More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3228 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0150  ABC transporter related  80.78 
 
 		 517 aa  853    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0995169  normal  0.0204884 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0156  ABC transporter related  79.42 
 
 		 517 aa  844    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000343593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3228  ABC transporter related  100 
 
 		 517 aa  1045    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0975  ABC transporter related  43.7 
 
 		 495 aa  422  1e-117  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220508  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1029  ABC transporter-related protein  43.56 
 
 		 506 aa  401  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.724261 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5601  ribose import ATP-binding protein RbsA  41.72 
 
 		 506 aa  392  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3003  ABC transporter related  44.17 
 
 		 495 aa  390  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00261146  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2492  ABC transporter related protein  39.18 
 
 		 498 aa  388  1e-106  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0289  ABC transporter related  42.13 
 
 		 506 aa  387  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.266417 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0125  ABC transporter related  41.31 
 
 		 507 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4030  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  41.51 
 
 		 507 aa  385  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4096  sugar transport ATP-binding protein  41.51 
 
 		 507 aa  385  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4608  ABC transporter related  41.02 
 
 		 519 aa  382  1e-105  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1667  ABC transporter related  41.01 
 
 		 502 aa  385  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.338027  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1601  ABC transporter related  39.71 
 
 		 525 aa  382  1e-105  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0562  ABC transporter-related protein  40.37 
 
 		 496 aa  381  1e-104  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000997744  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3279  ABC transporter related  40.82 
 
 		 505 aa  379  1e-104  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  42.24 
 
 		 497 aa  379  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0411  ABC transporter related  41.34 
 
 		 494 aa  380  1e-104  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.046808  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0946  ABC transporter related  42.94 
 
 		 499 aa  377  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0298167  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5471  ABC transporter related  41.19 
 
 		 520 aa  378  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0581  ABC transporter related  40.78 
 
 		 496 aa  378  1e-103  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2246  L-arabinose transporter ATP-binding protein  41.14 
 
 		 511 aa  378  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000548441 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2851  ABC transporter related protein  44.29 
 
 		 504 aa  373  1e-102  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.291073  normal  0.688126 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0634  ribose ABC transporter ATP-binding protein  40.7 
 
 		 494 aa  374  1e-102  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.97602  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0578  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  40.7 
 
 		 494 aa  374  1e-102  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2172  ABC transporter-like  40.04 
 
 		 517 aa  373  1e-102  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.327318  normal  0.453102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1254  ABC transporter related  41.12 
 
 		 515 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0724  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  40.7 
 
 		 494 aa  374  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.79429e-30 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1228  ABC transporter related  40.95 
 
 		 517 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0415  ABC transporter related  39.84 
 
 		 503 aa  374  1e-102  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000110391  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0577  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  40.49 
 
 		 494 aa  372  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5318  ABC transporter related  41.67 
 
 		 508 aa  371  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.398307  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1800  ABC-type sugar transport system, ATPase component  40.16 
 
 		 492 aa  370  1e-101  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225071  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0164  ABC transporter related  41.18 
 
 		 496 aa  370  1e-101  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2010  ABC transporter related  37.88 
 
 		 500 aa  370  1e-101  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4071  ABC transporter related  39.68 
 
 		 500 aa  369  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.414928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6315  ABC transporter related  40.7 
 
 		 514 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.681428  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0735  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  39.55 
 
 		 494 aa  365  1e-100  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0699  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  39.96 
 
 		 494 aa  367  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.159606  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0796  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  40.29 
 
 		 494 aa  368  1e-100  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5135  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  40.43 
 
 		 524 aa  366  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6474  ABC transporter related  40.53 
 
 		 514 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.891446  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6709  ABC transporter related  40.53 
 
 		 514 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.268301  normal  0.306288 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4639  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  39.96 
 
 		 494 aa  367  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.202571  unclonable  1.04957e-25 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1371  D-ribose transporter ATP binding protein  40 
 
 		 504 aa  365  1e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3569  ABC transporter related  39.8 
 
 		 516 aa  365  1e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585388  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2808  ABC transporter ATP-binding protein  38.96 
 
 		 510 aa  365  1e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2266  ABC transporter related  38.85 
 
 		 499 aa  365  1e-99  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000122283  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1653  ABC transporter related  42.01 
 
 		 519 aa  364  2e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0555167  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1644  ABC transporter related  38.7 
 
 		 495 aa  363  3e-99  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1134  ABC transporter related  39.26 
 
 		 506 aa  363  5.0000000000000005e-99  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000497905  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22700  ABC transporter related  37.96 
 
 		 501 aa  363  5.0000000000000005e-99  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00201717  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4920  L-arabinose transporter ATP-binding protein  41.18 
 
 		 519 aa  362  6e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.671617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0580  ABC transporter related  38.37 
 
 		 508 aa  362  1e-98  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.677056  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3347  ABC transporter related  40.08 
 
 		 513 aa  362  1e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0920182  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0391  ABC transporter related protein  38.29 
 
 		 499 aa  362  1e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.302991  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6345  ABC transporter related  41.31 
 
 		 516 aa  361  2e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.144091 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4133  ABC transporter related  41.38 
 
 		 502 aa  361  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1655  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  41.72 
 
 		 517 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4237  D-ribose transporter ATP binding protein  39.92 
 
 		 501 aa  361  2e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0287863  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09550  ABC transporter related  39.88 
 
 		 500 aa  361  2e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.58805  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0286  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  41.72 
 
 		 517 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0197  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  41.72 
 
 		 517 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422897  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3706  ABC transporter related  42.64 
 
 		 506 aa  360  3e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.594267  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0341  D-ribose transporter ATP binding protein  39.39 
 
 		 501 aa  360  3e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06145  D-ribose transporter ATP binding protein  38.57 
 
 		 501 aa  360  3e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0010  D-ribose transporter ATP binding protein  40 
 
 		 500 aa  360  3e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0046  L-arabinose transporter ATP-binding protein  40.72 
 
 		 522 aa  360  4e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.54995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2595  ABC transporter related  39.19 
 
 		 537 aa  360  4e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.870253  normal  0.943264 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1792  ABC transporter related  40.16 
 
 		 494 aa  360  4e-98  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0113555  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000341  ribose ABC transport system ATP-binding protein RbsA  38.57 
 
 		 501 aa  360  5e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3109  ABC transporter related  38.9 
 
 		 500 aa  359  5e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00977673  hitchhiker  0.0000567489 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0989  ABC transporter related  38.21 
 
 		 499 aa  359  6e-98  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.86187  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2458  ABC transporter-related protein  42.15 
 
 		 498 aa  359  6e-98  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0832  ABC transporter related  38.1 
 
 		 520 aa  358  9.999999999999999e-98  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4900  D-ribose transporter ATP binding protein  39.71 
 
 		 501 aa  358  9.999999999999999e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.200163  hitchhiker  0.000000993507 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0291  ABC transporter related  41.21 
 
 		 514 aa  358  9.999999999999999e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4589  L-arabinose transporter ATP-binding protein  40.55 
 
 		 515 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173683 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1711  ABC transporter related  41.09 
 
 		 517 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0318504 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5219  L-arabinose transporter ATP-binding protein  40.55 
 
 		 515 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5640  L-arabinose transporter ATP-binding protein  40.55 
 
 		 515 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.273168  normal  0.0496803 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1620  ABC transporter related  36.14 
 
 		 493 aa  357  2.9999999999999997e-97  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2030  L-arabinose transporter ATP-binding protein  39.1 
 
 		 507 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.288148  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1063  ABC transporter related  40.16 
 
 		 517 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.627623  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3328  ABC transporter related  40.77 
 
 		 512 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1543  ABC transporter related  40.16 
 
 		 517 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0849155  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5039  ABC transporter related  40.77 
 
 		 512 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5684  ABC transporter related  40.82 
 
 		 509 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.878529 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2211  ABC transporter-related protein  40.69 
 
 		 535 aa  357  3.9999999999999996e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.139274 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3599  ABC transporter related  39.88 
 
 		 512 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.190927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3406  ABC transporter related  40.59 
 
 		 507 aa  356  5e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.551553  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5275  ABC transporter related  41.08 
 
 		 508 aa  356  5e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0254262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5245  ABC transporter related  41.06 
 
 		 514 aa  356  5e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.835189 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0809  ABC transporter related  38.1 
 
 		 509 aa  356  5e-97  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4170  ABC transporter related  39.84 
 
 		 503 aa  356  5e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611876  normal  0.0273413 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1519  ABC transporter related  40.16 
 
 		 517 aa  356  5.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0747025  normal  0.022294 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6710  ABC transporter, ATP binding subunit (putative high-affinity D-ribose transport)  41.68 
 
 		 507 aa  355  7.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11533  normal  0.0914748 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1884  L-arabinose transporter ATP-binding protein  39.1 
 
 		 523 aa  354  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.326668  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1998  L-arabinose transporter ATP-binding protein  39.1 
 
 		 523 aa  354  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>