More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2478 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2478  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  100 
 
 
368 aa  704    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124891  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2661  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  91.3 
 
 
368 aa  534  1e-150  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000179953 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4598  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  64.43 
 
 
376 aa  391  1e-108  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2398  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.29 
 
 
359 aa  298  1e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.940863  normal  0.750352 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1871  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  46.94 
 
 
358 aa  295  1e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0496  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  51.91 
 
 
382 aa  290  2e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.150259  normal  0.194541 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3265  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  49.27 
 
 
678 aa  287  2e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2463  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  48.39 
 
 
348 aa  286  5.999999999999999e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283428  normal  0.44924 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1430  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.58 
 
 
366 aa  278  9e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0230431  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0089  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  47.11 
 
 
391 aa  277  2e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.442133  normal  0.763555 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.16 
 
 
380 aa  271  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.2 
 
 
380 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  42.01 
 
 
406 aa  263  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40 
 
 
378 aa  262  4.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2999  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.65 
 
 
366 aa  262  6e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  41.83 
 
 
378 aa  262  8e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  38.74 
 
 
381 aa  261  2e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  38.74 
 
 
381 aa  261  2e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.32 
 
 
386 aa  260  3e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3049  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.81 
 
 
379 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.64 
 
 
381 aa  256  4e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  40.61 
 
 
383 aa  256  5e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2810  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.55 
 
 
382 aa  255  8e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.954761  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  40.72 
 
 
379 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  40.06 
 
 
383 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0804  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.86 
 
 
389 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3487  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.29 
 
 
383 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.323095  normal  0.958366 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  40.22 
 
 
386 aa  251  1e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.8 
 
 
391 aa  250  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2274  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  41.53 
 
 
369 aa  251  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.02 
 
 
381 aa  250  3e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.5 
 
 
379 aa  250  3e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  40.5 
 
 
396 aa  249  6e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.5 
 
 
396 aa  249  6e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  40.5 
 
 
396 aa  249  6e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  40.5 
 
 
396 aa  249  6e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  40.5 
 
 
396 aa  249  6e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  40.5 
 
 
396 aa  249  6e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  40.5 
 
 
396 aa  249  6e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  40.5 
 
 
396 aa  249  7e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  40.5 
 
 
396 aa  249  7e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2344  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.58 
 
 
395 aa  248  1e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.53 
 
 
385 aa  248  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.25 
 
 
405 aa  247  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03463  L-lactate dehydrogenase  42.15 
 
 
388 aa  247  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.95 
 
 
383 aa  246  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3929  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.22 
 
 
388 aa  246  6e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0176319  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.81 
 
 
379 aa  246  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  39.78 
 
 
380 aa  245  8e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12350  L-lactate dehydrogenase/FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.06 
 
 
371 aa  245  9e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2351  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.36 
 
 
385 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599671  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0378  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.25 
 
 
371 aa  244  9.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5491  L-lactate dehydrogenase  40.76 
 
 
381 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316989  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3911  L-lactate dehydrogenase  41.32 
 
 
396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3895  L-lactate dehydrogenase  41.32 
 
 
396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.61 
 
 
383 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4080  L-lactate dehydrogenase  41.32 
 
 
396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4018  L-lactate dehydrogenase  41.32 
 
 
396 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  39.94 
 
 
379 aa  243  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3635  L-lactate dehydrogenase  40.77 
 
 
379 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3973  L-lactate dehydrogenase  41.32 
 
 
396 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.749794 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63090  L-lactate dehydrogenase  41.05 
 
 
381 aa  243  6e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0242094  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2560  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.38 
 
 
396 aa  242  7e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.64 
 
 
388 aa  242  9e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1654  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.86 
 
 
402 aa  241  1e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1050  L-lactate dehydrogenase  40.44 
 
 
381 aa  241  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3083  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.77 
 
 
395 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.796124  normal  0.594065 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0254  L-lactate dehydrogenase  40.22 
 
 
378 aa  241  1e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1889  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.13 
 
 
402 aa  241  1e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0450886 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0130  L-lactate dehydrogenase  40.5 
 
 
395 aa  241  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.91 
 
 
378 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  39.73 
 
 
381 aa  240  2e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  40 
 
 
386 aa  241  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  39.73 
 
 
381 aa  240  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  39.73 
 
 
381 aa  240  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.5 
 
 
379 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.63 
 
 
390 aa  240  4e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2905  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.11 
 
 
431 aa  239  4e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2130  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  49.54 
 
 
343 aa  239  5e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.559248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.09 
 
 
379 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3608  L-lactate dehydrogenase  43.7 
 
 
380 aa  239  5.999999999999999e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236817  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0905  Lactate 2-monooxygenase  40.63 
 
 
388 aa  238  1e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3154  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.44 
 
 
381 aa  238  1e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.74 
 
 
397 aa  238  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4034  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.29 
 
 
373 aa  238  2e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  40.5 
 
 
392 aa  237  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  39.45 
 
 
386 aa  236  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0468  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.52 
 
 
390 aa  236  4e-61  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000798916  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0762  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.62 
 
 
400 aa  236  4e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.109477  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0695  L-lactate dehydrogenase  41.11 
 
 
381 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000139507 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0360  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.04 
 
 
370 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6258  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.37 
 
 
390 aa  236  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.39 
 
 
379 aa  235  8e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1466  Lactate 2-monooxygenase  44.41 
 
 
396 aa  235  8e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2077  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.38 
 
 
394 aa  234  1.0000000000000001e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4737  L-lactate dehydrogenase  39.94 
 
 
381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1817  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.42 
 
 
349 aa  233  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.466899 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3293  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.96 
 
 
403 aa  233  3e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0836045  hitchhiker  0.00293755 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1112  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.36 
 
 
381 aa  233  3e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4602  L-lactate dehydrogenase  39.67 
 
 
381 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515412  normal  0.0177303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>