More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3708 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
282 aa  554  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.17735  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0619  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  87.59 
 
 
282 aa  454  1e-127  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.94 
 
 
282 aa  455  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.606554  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0657  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  86.52 
 
 
282 aa  446  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.866188  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.92 
 
 
282 aa  384  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3283  hypothetical protein  70.92 
 
 
282 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3288  ABC glycerol-3-phosphate transporter, inner membrane subunit UgpE  70.57 
 
 
287 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.64 
 
 
287 aa  380  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.340466  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2050  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.54 
 
 
282 aa  364  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.54 
 
 
282 aa  363  1e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.342174  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.99 
 
 
282 aa  358  7e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.682243 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.99 
 
 
282 aa  358  7e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1285  twin-arginine translocation pathway signal  61.13 
 
 
283 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5467  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.99 
 
 
282 aa  355  5e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.96596  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2016  sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein  60.99 
 
 
284 aa  353  2e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0189923 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.93 
 
 
282 aa  347  8e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.70012 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.7 
 
 
282 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0236  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  59.93 
 
 
281 aa  346  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.325941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0113  putative sugar ABC transporter (permease protein)  59.93 
 
 
282 aa  346  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.49 
 
 
282 aa  345  4e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.99 
 
 
282 aa  345  5e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.174842 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.35 
 
 
280 aa  344  8e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27374  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.99 
 
 
282 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.1 
 
 
283 aa  341  5.999999999999999e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3652  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.24 
 
 
283 aa  340  1e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0857223  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0258  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  59.22 
 
 
281 aa  340  2e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3653  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  59.22 
 
 
281 aa  340  2e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.703589 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3960  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  59.22 
 
 
281 aa  340  2e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.53735  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.28 
 
 
280 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.01 
 
 
282 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.110391  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.66 
 
 
282 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.177015  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.14 
 
 
283 aa  332  6e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.58438 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3730  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  57.45 
 
 
281 aa  330  2e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3854  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.74 
 
 
281 aa  329  2e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.591583 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.45 
 
 
281 aa  329  3e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03300  glycerol-3-phosphate transporter subunit  57.09 
 
 
281 aa  328  8e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3872  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  57.09 
 
 
281 aa  328  8e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3648  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  57.09 
 
 
281 aa  328  8e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0265  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  57.09 
 
 
281 aa  328  8e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.174017  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03253  hypothetical protein  57.09 
 
 
281 aa  328  8e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4765  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  57.09 
 
 
281 aa  328  8e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.188272 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3929  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.74 
 
 
281 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0376  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.49 
 
 
281 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2710  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.49 
 
 
281 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0397  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.49 
 
 
281 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0325  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.84 
 
 
281 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0316  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.49 
 
 
281 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3746  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.74 
 
 
281 aa  325  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3757  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.74 
 
 
281 aa  325  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3824  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.74 
 
 
281 aa  325  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3867  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.74 
 
 
281 aa  325  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466868  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3926  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.74 
 
 
281 aa  325  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0300  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.44 
 
 
281 aa  325  6e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3019  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.14 
 
 
281 aa  323  1e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1266  SN-glycerol-3-phosphate transmembrane ABC transporter protein  59.72 
 
 
282 aa  322  3e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75502  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.54 
 
 
283 aa  322  5e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.936696  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3695  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.14 
 
 
281 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2742  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.79 
 
 
281 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3724  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.79 
 
 
281 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.359275  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3211  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.79 
 
 
281 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198924  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1762  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.79 
 
 
281 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3753  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.79 
 
 
281 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2792  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.79 
 
 
281 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3859  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.67 
 
 
282 aa  315  6e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0119  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  57.24 
 
 
281 aa  311  9e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0127  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  56.89 
 
 
281 aa  310  1e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4043  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.32 
 
 
282 aa  310  2e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.76 
 
 
283 aa  309  2.9999999999999997e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.257261 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2711  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.32 
 
 
281 aa  308  5e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.027951  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3494  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.32 
 
 
281 aa  308  9e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.32 
 
 
281 aa  305  4.0000000000000004e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.12847  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.9 
 
 
282 aa  305  8.000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000209933 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3511  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.67 
 
 
281 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0450535  normal  0.0797424 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0446  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.32 
 
 
281 aa  301  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152206  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.45 
 
 
278 aa  298  7e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06398  ABC-type sugar transport system permease  51.94 
 
 
282 aa  295  4e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.73 
 
 
306 aa  293  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.493685 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2095  sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter, binding protein inner membrane component  52.65 
 
 
282 aa  289  3e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.565936 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 
306 aa  286  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0347  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  54.06 
 
 
283 aa  284  9e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1157  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  47.29 
 
 
280 aa  272  4.0000000000000004e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1695  hypothetical protein  48.5 
 
 
275 aa  272  5.000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1694  hypothetical protein  48.12 
 
 
275 aa  271  9e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0357  ABC transporter membrane spanning protein (sn-Glycerol-3-phosphate)  47.86 
 
 
280 aa  260  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2077  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.38 
 
 
305 aa  249  3e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059569  normal  0.144695 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5505  ABC transporter membrane spanning protein (sn-Glycerol-3-phosphate)  41.06 
 
 
295 aa  249  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
304 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.258859 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
304 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0662  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  41.97 
 
 
297 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4504  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.16 
 
 
297 aa  221  8e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.369097  normal  0.590311 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
291 aa  199  6e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0439942  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2349  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.529792  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.930102 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
270 aa  176  4e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
270 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
277 aa  171  1e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
279 aa  168  1e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0553602  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
276 aa  166  4e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
291 aa  161  1e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.86109 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>