54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3768 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3768  hypothetical protein  100 
 
 		 315 aa  632  1e-180  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0500  hypothetical protein  65.37 
 
 		 320 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3824  hypothetical protein  65.37 
 
 		 320 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0540  hypothetical protein  64.72 
 
 		 320 aa  403  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3768  hypothetical protein  65.05 
 
 		 320 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3950  hypothetical protein  65.05 
 
 		 320 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0541  hypothetical protein  64.72 
 
 		 320 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3489  hypothetical protein  64.05 
 
 		 317 aa  394  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3535  hypothetical protein  62.66 
 
 		 325 aa  387  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0651  hypothetical protein  58.68 
 
 		 329 aa  352  4e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0057  general glycosylation pathway protein  39.69 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1201  general glycosylation pathway protein  30.62 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0446  hypothetical protein  30.65 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1353  general glycosylation pathway protein  29.13 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1262  general glycosylation pathway protein  28.93 
 
 		 297 aa  102  8e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0602  general glycosylation pathway protein  28.93 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1137  general glycosylation pathway protein  28.93 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0948  general glycosylation pathway protein  31.97 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.269754  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1675  hypothetical protein  31.97 
 
 		 301 aa  98.2  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.877209  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1766  general glycosylation pathway protein  28.57 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0771  hypothetical protein  28.94 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1457  hypothetical protein  26.74 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0419  CBS domain containing protein  31.82 
 
 		 420 aa  60.5  0.00000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.092236  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  35.35 
 
 		 414 aa  60.1  0.00000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33460  general glycosylation protein  40.74 
 
 		 90 aa  59.3  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0052  putative methyl-accepting chemotaxis protein (MCP)  32.71 
 
 		 516 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1936  hypothetical protein  35.48 
 
 		 155 aa  57.4  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.191079  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2536  pyruvate carboxyltransferase  35.78 
 
 		 608 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0520244  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  31.2 
 
 		 431 aa  54.3  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0360  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.59 
 
 		 579 aa  53.5  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00664797 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3188  diguanylate phosphodiesterase  38.04 
 
 		 436 aa  53.5  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.338182  normal  0.117578 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  29.08 
 
 		 416 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0778  diguanylate phosphodiesterase  36.96 
 
 		 436 aa  51.2  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.263766  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0723  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.02 
 
 		 451 aa  50.8  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  31.63 
 
 		 387 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  29.17 
 
 		 411 aa  50.4  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0546  diguanylate phosphodiesterase  36.96 
 
 		 424 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49841  normal  0.628054 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3301  pyruvate carboxyltransferase  29.2 
 
 		 609 aa  50.4  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.709105 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2759  hypothetical protein  40.98 
 
 		 155 aa  49.7  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.474468  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1549  pyruvate carboxyltransferase  32.11 
 
 		 609 aa  49.3  0.00009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0102  pyruvate carboxyltransferase  27.89 
 
 		 611 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  35.05 
 
 		 424 aa  47.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  35.05 
 
 		 424 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  29.47 
 
 		 413 aa  47  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  35.05 
 
 		 424 aa  47.4  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2483  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.18 
 
 		 464 aa  45.1  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.132022 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.9 
 
 		 806 aa  44.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.35 
 
 		 780 aa  44.3  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  34.02 
 
 		 424 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  34.02 
 
 		 424 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  34.02 
 
 		 424 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  34.02 
 
 		 424 aa  44.3  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0520  HMGL-like domain-containing protein  27.1 
 
 		 604 aa  43.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.999411  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.72 
 
 		 790 aa  42.4  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>