95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1747 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1747  putative cobalamin biosynthesis protein  100 
 
 		 145 aa  283  5e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.161178 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2636  precorrin-3B C17-methyltransferase  57.55 
 
 		 612 aa  149  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.168127  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2126  precorrin-3B C17-methyltransferase protein  62.5 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66936  normal  0.0232718 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2368  putative precorrin-3B C17-methyltransferase protein  57.5 
 
 		 143 aa  120  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.450162  normal  0.0563077 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3383  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  47.93 
 
 		 464 aa  89.4  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.538003  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1301  precorrin-3B C17-methyltransferase, putative  44.26 
 
 		 131 aa  85.9  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1264  putative precorrin-3B C17-methyltransferase  44.26 
 
 		 131 aa  85.9  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1882  precorrin-3B C17-methyltransferase, putative  42.75 
 
 		 137 aa  80.9  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.809661  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2778  cobalamin biosynthesis protein CobE  38.71 
 
 		 137 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.43283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3019  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  42.64 
 
 		 149 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108721  normal  0.148561 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0175  precorrin-3B C17-methyltransferase  51.64 
 
 		 601 aa  73.2  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.120567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1345  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  42.19 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.49198  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3373  cobalamin biosynthesis protein CbiG  30.08 
 
 		 258 aa  64.3  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1558  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  28.1 
 
 		 357 aa  63.2  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3540  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  36.3 
 
 		 347 aa  63.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3514  putative CobE protein  33.88 
 
 		 125 aa  62.4  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.374002 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17041  bifunctional cbiH protein and precorrin-3B C17-methyltransferase  33.93 
 
 		 604 aa  61.6  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0040  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  36.8 
 
 		 353 aa  61.2  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3102  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  35.11 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2702  precorrin-3B C17-methyltransferase  41.8 
 
 		 574 aa  60.8  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000152397 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2531  cobalamin biosynthesis protein CobE  36.07 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.573883  hitchhiker  0.00728118 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1617  precorrin-3 methyltransferase  31.3 
 
 		 606 aa  60.8  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.481163  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16381  bifunctional cbiH protein and precorrin-3B C18-methyltransferace  33.07 
 
 		 620 aa  60.5  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0643  precorrin-3 methyltransferase  38.33 
 
 		 561 aa  60.5  0.000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0184568  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1317  precorrin-3B C17-methyltransferase  46.36 
 
 		 611 aa  58.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161327  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3606  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  34.35 
 
 		 347 aa  58.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25930  hypothetical protein  35.66 
 
 		 142 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00192848  normal  0.0649917 
 
 
-
 
NC_002950  PG0211  cobalamin biosynthesis protein CbiG/precorrin-4 C11-methyltransferase  36.08 
 
 		 614 aa  58.5  0.00000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17291  bifunctional cbiH protein and precorrin-3B C17-methyltransferase  30.4 
 
 		 600 aa  57.8  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.792145  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1093  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  36.8 
 
 		 365 aa  57.8  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2520  precorrin-3B C17-methyltransferase  42.34 
 
 		 577 aa  57.8  0.00000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2214  hypothetical protein  36.22 
 
 		 142 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.693941  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0484  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  33.09 
 
 		 351 aa  56.2  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1288  precorrin-4 C11-methyltransferase  30.95 
 
 		 626 aa  55.8  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3230  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  33.33 
 
 		 357 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.106675  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2608  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  27.78 
 
 		 399 aa  56.2  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1295  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  30.4 
 
 		 368 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0452493 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3129  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  36.67 
 
 		 132 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0572  precorrin-3B C17-methyltransferase  33.88 
 
 		 800 aa  55.1  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1273  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  29.01 
 
 		 340 aa  54.7  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0217  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  36.44 
 
 		 398 aa  53.5  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17171  bifunctional cbiH protein and precorrin-3B C17-methyltransferase  29.6 
 
 		 600 aa  53.5  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0934  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  26.72 
 
 		 425 aa  53.5  0.0000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611922 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6033  precorrin-3B C17-methyltransferase  34.96 
 
 		 810 aa  53.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.038685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4477  precorrin-4 C11-methyltransferase  29.85 
 
 		 610 aa  53.5  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00717843  normal  0.120162 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1997  precorrin-3B C17-methyltransferase region  35.85 
 
 		 537 aa  52.8  0.000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0124664  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1017  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  37.59 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.959197  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3409  cobalamin biosynthesis protein cobE, putative  31.82 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.34231 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1429  cobalamin biosynthesis protein CbiG  23.62 
 
 		 332 aa  52  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00979138  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1718  precorrin-4 C11-methyltransferase  29.77 
 
 		 598 aa  50.8  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.956767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1377  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  29.32 
 
 		 351 aa  50.8  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1081  precorrin-3 methyltransferase  28.87 
 
 		 593 aa  50.4  0.000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2084  cobalamin biosynthesis protein CbiG-like protein  36.61 
 
 		 508 aa  50.4  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3155  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  35.16 
 
 		 144 aa  50.4  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.418613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19561  bifunctional cbiH protein and precorrin-3B C17-methyltransferase  28.87 
 
 		 593 aa  49.7  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0314  cobalamin biosynthesis protein CbiG  26.32 
 
 		 349 aa  50.1  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1299  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  29.17 
 
 		 379 aa  50.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4588  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  34.65 
 
 		 142 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000406351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2353  hypothetical protein  29.55 
 
 		 128 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1235  cobalamin biosynthesis protein CbiG  22.83 
 
 		 284 aa  48.9  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3649  cobalamin biosynthesis protein CbiG  31.97 
 
 		 259 aa  49.3  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23501  bifunctional cbiH protein and precorrin-3B C17-methyltransferase  42.48 
 
 		 594 aa  49.3  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.659645 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0329  precorrin-3 methyltransferase  38.39 
 
 		 579 aa  48.5  0.00003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.189951 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3151  putative CobE protein  32.23 
 
 		 134 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409186  normal  0.274603 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0472  cobalamin biosynthesis protein CbiG  32.79 
 
 		 276 aa  48.1  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0637  precorrin-3B C17-methyltransferase  32.77 
 
 		 837 aa  48.1  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.647433 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2710  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  28.91 
 
 		 354 aa  48.1  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.329819  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4366  precorrin-3 methyltransferase  29 
 
 		 663 aa  47.8  0.00006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.216409 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1264  precorrin-3B C17-methyltransferase  34.71 
 
 		 778 aa  47  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21210  precorrin-4 C11-methyltransferase  32.38 
 
 		 867 aa  46.6  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0802  precorrin-3B C17-methyltransferase  32.54 
 
 		 547 aa  46.2  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0804272  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4089  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  28.32 
 
 		 141 aa  45.4  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3743  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  35.11 
 
 		 401 aa  45.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1720  cobalamin biosynthesis protein CbiG  30.65 
 
 		 290 aa  45.1  0.0004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2769  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  37.23 
 
 		 152 aa  44.3  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.189555  normal  0.117586 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1227  cobalamin biosynthesis protein CbiG  31.09 
 
 		 290 aa  44.7  0.0005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.382267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2015  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  32.35 
 
 		 424 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00297302  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0113  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  28.23 
 
 		 329 aa  43.9  0.0007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.205342  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2296  putative bifunctional protein (CbiGH)  33.33 
 
 		 158 aa  43.9  0.0007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.192633  normal  0.0156989 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0379  precorrin-3B C17-methyltransferase  28.57 
 
 		 631 aa  43.5  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0703  cobalamin biosynthesis protein CbiG  22.22 
 
 		 320 aa  43.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0967  putative CobE protein  42.31 
 
 		 140 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.333911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0480  cobalamin biosynthesis protein  33.33 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0445  cobalamin biosynthesis protein  33.33 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0075  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  36.17 
 
 		 152 aa  42.4  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2356  cobalamin biosynthesis protein CbiG  36 
 
 		 264 aa  42.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1852  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  29.75 
 
 		 279 aa  41.6  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2993  cobalamin biosynthesis protein CbiG, putative  31.25 
 
 		 351 aa  41.6  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1014  precorrin-4 C11-methyltransferase  30.19 
 
 		 626 aa  42  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4162  precorrin-4 C11-methyltransferase  36.17 
 
 		 958 aa  41.6  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.329616  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0935  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  28.24 
 
 		 350 aa  41.6  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1035  putative CobE protein  39.34 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0291  cobalamin biosynthesis protein CbiG  34.4 
 
 		 319 aa  40.8  0.007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0539  hypothetical protein  39.02 
 
 		 140 aa  40.8  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0903  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  22.7 
 
 		 323 aa  40.4  0.009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>