64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0169 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0169  chorismate mutase-related enzyme  100 
 
 		 103 aa  207  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.483631 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1284  chorismate mutase related enzyme  44.09 
 
 		 106 aa  74.7  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0206152  normal  0.407727 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0570  chorismate mutase  45.16 
 
 		 105 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0662  chorismate mutase  45.16 
 
 		 105 aa  62.8  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0691  chorismate mutase  43.82 
 
 		 105 aa  62.4  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.4264  normal  0.337326 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2315  chorismate mutase  45.16 
 
 		 105 aa  62.8  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.275699 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1139  chorismate mutase  44.32 
 
 		 108 aa  58.2  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.522403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2521  chorismate mutase  38.14 
 
 		 101 aa  56.6  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0316614 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0569  chorismate mutase  36.67 
 
 		 114 aa  53.9  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1555  hypothetical protein  36.36 
 
 		 93 aa  53.1  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.302636  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4076  chorismate mutase  31.82 
 
 		 109 aa  52.4  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0663  chorismate mutase  35.29 
 
 		 115 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2357  chorismate mutase  34.02 
 
 		 101 aa  50.4  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.708038 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0652  chorismate mutase  35.29 
 
 		 115 aa  50.4  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0670145  normal  0.113986 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0631  chorismate mutase  35.29 
 
 		 115 aa  50.8  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.485034 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1832  isochorismate-pyruvate lyase  37.35 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.46106  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3271  chorismate mutase  34.48 
 
 		 109 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3617  chorismate mutase  31.18 
 
 		 110 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766482 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0671  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  29.76 
 
 		 374 aa  48.9  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106766  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0787  chorismate mutase  36.05 
 
 		 135 aa  49.3  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1269  normal  0.218255 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0357  Chorismate mutase  31.03 
 
 		 114 aa  48.1  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0367  chorismate mutase  31.03 
 
 		 114 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2059  Chorismate mutase  29.67 
 
 		 104 aa  47.4  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.897142  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0443  chorismate mutase  32.18 
 
 		 117 aa  47  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259409 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0872  isochorismate-pyruvate lyase  33.33 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0782  isochorismate-pyruvate lyase  33.33 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3094  phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  37.33 
 
 		 475 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.307275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2146  isochorismate-pyruvate lyase  33.33 
 
 		 101 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00415541  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0668  isochorismate-pyruvate lyase  32.61 
 
 		 101 aa  45.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.444426  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5002  isochorismate-pyruvate lyase  33.7 
 
 		 101 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.116305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0060  chorismate mutase  32.53 
 
 		 114 aa  44.7  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352497  hitchhiker  0.00833168 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3365  isochorismate-pyruvate lyase  33.7 
 
 		 101 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311518  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5285  isochorismate-pyruvate lyase  33.7 
 
 		 101 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0852308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4204  chorismate mutase  30.43 
 
 		 110 aa  44.7  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.47894  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3653  chorismate mutase  50 
 
 		 104 aa  43.9  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0753  chorismate mutase  32.29 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0958  chorismate mutase  32.94 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.993568 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0309  chorismate mutase  29.89 
 
 		 100 aa  43.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1346  chorismate mutase related enzyme  30.3 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.478071  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14790  chorismate mutase  36.56 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.165725  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0026  chorismate mutase  35 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630084  normal  0.0206275 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1123  chorismate mutase  36.36 
 
 		 114 aa  42.4  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1396  chorismate mutase  35.8 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0880  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  29.89 
 
 		 373 aa  42.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.404976  normal  0.139237 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1986  chorismate mutase  34.09 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4456  chorismate mutase  51.35 
 
 		 105 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0870  isochorismate-pyruvate lyase  34.38 
 
 		 102 aa  41.6  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71104  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2350  chorismate mutase  41.46 
 
 		 107 aa  41.6  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  28.74 
 
 		 373 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.28721 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2863  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  28.74 
 
 		 373 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0273979 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2813  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  28.74 
 
 		 373 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2759  isochorismate-pyruvate lyase  31.03 
 
 		 106 aa  41.2  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0261778 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3163  isochorismate-pyruvate lyase  31.03 
 
 		 106 aa  41.2  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2403  chorismate mutase  32.93 
 
 		 116 aa  41.2  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2882  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  28.74 
 
 		 373 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0721758  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2596  isochorismate pyruvate-lyase  31 
 
 		 106 aa  40.8  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.878016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09220  isochorismate-pyruvate lyase  31.31 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.119967  normal  0.746406 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4074  chorismate mutase  30.85 
 
 		 106 aa  40.4  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3079  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  28.74 
 
 		 373 aa  40.4  0.008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394407  normal  0.0294046 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00993  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.25 
 
 		 375 aa  40.4  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4585  chorismate mutase related enzymes  25.64 
 
 		 97 aa  40  0.009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004405  chorismate mutase I/cyclohexadienyl dehydrogenase  26.25 
 
 		 375 aa  40  0.01  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  29.89 
 
 		 373 aa  40  0.01  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0271953  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1074  chorismate mutase  29.89 
 
 		 373 aa  40  0.01  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.134673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>