More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3164 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_3164  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
389 aa  784    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.768074  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04879  succinyl-CoA synthetase subunit beta  96.14 
 
 
389 aa  734    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.640254  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  81.56 
 
 
387 aa  648    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2117  succinyl-CoA synthetase subunit beta  81.7 
 
 
387 aa  639    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.07 
 
 
389 aa  460  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1269  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.74 
 
 
388 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610511  normal  0.0166636 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2547  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.13 
 
 
391 aa  460  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.130475 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2912  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.59 
 
 
388 aa  454  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.51 
 
 
388 aa  457  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2879  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.74 
 
 
388 aa  455  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2966  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.74 
 
 
388 aa  455  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.84 
 
 
389 aa  457  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1386  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.74 
 
 
388 aa  455  1e-127  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.900778  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1238  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.84 
 
 
388 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.988188  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3098  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60 
 
 
388 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2250  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.84 
 
 
388 aa  451  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.655045 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.55 
 
 
388 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.801133  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2908  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.55 
 
 
388 aa  449  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.816309  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0754  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.55 
 
 
388 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00676  hypothetical protein  58.55 
 
 
388 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0775  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.55 
 
 
388 aa  449  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2928  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.55 
 
 
388 aa  449  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.523722  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0740  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.55 
 
 
388 aa  449  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0820  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.55 
 
 
388 aa  449  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1228  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.55 
 
 
388 aa  448  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.81 
 
 
397 aa  449  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0647  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.55 
 
 
388 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.3 
 
 
397 aa  443  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0771  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.29 
 
 
388 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.92 
 
 
387 aa  444  1e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.92 
 
 
387 aa  444  1e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0894  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.29 
 
 
388 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.117114  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0861  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.29 
 
 
388 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0229067 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1617  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.21 
 
 
388 aa  443  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.3 
 
 
397 aa  443  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1146  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.37 
 
 
388 aa  443  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0797  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.29 
 
 
388 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0208379  normal  0.0728159 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.3 
 
 
397 aa  443  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0832  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.29 
 
 
388 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00412785  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2202  succinyl-CoA synthase, beta subunit  54.92 
 
 
388 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00971799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.92 
 
 
388 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.22 
 
 
390 aa  438  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1557  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.22 
 
 
390 aa  438  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0821  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.04 
 
 
397 aa  435  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.97511 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.8 
 
 
397 aa  432  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.32 
 
 
389 aa  431  1e-120  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2797  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.44 
 
 
388 aa  428  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.646018  normal  0.685585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1157  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.11 
 
 
388 aa  429  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.29 
 
 
397 aa  431  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2812  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.96 
 
 
388 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2221  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.48 
 
 
388 aa  427  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0353826  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.51 
 
 
388 aa  427  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01357  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.25 
 
 
388 aa  425  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1220  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.51 
 
 
409 aa  427  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29740  Succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.33 
 
 
389 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0808  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.22 
 
 
386 aa  426  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0967  succinyl-CoA synthase, beta subunit  59.04 
 
 
386 aa  423  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3757  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.48 
 
 
388 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.14 
 
 
410 aa  422  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2181  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.48 
 
 
388 aa  421  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3509  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.96 
 
 
388 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.019231  normal  0.863924 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004110  succinyl-CoA ligase [ADP-forming] beta chain  56.48 
 
 
388 aa  421  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.29 
 
 
403 aa  419  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2341  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.22 
 
 
388 aa  418  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.188241  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3686  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.74 
 
 
388 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43950  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.48 
 
 
388 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0993593  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4186  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.96 
 
 
388 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.146804  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1838  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.22 
 
 
388 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.062455  normal  0.042007 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2626  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.22 
 
 
388 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00132784  normal  0.0696862 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  52.38 
 
 
399 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2513  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.22 
 
 
388 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.955755  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1668  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.96 
 
 
388 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.11525  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2506  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.22 
 
 
388 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00062173  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  53.11 
 
 
388 aa  416  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1429  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.48 
 
 
388 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1839  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.92 
 
 
388 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00631921  normal  0.060899 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0269  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.04 
 
 
389 aa  414  1e-114  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2267  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.48 
 
 
388 aa  414  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1374  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.76 
 
 
390 aa  414  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.85 
 
 
386 aa  413  1e-114  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01877  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.22 
 
 
388 aa  413  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.527866  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.85 
 
 
386 aa  412  1e-114  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0920  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.26 
 
 
398 aa  413  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492661  normal  0.231916 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.8 
 
 
407 aa  412  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1637  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.48 
 
 
388 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.258222  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1712  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.48 
 
 
388 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00288074  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1712  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.48 
 
 
388 aa  414  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0807295  normal  0.149582 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2240  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.96 
 
 
391 aa  413  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.014872  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1932  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.22 
 
 
388 aa  410  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.27 
 
 
398 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0713  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.26 
 
 
389 aa  410  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00106571  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.47 
 
 
386 aa  409  1e-113  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1790  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.18 
 
 
388 aa  410  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0280  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.76 
 
 
398 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0625888 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3170  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.63 
 
 
399 aa  410  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.32 
 
 
388 aa  407  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.99 
 
 
386 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1657  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.12 
 
 
388 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0504146  normal  0.508057 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2103  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.25 
 
 
388 aa  407  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32957  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.73 
 
 
386 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>