47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0541 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0540  hypothetical protein  98.44 
 
 		 320 aa  643    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3489  hypothetical protein  99.37 
 
 		 317 aa  643    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0541  hypothetical protein  100 
 
 		 320 aa  652    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3950  hypothetical protein  94.38 
 
 		 320 aa  622  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3768  hypothetical protein  94.38 
 
 		 320 aa  622  1e-177  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3824  hypothetical protein  94.06 
 
 		 320 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0500  hypothetical protein  94.06 
 
 		 320 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3535  hypothetical protein  70 
 
 		 325 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3768  hypothetical protein  64.72 
 
 		 315 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0651  hypothetical protein  59.88 
 
 		 329 aa  369  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0057  general glycosylation pathway protein  35.04 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1201  general glycosylation pathway protein  29.93 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0446  hypothetical protein  30.99 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1353  general glycosylation pathway protein  27.84 
 
 		 301 aa  107  4e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1766  general glycosylation pathway protein  29.81 
 
 		 301 aa  107  4e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1675  hypothetical protein  30.77 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.877209  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1262  general glycosylation pathway protein  28.62 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0948  general glycosylation pathway protein  30.04 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.269754  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1137  general glycosylation pathway protein  28.62 
 
 		 297 aa  96.3  6e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0602  general glycosylation pathway protein  28.62 
 
 		 297 aa  96.3  7e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1457  hypothetical protein  27.27 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0771  hypothetical protein  26.02 
 
 		 287 aa  67  0.0000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33460  general glycosylation protein  38.27 
 
 		 90 aa  58.5  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1936  hypothetical protein  33.63 
 
 		 155 aa  57  0.0000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.191079  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0419  CBS domain containing protein  37.04 
 
 		 420 aa  54.7  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.092236  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  32.08 
 
 		 413 aa  52.8  0.000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3301  pyruvate carboxyltransferase  30.61 
 
 		 609 aa  52.4  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.709105 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2483  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.3 
 
 		 464 aa  52  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.132022 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0360  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.91 
 
 		 579 aa  51.2  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00664797 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2759  hypothetical protein  32.46 
 
 		 155 aa  50.4  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.474468  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1124  hypothetical protein  31.96 
 
 		 315 aa  47.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.414732  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  36.17 
 
 		 424 aa  47  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0074  hypothetical protein  33.33 
 
 		 316 aa  46.2  0.0007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.157936  normal  0.959579 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 424 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2536  pyruvate carboxyltransferase  27.62 
 
 		 608 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0520244  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 424 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 424 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 790 aa  44.3  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.61 
 
 		 806 aa  44.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  36.14 
 
 		 424 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  34.57 
 
 		 419 aa  43.9  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1549  pyruvate carboxyltransferase  25 
 
 		 609 aa  42.7  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0546  diguanylate phosphodiesterase  35.11 
 
 		 424 aa  42.7  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49841  normal  0.628054 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.84 
 
 		 777 aa  42.4  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  34.94 
 
 		 424 aa  42.4  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  34.94 
 
 		 424 aa  42.4  0.01  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  32.99 
 
 		 424 aa  42.4  0.01  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>