More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1281 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1281  hypothetical protein  100 
 
 		 247 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.400451 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1295  hypothetical protein  92.71 
 
 		 247 aa  456  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1422  hypothetical protein  89.88 
 
 		 247 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.126204 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1535  hypothetical protein  87.04 
 
 		 247 aa  435  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.295146 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2373  hypothetical protein  86.23 
 
 		 247 aa  429  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.714384  normal  0.359463 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3331  hypothetical protein  78.85 
 
 		 260 aa  408  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1214  hypothetical protein  80 
 
 		 260 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1285  hypothetical protein  80 
 
 		 260 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0462071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1215  hypothetical protein  80 
 
 		 260 aa  409  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769269 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1107  hypothetical protein  79.84 
 
 		 248 aa  392  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3004  hypothetical protein  70.88 
 
 		 285 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3019  hypothetical protein  72.14 
 
 		 280 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3162  hypothetical protein  72.14 
 
 		 280 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.770866  hitchhiker  0.00658945 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1359  hypothetical protein  72.14 
 
 		 280 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000528372 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2325  hypothetical protein  69.19 
 
 		 222 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338387  normal  0.476496 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03280  parA family protein  74.41 
 
 		 231 aa  322  5e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1769  hypothetical protein  68.25 
 
 		 222 aa  319  3e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.466472  hitchhiker  0.00507269 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0207  parA family protein  75.83 
 
 		 222 aa  318  5e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2879  hypothetical protein  67.77 
 
 		 222 aa  315  3e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.187633  hitchhiker  0.00000000100318 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1285  hypothetical protein  71.56 
 
 		 222 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.016663 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2431  hypothetical protein  69.67 
 
 		 222 aa  299  3e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.44122  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2808  hypothetical protein  68.25 
 
 		 222 aa  298  4e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2428  hypothetical protein  68.25 
 
 		 222 aa  299  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.138637  normal  0.0455143 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2498  hypothetical protein  68.25 
 
 		 222 aa  299  4e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.349306  normal  0.0447038 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1451  hypothetical protein  69.19 
 
 		 224 aa  297  1e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00188654  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1552  hypothetical protein  68.25 
 
 		 222 aa  296  2e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2590  hypothetical protein  67.77 
 
 		 222 aa  296  2e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.300803  normal  0.0153957 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2680  hypothetical protein  67.77 
 
 		 222 aa  295  5e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0196753 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1677  hypothetical protein  67.77 
 
 		 222 aa  295  5e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1699  hypothetical protein  67.77 
 
 		 222 aa  295  5e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.228644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1662  hypothetical protein  67.77 
 
 		 222 aa  295  5e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00377419  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0719  hypothetical protein  39.35 
 
 		 213 aa  154  9e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000042547  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1377  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.85 
 
 		 211 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5389  hypothetical protein  32.41 
 
 		 213 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4960  hypothetical protein  32.41 
 
 		 213 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.13 
 
 		 215 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0226442  normal  0.408806 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4314  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.02 
 
 		 210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0895864  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4322  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.24 
 
 		 213 aa  108  7.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.243197  normal  0.444003 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3684  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.33 
 
 		 216 aa  102  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.444567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0025  para protein  26.61 
 
 		 222 aa  95.9  5e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00204905  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2510  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.7 
 
 		 207 aa  93.6  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.746062 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1986  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.58 
 
 		 212 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399731  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1264  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.99 
 
 		 212 aa  93.2  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0610  hypothetical protein  27.6 
 
 		 228 aa  92.8  4e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0457  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.11 
 
 		 212 aa  93.2  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6457  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.52 
 
 		 222 aa  92  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.839742 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2720  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.09 
 
 		 212 aa  91.3  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.757961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2621  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.09 
 
 		 212 aa  91.3  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3023  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.09 
 
 		 212 aa  91.3  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.110709 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_7009  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.14 
 
 		 223 aa  91.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1879  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.7 
 
 		 212 aa  90.9  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2341  ParA family protein  28.17 
 
 		 207 aa  90.1  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1255  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.11 
 
 		 212 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.139665 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31100  putative plasmid partitioning protein  28.7 
 
 		 212 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139072  unclonable  1.33471e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1486  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.7 
 
 		 212 aa  89.4  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2788  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.84 
 
 		 216 aa  89  6e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1289  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.11 
 
 		 212 aa  89  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3524  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.64 
 
 		 212 aa  89  7e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3730  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.11 
 
 		 212 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010374  M446_7043  hypothetical protein  30.93 
 
 		 227 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284311  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0687  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.64 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a005  plasmid partitioning protein  27.4 
 
 		 222 aa  87  3e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00164324  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3433  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.17 
 
 		 212 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1360  ParA family protein, putative  30.59 
 
 		 217 aa  86.3  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0573305  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2655  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.11 
 
 		 212 aa  85.9  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.673188  normal  0.276632 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2932  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.17 
 
 		 212 aa  85.9  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35970  ATPase, ParA type  29.58 
 
 		 212 aa  85.5  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6541  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.95 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.975947  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4996  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.58 
 
 		 209 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16647  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2605  putative partition protein  28.64 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.331091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2374  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.27 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000187977 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0014  ParaA family ATPase  28.37 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.308628  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3192  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.44 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.164704  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0001  putative partition protein  29.74 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2868  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.04 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0223269 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3861  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.1 
 
 		 214 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4167  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.84 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2401  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.98 
 
 		 213 aa  81.3  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4980  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.76 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.618219  n/a   
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7739  hypothetical protein  29.9 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3388  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.59 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.395731  normal  0.623749 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1906  plasmid partitioning-family protein  25.94 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.283785 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3697  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.59 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.321056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2330  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.08 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3014  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.23 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4248  chromosome partitioning ATPase  28.77 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.85 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0758055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1203  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.85 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6252  ATPase involved in chromosome partitioning-like protein  26.48 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0236598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2336  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.7 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.759981  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3077  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.4 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3185  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.55 
 
 		 217 aa  75.9  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352981  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0582  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.57 
 
 		 217 aa  75.9  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.11868  normal  1 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0021  hypothetical protein  27.4 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0145504  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3579  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.14 
 
 		 229 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.277645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1504  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.5 
 
 		 215 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0239725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0759  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.76 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.634853 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3600  ATPase involved in chromosome partitioning-like protein  27.57 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4014  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.37 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.132805 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3818  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.7 
 
 		 212 aa  72  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.772437  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>