More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1214 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1214  hypothetical protein  100 
 
 
260 aa  542  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1285  hypothetical protein  99.62 
 
 
260 aa  540  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0462071  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1215  hypothetical protein  97.69 
 
 
260 aa  507  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.769269 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3331  hypothetical protein  93.85 
 
 
260 aa  488  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3019  hypothetical protein  80 
 
 
280 aa  427  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3004  hypothetical protein  79.3 
 
 
285 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1359  hypothetical protein  80.71 
 
 
280 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000528372 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3162  hypothetical protein  79.79 
 
 
280 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.770866  hitchhiker  0.00658945 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1281  hypothetical protein  80 
 
 
247 aa  408  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.400451 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1295  hypothetical protein  79.23 
 
 
247 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1422  hypothetical protein  78.46 
 
 
247 aa  402  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.126204 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2373  hypothetical protein  79.62 
 
 
247 aa  403  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.714384  normal  0.359463 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1535  hypothetical protein  78.85 
 
 
247 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.295146 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1107  hypothetical protein  75 
 
 
248 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2325  hypothetical protein  69.48 
 
 
222 aa  330  2e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338387  normal  0.476496 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1769  hypothetical protein  67.76 
 
 
222 aa  327  9e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.466472  hitchhiker  0.00507269 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03280  parA family protein  74.88 
 
 
231 aa  323  2e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2879  hypothetical protein  67.29 
 
 
222 aa  323  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.187633  hitchhiker  0.00000000100318 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0207  parA family protein  73.83 
 
 
222 aa  318  5e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1285  hypothetical protein  70.42 
 
 
222 aa  307  8e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.016663 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2431  hypothetical protein  69.95 
 
 
222 aa  306  3e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.44122  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2808  hypothetical protein  69.67 
 
 
222 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2428  hypothetical protein  69.67 
 
 
222 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.138637  normal  0.0455143 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2498  hypothetical protein  69.67 
 
 
222 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.349306  normal  0.0447038 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1451  hypothetical protein  69.95 
 
 
224 aa  305  7e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00188654  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1552  hypothetical protein  69.67 
 
 
222 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2590  hypothetical protein  69.19 
 
 
222 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.300803  normal  0.0153957 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1677  hypothetical protein  69.19 
 
 
222 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1699  hypothetical protein  69.19 
 
 
222 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.228644  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1662  hypothetical protein  69.19 
 
 
222 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00377419  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2680  hypothetical protein  69.19 
 
 
222 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0196753 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0719  hypothetical protein  39.35 
 
 
213 aa  151  1e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000042547  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1377  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.38 
 
 
211 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5389  hypothetical protein  33.64 
 
 
213 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4960  hypothetical protein  33.64 
 
 
213 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.1 
 
 
215 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0226442  normal  0.408806 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4314  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.02 
 
 
210 aa  111  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0895864  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4322  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.24 
 
 
213 aa  106  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.243197  normal  0.444003 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3684  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.37 
 
 
216 aa  102  9e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.444567  normal 
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0610  hypothetical protein  29.65 
 
 
228 aa  95.9  7e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0025  para protein  28.65 
 
 
222 aa  94.7  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00204905  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2510  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.23 
 
 
207 aa  93.2  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.746062 
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4996  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.84 
 
 
209 aa  91.7  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16647  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_7009  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.14 
 
 
223 aa  90.9  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295052  normal 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7043  hypothetical protein  30.35 
 
 
227 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284311  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2788  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.16 
 
 
216 aa  89  6e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2341  ParA family protein  27.7 
 
 
207 aa  88.2  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6457  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.64 
 
 
222 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.839742 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3861  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.57 
 
 
214 aa  88.2  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1906  plasmid partitioning-family protein  27.95 
 
 
240 aa  87.4  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.283785 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6541  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.13 
 
 
221 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.975947  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1986  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.84 
 
 
212 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399731  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3192  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.11 
 
 
212 aa  86.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.164704  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2868  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.44 
 
 
212 aa  86.3  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0223269 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0014  ParaA family ATPase  29.36 
 
 
209 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.308628  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0457  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.37 
 
 
212 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7739  hypothetical protein  29.35 
 
 
220 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4980  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.76 
 
 
209 aa  82.8  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.618219  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1264  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.23 
 
 
212 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2374  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.31 
 
 
213 aa  82.4  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000187977 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3023  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.3 
 
 
212 aa  82  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110709 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a005  plasmid partitioning protein  26.61 
 
 
222 aa  82  0.000000000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00164324  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2720  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.3 
 
 
212 aa  82  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.757961  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0001  putative partition protein  28.11 
 
 
216 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2621  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.3 
 
 
212 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2401  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.98 
 
 
213 aa  81.6  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266448  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1879  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.37 
 
 
212 aa  81.3  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1255  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.37 
 
 
212 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.139665 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1486  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.91 
 
 
212 aa  79.7  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3524  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.91 
 
 
212 aa  79.7  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2336  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.98 
 
 
217 aa  79.7  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.759981  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0582  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.91 
 
 
217 aa  79.7  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.11868  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1360  ParA family protein, putative  29.74 
 
 
217 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0573305  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1289  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.91 
 
 
212 aa  79.3  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31100  putative plasmid partitioning protein  28.37 
 
 
212 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139072  unclonable  1.33471e-22 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3730  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.65 
 
 
212 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3065  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.54 
 
 
241 aa  79  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0687  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.11 
 
 
212 aa  78.6  0.00000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3014  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.57 
 
 
217 aa  78.6  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3077  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.57 
 
 
217 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3388  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.35 
 
 
229 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.395731  normal  0.623749 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0709  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.98 
 
 
217 aa  76.6  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2932  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.37 
 
 
212 aa  76.6  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178089  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3697  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.35 
 
 
229 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.321056  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2655  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.65 
 
 
212 aa  76.3  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.673188  normal  0.276632 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3579  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.35 
 
 
229 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.277645  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3433  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.98 
 
 
212 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2605  putative partition protein  27.65 
 
 
212 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.331091  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.73 
 
 
217 aa  75.1  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0758055  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0759  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.19 
 
 
212 aa  74.7  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.634853 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35970  ATPase, ParA type  28.11 
 
 
212 aa  75.1  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1203  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.73 
 
 
217 aa  75.1  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1504  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.79 
 
 
215 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0239725  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6252  ATPase involved in chromosome partitioning-like protein  25.91 
 
 
223 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0236598  normal 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0021  hypothetical protein  25.57 
 
 
227 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0145504  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4167  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.91 
 
 
212 aa  73.9  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3185  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.9 
 
 
217 aa  73.2  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352981  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7732  putative plasmid partition protein  26.98 
 
 
220 aa  72.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1018  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25 
 
 
210 aa  72.8  0.000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.026532  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3600  ATPase involved in chromosome partitioning-like protein  26.85 
 
 
219 aa  72.4  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>