More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4173 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  100 
 
 		 215 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0226442  normal  0.408806 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4960  hypothetical protein  46.41 
 
 		 213 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5389  hypothetical protein  46.41 
 
 		 213 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4314  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  39.23 
 
 		 210 aa  150  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0895864  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0719  hypothetical protein  37.62 
 
 		 213 aa  149  4e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000042547  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3684  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.51 
 
 		 216 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.444567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1377  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.43 
 
 		 211 aa  125  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a005  plasmid partitioning protein  36.41 
 
 		 222 aa  124  1e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00164324  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2879  hypothetical protein  32.88 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.187633  hitchhiker  0.00000000100318 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1769  hypothetical protein  33.49 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.466472  hitchhiker  0.00507269 
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0610  hypothetical protein  37.19 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2325  hypothetical protein  32.55 
 
 		 222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338387  normal  0.476496 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_7009  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.65 
 
 		 223 aa  119  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4322  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.62 
 
 		 213 aa  118  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.243197  normal  0.444003 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2374  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.21 
 
 		 213 aa  108  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000187977 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5043  hypothetical protein  31.63 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000269108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1214  hypothetical protein  34.1 
 
 		 260 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1285  hypothetical protein  34.1 
 
 		 260 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0462071  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3331  hypothetical protein  34.56 
 
 		 260 aa  103  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0001  putative partition protein  34.88 
 
 		 216 aa  102  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3004  hypothetical protein  33.02 
 
 		 285 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2428  hypothetical protein  33.02 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.138637  normal  0.0455143 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2498  hypothetical protein  33.02 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.349306  normal  0.0447038 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1215  hypothetical protein  33.64 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769269 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1359  hypothetical protein  32.56 
 
 		 280 aa  99.8  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000528372 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1662  hypothetical protein  33.49 
 
 		 222 aa  99.8  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00377419  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1699  hypothetical protein  33.49 
 
 		 222 aa  99.8  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.228644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1677  hypothetical protein  33.49 
 
 		 222 aa  99.8  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03280  parA family protein  33.49 
 
 		 231 aa  99.4  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2680  hypothetical protein  33.49 
 
 		 222 aa  99.8  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0196753 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2590  hypothetical protein  33.02 
 
 		 222 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.300803  normal  0.0153957 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3019  hypothetical protein  32.56 
 
 		 280 aa  99.4  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2401  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.8 
 
 		 213 aa  98.6  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266448  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2808  hypothetical protein  32.08 
 
 		 222 aa  98.2  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2431  hypothetical protein  34.4 
 
 		 222 aa  98.2  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.44122  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3162  hypothetical protein  32.09 
 
 		 280 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.770866  hitchhiker  0.00658945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1295  hypothetical protein  33.02 
 
 		 247 aa  97.4  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1552  hypothetical protein  32.55 
 
 		 222 aa  97.4  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1281  hypothetical protein  32.6 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.400451 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1285  hypothetical protein  32.26 
 
 		 222 aa  95.9  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.016663 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1422  hypothetical protein  33.87 
 
 		 247 aa  95.9  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.126204 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0025  para protein  31.58 
 
 		 222 aa  95.9  4e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00204905  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0207  parA family protein  33.33 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1451  hypothetical protein  33.49 
 
 		 224 aa  94  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00188654  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3600  ATPase involved in chromosome partitioning-like protein  30.99 
 
 		 219 aa  92.8  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2373  hypothetical protein  32.58 
 
 		 247 aa  92.8  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.714384  normal  0.359463 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1535  hypothetical protein  35.57 
 
 		 247 aa  91.7  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.295146 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6541  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.17 
 
 		 221 aa  91.7  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.975947  n/a   
 
 
-
 
NC_010374  M446_7043  hypothetical protein  33.5 
 
 		 227 aa  88.2  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284311  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1107  hypothetical protein  34 
 
 		 248 aa  87.4  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0008  plasmid partition protein A, putative  30.19 
 
 		 219 aa  85.5  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000745248  n/a   
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7739  hypothetical protein  33.5 
 
 		 220 aa  85.1  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0032  putative plasmid partition protein A  29.77 
 
 		 219 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0137071  normal  0.591473 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4776  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.8 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.74468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3861  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.9 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4285  chromosome partitioning ATPase protein-like  28.04 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0125  plasmid partition protein ParF  27.64 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.369409  normal  0.733147 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2216  hypothetical protein  44.54 
 
 		 211 aa  78.6  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1508  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.17 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.11595  normal  0.281598 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5173  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.17 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0876458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1526  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.02 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1590  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.02 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.950784  decreased coverage  0.00512965 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1306  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.02 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0759  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.25 
 
 		 212 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.634853 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6160  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.82 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.135361 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6457  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.86 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.839742 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3256  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.28 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000144706  hitchhiker  0.0000785935 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2788  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.35 
 
 		 216 aa  76.6  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7737  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.82 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3192  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.04 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.164704  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1986  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.58 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399731  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5758  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.35 
 
 		 231 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.713323  normal  0.732786 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6002  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.35 
 
 		 231 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.743833 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1203  cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.99 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0457  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.56 
 
 		 212 aa  74.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6670  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.35 
 
 		 231 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.99 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0758055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3077  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.25 
 
 		 217 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5826  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.35 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493371  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6193  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.35 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0869  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.05 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2341  ParA family protein  34.97 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4014  cobyrinic acid ac-diamide synthase  36 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.132805 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2336  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.56 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.759981  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3014  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.25 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2868  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.25 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0223269 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4248  chromosome partitioning ATPase  26.05 
 
 		 222 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173583  normal  1 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0021  hypothetical protein  26.42 
 
 		 227 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0145504  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1978  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.14 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0582  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.93 
 
 		 217 aa  70.1  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.11868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3185  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.25 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352981  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6252  ATPase involved in chromosome partitioning-like protein  24.77 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0236598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1745  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30 
 
 		 213 aa  69.3  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.543877  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2799  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.88 
 
 		 212 aa  69.3  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.392004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35970  ATPase, ParA type  30.52 
 
 		 212 aa  69.3  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2510  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  38.26 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.746062 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4980  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.69 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.618219  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2330  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.93 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3818  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.56 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.772437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4881  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.28 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270203  hitchhiker  0.000435633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>