More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4188 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
287 aa  572  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.340466  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3288  ABC glycerol-3-phosphate transporter, inner membrane subunit UgpE  79.79 
 
 
287 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.48 
 
 
282 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3283  hypothetical protein  82.18 
 
 
282 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.64 
 
 
282 aa  402  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.17735  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.92 
 
 
282 aa  358  7e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.606554  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0619  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  71.54 
 
 
282 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0657  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  70.77 
 
 
282 aa  350  2e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.866188  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3652  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.31 
 
 
283 aa  345  5e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0857223  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1285  twin-arginine translocation pathway signal  61.68 
 
 
283 aa  341  7e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0113  putative sugar ABC transporter (permease protein)  61.32 
 
 
282 aa  338  5e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5467  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.54 
 
 
282 aa  338  5e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.96596  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.49 
 
 
282 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.49 
 
 
282 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.682243 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.06 
 
 
283 aa  335  3.9999999999999995e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2016  sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein  59.72 
 
 
284 aa  334  9e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0189923 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.03 
 
 
282 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.70012 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2050  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.72 
 
 
282 aa  332  4e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 
282 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.342174  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.79 
 
 
282 aa  329  4e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.51 
 
 
282 aa  328  7e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.51 
 
 
282 aa  328  8e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.51 
 
 
282 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.174842 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.35 
 
 
280 aa  325  5e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27374  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.35 
 
 
280 aa  325  6e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.73 
 
 
283 aa  319  3e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.58438 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 
282 aa  318  9e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.110391  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.71 
 
 
282 aa  316  4e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.177015  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0236  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55.76 
 
 
281 aa  306  3e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.325941 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.99 
 
 
278 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1266  SN-glycerol-3-phosphate transmembrane ABC transporter protein  60.16 
 
 
282 aa  305  6e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75502  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0316  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  54.64 
 
 
281 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0376  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55 
 
 
281 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.72 
 
 
281 aa  301  7.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.12847  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2710  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55 
 
 
281 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0397  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  55 
 
 
281 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0325  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  54.29 
 
 
281 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.91 
 
 
283 aa  301  1e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.936696  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3960  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.24 
 
 
281 aa  300  2e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.53735  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3653  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.24 
 
 
281 aa  300  2e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.703589 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0258  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.24 
 
 
281 aa  300  2e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0300  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.93 
 
 
281 aa  299  3e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.98 
 
 
282 aa  298  6e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000209933 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3019  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.74 
 
 
281 aa  298  9e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.11 
 
 
281 aa  296  3e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4765  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  52.75 
 
 
281 aa  295  6e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.188272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0265  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  52.75 
 
 
281 aa  295  6e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.174017  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3872  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  52.75 
 
 
281 aa  295  6e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3648  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  52.75 
 
 
281 aa  295  6e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03300  glycerol-3-phosphate transporter subunit  52.75 
 
 
281 aa  295  8e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3730  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  52.75 
 
 
281 aa  295  8e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03253  hypothetical protein  52.75 
 
 
281 aa  295  8e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3929  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  52.38 
 
 
281 aa  294  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3695  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.74 
 
 
281 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2742  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.38 
 
 
281 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3724  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.38 
 
 
281 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.359275  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3211  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.38 
 
 
281 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198924  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1762  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.38 
 
 
281 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3753  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.38 
 
 
281 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2792  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.38 
 
 
281 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3854  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  52.38 
 
 
281 aa  293  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.591583 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2711  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.96 
 
 
281 aa  291  9e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.027951  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3926  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  51.44 
 
 
281 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3746  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  51.44 
 
 
281 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3824  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  51.44 
 
 
281 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3867  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  51.44 
 
 
281 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466868  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3757  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  51.44 
 
 
281 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.11 
 
 
283 aa  288  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.257261 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3511  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  57.14 
 
 
281 aa  286  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0450535  normal  0.0797424 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0446  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  57.14 
 
 
281 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152206  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0347  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  57.53 
 
 
283 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3494  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  53.6 
 
 
281 aa  281  9e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06398  ABC-type sugar transport system permease  51.27 
 
 
282 aa  281  9e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.92 
 
 
306 aa  275  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.493685 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2095  sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter, binding protein inner membrane component  50.69 
 
 
282 aa  274  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.565936 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1157  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  48.92 
 
 
280 aa  274  1.0000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3859  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  51.8 
 
 
282 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4043  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  52.16 
 
 
282 aa  271  7e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0119  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  52.16 
 
 
281 aa  267  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.52 
 
 
306 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0127  glycerol-3-phosphate transporter membrane protein  52.16 
 
 
281 aa  267  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1694  hypothetical protein  45.05 
 
 
275 aa  259  5.0000000000000005e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1695  hypothetical protein  45.05 
 
 
275 aa  258  8e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0357  ABC transporter membrane spanning protein (sn-Glycerol-3-phosphate)  47.46 
 
 
280 aa  252  5.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2077  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.29 
 
 
305 aa  241  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059569  normal  0.144695 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5505  ABC transporter membrane spanning protein (sn-Glycerol-3-phosphate)  42.16 
 
 
295 aa  224  9e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.88 
 
 
304 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.258859 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4504  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.16 
 
 
297 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.369097  normal  0.590311 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0662  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  41.3 
 
 
297 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2349  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
305 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.529792  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0439942  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
279 aa  168  1e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0553602  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
277 aa  159  4e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.82 
 
 
300 aa  158  9e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.150269  normal  0.306181 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
276 aa  155  1e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.1 
 
 
268 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.146401  normal  0.117975 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.98 
 
 
288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.930102 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
252 aa  151  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.7318  normal  0.016139 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>