aa  449  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2876  aspartate semialdehyde dehydrogenase  62.94 
 
 
341 aa  450  1e-125  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0016  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  57.86 
 
 
336 aa  429  1e-119  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1782  aspartate semialdehyde dehydrogenase  59.23 
 
 
339 aa  420  1e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.017997  hitchhiker  0.00498224 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0944  aspartate semialdehyde dehydrogenase  56.97 
 
 
336 aa  413  1e-114  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1717  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  58.75 
 
 
347 aa  397  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.806069  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1248  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  57.27 
 
 
340 aa  387  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207297  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1106  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  58.08 
 
 
340 aa  379  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0598378  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1231  aspartate semialdehyde dehydrogenase  58.46 
 
 
340 aa  379  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.160291 
 
 
-
 
NC_002978  WD0954  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  52.35 
 
 
344 aa  375  1e-103  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0328  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  58.97 
 
 
349 aa  372  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.453399 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1757  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  57.74 
 
 
341 aa  370  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.783502  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2062  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  56.63 
 
 
340 aa  367  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2382  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  56.85 
 
 
349 aa  365  1e-100  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2274  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  56.38 
 
 
348 aa  366  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.126357  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1340  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  57.86 
 
 
341 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.665671 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0910  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  55.06 
 
 
339 aa  365  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000070881  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1715  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  57.57 
 
 
340 aa  364  1e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1903  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  56.25 
 
 
339 aa  363  2e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000116797  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3351  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  54.76 
 
 
339 aa  363  2e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0830053 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0254  aspartate semialdehyde dehydrogenase  55.82 
 
 
348 aa  362  3e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0800  aspartate-semialdehyde dehydrogenase, USG-1 related  54.82 
 
 
340 aa  358  8e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000180575  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1731  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  52.98 
 
 
340 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0683511  hitchhiker  0.00261875 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2074  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  52.98 
 
 
340 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1808  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  56.02 
 
 
340 aa  356  2.9999999999999997e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.996773  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1047  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  54.17 
 
 
339 aa  355  6.999999999999999e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00486598  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1016  aspartate-semialdehyde dehydrogenase, USG-1 related  52.52 
 
 
340 aa  355  8.999999999999999e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2854  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  55.95 
 
 
342 aa  353  2e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.923137  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2250  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  54.3 
 
 
340 aa  350  2e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2221  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  54.6 
 
 
340 aa  350  2e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3166  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  57.1 
 
 
340 aa  350  2e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2220  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  52.1 
 
 
340 aa  349  5e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.763212  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0945  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  53.92 
 
 
336 aa  345  7e-94  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01262  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  54.03 
 
 
341 aa  343  2e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0604  aspartate semialdehyde dehydrogenase  53.27 
 
 
339 aa  340  1e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000271293  hitchhiker  0.00940362 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1369  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  51.05 
 
 
332 aa  341  1e-92  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.705444  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1941  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  54.71 
 
 
340 aa  340  2e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.733379  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2990  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  51.51 
 
 
339 aa  340  2e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.478455  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3032  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  51.51 
 
 
339 aa  340  2e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0687  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  53.78 
 
 
337 aa  338  5e-92  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1484  aspartate-semialdehyde dehydrogenase, USG-1 related  51.63 
 
 
338 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0171916  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2152  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  53.12 
 
 
338 aa  335  5e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000198984  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2308  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  52.24 
 
 
338 aa  334  1e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000121331  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2986  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  51.8 
 
 
338 aa  335  1e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000971394  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1393  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  51.34 
 
 
338 aa  334  1e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.336042  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2761  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  52.54 
 
 
338 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000339959  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2838  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  52.54 
 
 
338 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000159168  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2744  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  52.54 
 
 
338 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000610142  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3363  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  51.93 
 
 
338 aa  333  2e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.81581  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1615  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  52.54 
 
 
338 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000415846  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08670  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  51.06 
 
 
351 aa  333  3e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0724448  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2443  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  52.82 
 
 
338 aa  333  3e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000737036  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0863  aspartate semialdehyde dehydrogenase  51.19 
 
 
338 aa  332  4e-90  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0350  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  51.95 
 
 
334 aa  332  5e-90  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0724  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  50.45 
 
 
344 aa  332  5e-90  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.675858  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1074  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  54.23 
 
 
340 aa  332  8e-90  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0940  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  53.92 
 
 
340 aa  331  1e-89  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.281567  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1073  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  51.79 
 
 
337 aa  331  1e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0640  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  50.15 
 
 
344 aa  330  2e-89  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1650  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  51.8 
 
 
338 aa  330  2e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00338188  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1613  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  52.24 
 
 
338 aa  330  3e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000186594  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1477  aspartate semialdehyde dehydrogenase  51.63 
 
 
338 aa  329  5.0000000000000004e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000311076  normal  0.537594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>