156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1005 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1005  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  100 
 
 
274 aa  566  1e-160  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000007859  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0968  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  55.8 
 
 
277 aa  325  6e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000856039  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1081  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  51.33 
 
 
298 aa  315  3e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00250599  normal  0.0321173 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1162  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  50.17 
 
 
292 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000132162  normal  0.0179239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2899  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  52.17 
 
 
279 aa  289  4e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000719078  hitchhiker  0.00146676 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2981  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  52.54 
 
 
279 aa  287  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000243248  normal  0.0301328 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1113  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  50 
 
 
285 aa  285  4e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0490976  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3078  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  51.45 
 
 
279 aa  281  1e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000214385  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  48.56 
 
 
280 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.53281  normal  0.164322 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1294  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  50.9 
 
 
275 aa  271  6e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1197  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  48.56 
 
 
280 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1230  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  48.56 
 
 
280 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.706376  normal  0.528023 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1153  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  48.2 
 
 
280 aa  269  4e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.010967  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2987  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  46.3 
 
 
280 aa  250  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.476596  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2825  methyltransferase type 11  43.43 
 
 
274 aa  244  8e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000588613  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0832  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  40 
 
 
271 aa  187  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000147805  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2376  23S rRNA methyltransferase A  34.94 
 
 
279 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  9.47252e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2472  23S rRNA methyltransferase A  34.94 
 
 
279 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.339553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1660  23S rRNA methyltransferase A  34.94 
 
 
279 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000847833  normal  0.340035 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2820  23S rRNA methyltransferase A  34.81 
 
 
273 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00132792  decreased coverage  0.0000238774 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01792  23S rRNA m1G745 methyltransferase  34.94 
 
 
269 aa  153  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000732176  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01780  hypothetical protein  34.94 
 
 
269 aa  153  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000118677  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2552  23S rRNA methyltransferase A  34.94 
 
 
269 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000580084  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1810  23S rRNA methyltransferase A  34.94 
 
 
269 aa  153  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00511797  normal  0.361683 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1367  23S rRNA methyltransferase A  34.57 
 
 
269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000667026  normal  0.0197956 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1821  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  34.57 
 
 
269 aa  151  8.999999999999999e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000864083  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1912  23S rRNA methyltransferase A  34.57 
 
 
269 aa  151  8.999999999999999e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118014  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2087  23S rRNA methyltransferase A  34.57 
 
 
269 aa  151  8.999999999999999e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000369097  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2049  23S rRNA methyltransferase A  33.83 
 
 
269 aa  151  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000258454  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1589  23S rRNA methyltransferase A  32.34 
 
 
278 aa  149  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.972827  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3178  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  37.09 
 
 
283 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.778846  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2391  23S rRNA methyltransferase A  33.21 
 
 
286 aa  143  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0129084  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03053  23S rRNA methyltransferase A  29.35 
 
 
317 aa  138  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2026  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  32.36 
 
 
274 aa  138  7.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002905  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  28.99 
 
 
275 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2214  23S rRNA methyltransferase A  32.72 
 
 
276 aa  136  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000260079  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1979  23S rRNA methyltransferase A  34.07 
 
 
269 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1296  23S rRNA methyltransferase A  33.33 
 
 
269 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000629617  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1480  23S rRNA methyltransferase A  33.33 
 
 
269 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.494279  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2036  23S rRNA methyltransferase A  33.33 
 
 
269 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.36695  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1975  23S rRNA methyltransferase A  33.33 
 
 
269 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.771839  normal  0.348646 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1692  23S rRNA methyltransferase A  33.81 
 
 
273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.653904  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1921  23S rRNA methyltransferase A  32.35 
 
 
276 aa  133  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000726719  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1978  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  29.93 
 
 
270 aa  130  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000355132  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3174  23S rRNA methyltransferase A  29.35 
 
 
277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2181  23S rRNA methyltransferase A  30.23 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3309  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  28.47 
 
 
272 aa  124  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.260983  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1475  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
294 aa  119  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1059  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  32 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.896037 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1971  23S rRNA methyltransferase A  33.7 
 
 
279 aa  117  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  normal  0.0234483 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0491  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  31.43 
 
 
294 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1704  23S rRNA methyltransferase A  30.04 
 
 
271 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000062625  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2486  23S rRNA methyltransferase A  31.87 
 
 
268 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.228527  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1330  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  28.57 
 
 
269 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.236151  normal  0.0256907 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1129  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  31.42 
 
 
270 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2051  23S rRNA methyltransferase A  27.52 
 
 
274 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0639711  normal  0.0300998 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2615  Methyltransferase type 11  25.45 
 
 
282 aa  106  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3381  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.07 
 
 
282 aa  106  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.717643  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1522  rRNA large subunit methyltransferase A, putative  28.57 
 
 
269 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4095  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  30.38 
 
 
270 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.149378  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1524  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  29.89 
 
 
270 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.222392 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2660  23S rRNA methyltransferase A  30.11 
 
 
271 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000543045  hitchhiker  0.00521689 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1707  23S rRNA methyltransferase A  29.67 
 
 
271 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000156407  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4218  rRNA methyltransferase  29.89 
 
 
267 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49390  rRNA methyltransferase  29.89 
 
 
267 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0600503  normal  0.756715 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3067  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  29.5 
 
 
270 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.254244  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4200  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  29.5 
 
 
270 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244001  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01907  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  28.79 
 
 
290 aa  102  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0387238  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1613  23S rRNA methyltransferase A  28.57 
 
 
270 aa  101  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0846237  hitchhiker  0.00925315 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1747  23S rRNA methyltransferase A  28.94 
 
 
271 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00290496  normal  0.326236 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39160  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  31.08 
 
 
267 aa  99.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2788  23S rRNA methyltransferase A  29.96 
 
 
271 aa  99.4  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2570  23S rRNA methyltransferase A  28.57 
 
 
271 aa  99.4  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.69516  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1334  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.99 
 
 
283 aa  99.4  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2286  23S rRNA methyltransferase A  25.78 
 
 
282 aa  98.6  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0579  methyltransferase type 11  27.8 
 
 
285 aa  97.1  3e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1087  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.8 
 
 
269 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.162642  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2615  23S rRNA methyltransferase A  26.64 
 
 
271 aa  95.9  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00654791 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2478  23S rRNA methyltransferase A  28.57 
 
 
271 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2408  23S rRNA methyltransferase A  27.07 
 
 
271 aa  93.2  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0949625  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1571  23S rRNA methyltransferase A  26.67 
 
 
271 aa  92.8  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1753  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  28.62 
 
 
285 aa  85.9  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1451  SAM-dependent methyltransferase  27.04 
 
 
271 aa  85.5  9e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1980  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  30.08 
 
 
309 aa  83.6  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369275  normal  0.0666116 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1778  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  26.95 
 
 
283 aa  83.2  0.000000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0138  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  28.47 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09150  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  31.05 
 
 
277 aa  80.1  0.00000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0560  methyltransferase  28.63 
 
 
289 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.199813  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1934  Methyltransferase type 11  31.25 
 
 
292 aa  77  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000111117 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1816  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  26.69 
 
 
277 aa  76.6  0.0000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0404  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.13 
 
 
277 aa  74.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2637  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  28.46 
 
 
279 aa  74.3  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0727904  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2050  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  26.92 
 
 
313 aa  73.9  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2374  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.46 
 
 
313 aa  73.6  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.983483  normal  0.777299 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3307  Methyltransferase type 11  29.65 
 
 
300 aa  72  0.000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2254  SAM-dependent methyltransferase  24 
 
 
273 aa  72  0.00000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.622904  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0717  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  24.46 
 
 
281 aa  71.6  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2162  methyltransferase  25.72 
 
 
281 aa  70.1  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0279  hypothetical protein  22.66 
 
 
302 aa  70.1  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000809235  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1634  putative ribosomal RNA methyltransferase  27.46 
 
 
259 aa  68.2  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>