More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1921 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1921  23S rRNA methyltransferase A  100 
 
 
276 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000726719  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2214  23S rRNA methyltransferase A  90.55 
 
 
276 aa  530  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000260079  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2820  23S rRNA methyltransferase A  66.3 
 
 
273 aa  365  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00132792  decreased coverage  0.0000238774 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2026  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  67.04 
 
 
274 aa  362  5.0000000000000005e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1978  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  64.94 
 
 
270 aa  359  3e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000355132  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2376  23S rRNA methyltransferase A  60.74 
 
 
279 aa  345  6e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  9.47252e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2472  23S rRNA methyltransferase A  60.74 
 
 
279 aa  345  6e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.339553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1660  23S rRNA methyltransferase A  60.74 
 
 
279 aa  345  7e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000847833  normal  0.340035 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1821  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  60 
 
 
269 aa  330  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000864083  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2087  23S rRNA methyltransferase A  60 
 
 
269 aa  330  2e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000369097  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1912  23S rRNA methyltransferase A  60 
 
 
269 aa  330  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118014  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2049  23S rRNA methyltransferase A  60 
 
 
269 aa  329  4e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000258454  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01792  23S rRNA m1G745 methyltransferase  59.63 
 
 
269 aa  328  6e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000732176  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01780  hypothetical protein  59.63 
 
 
269 aa  328  6e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000118677  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1810  23S rRNA methyltransferase A  59.63 
 
 
269 aa  328  6e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00511797  normal  0.361683 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1367  23S rRNA methyltransferase A  59.63 
 
 
269 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000667026  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2552  23S rRNA methyltransferase A  59.26 
 
 
269 aa  325  5e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000580084  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2391  23S rRNA methyltransferase A  61.85 
 
 
286 aa  317  1e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0129084  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2181  23S rRNA methyltransferase A  54.81 
 
 
269 aa  311  1e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1975  23S rRNA methyltransferase A  60 
 
 
269 aa  308  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.771839  normal  0.348646 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2036  23S rRNA methyltransferase A  60 
 
 
269 aa  308  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.36695  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1480  23S rRNA methyltransferase A  60 
 
 
269 aa  308  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.494279  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1296  23S rRNA methyltransferase A  60 
 
 
269 aa  308  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000629617  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1979  23S rRNA methyltransferase A  59.63 
 
 
269 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1589  23S rRNA methyltransferase A  53.14 
 
 
278 aa  304  8.000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.972827  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03053  23S rRNA methyltransferase A  51.66 
 
 
317 aa  294  1e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002905  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  50.92 
 
 
275 aa  287  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1692  23S rRNA methyltransferase A  49.45 
 
 
273 aa  263  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.653904  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2570  23S rRNA methyltransferase A  47.04 
 
 
271 aa  247  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.69516  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3309  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  44.81 
 
 
272 aa  248  1e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.260983  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2788  23S rRNA methyltransferase A  46.67 
 
 
271 aa  246  4e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1704  23S rRNA methyltransferase A  46.67 
 
 
271 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000062625  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2478  23S rRNA methyltransferase A  46.3 
 
 
271 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2408  23S rRNA methyltransferase A  46.67 
 
 
271 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0949625  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2660  23S rRNA methyltransferase A  45.93 
 
 
271 aa  237  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000543045  hitchhiker  0.00521689 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1707  23S rRNA methyltransferase A  46.13 
 
 
271 aa  235  8e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000156407  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1571  23S rRNA methyltransferase A  45.93 
 
 
271 aa  234  8e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2615  23S rRNA methyltransferase A  44.12 
 
 
271 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00654791 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2051  23S rRNA methyltransferase A  43.01 
 
 
274 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0639711  normal  0.0300998 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1747  23S rRNA methyltransferase A  45.19 
 
 
271 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00290496  normal  0.326236 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1613  23S rRNA methyltransferase A  44.28 
 
 
270 aa  229  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0846237  hitchhiker  0.00925315 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2486  23S rRNA methyltransferase A  44.03 
 
 
268 aa  224  1e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.228527  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3174  23S rRNA methyltransferase A  41.26 
 
 
277 aa  224  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2286  23S rRNA methyltransferase A  43.77 
 
 
282 aa  223  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1971  23S rRNA methyltransferase A  47.6 
 
 
279 aa  223  4e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  normal  0.0234483 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2615  Methyltransferase type 11  37.32 
 
 
282 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3381  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  39.1 
 
 
282 aa  192  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.717643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01907  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  36.27 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0387238  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1522  rRNA large subunit methyltransferase A, putative  39.35 
 
 
269 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1475  TonB-dependent receptor  38.29 
 
 
294 aa  175  7e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4200  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  40.94 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244001  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1524  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  40.94 
 
 
270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.222392 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1330  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  38.63 
 
 
269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.236151  normal  0.0256907 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3067  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  38.52 
 
 
270 aa  171  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.254244  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1334  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  39.05 
 
 
283 aa  171  9e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3178  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  39.64 
 
 
283 aa  170  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.778846  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1087  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  38.49 
 
 
269 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.162642  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4095  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  39.92 
 
 
270 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.149378  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1059  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  41.91 
 
 
282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.896037 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49390  rRNA methyltransferase  38.98 
 
 
267 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0600503  normal  0.756715 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1451  SAM-dependent methyltransferase  34.07 
 
 
271 aa  163  3e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1129  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  40.32 
 
 
270 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39160  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  38.35 
 
 
267 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0138  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  34.77 
 
 
320 aa  160  2e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0491  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  40.78 
 
 
294 aa  160  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4218  rRNA methyltransferase  38.82 
 
 
267 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1230  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  35.02 
 
 
280 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.706376  normal  0.528023 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1197  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  35.02 
 
 
280 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1153  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  34.66 
 
 
280 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.010967  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2050  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  32.04 
 
 
313 aa  157  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  34.66 
 
 
280 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.53281  normal  0.164322 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1113  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  34.3 
 
 
285 aa  156  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0490976  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1753  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  35.79 
 
 
285 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2374  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  31.09 
 
 
313 aa  155  1e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.983483  normal  0.777299 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2981  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  31.64 
 
 
279 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000243248  normal  0.0301328 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0968  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  32.85 
 
 
277 aa  148  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000856039  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2899  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  31.27 
 
 
279 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000719078  hitchhiker  0.00146676 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1081  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  32.46 
 
 
298 aa  143  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00250599  normal  0.0321173 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3078  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  31.27 
 
 
279 aa  142  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000214385  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1294  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  32.13 
 
 
275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1162  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  30.82 
 
 
292 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000132162  normal  0.0179239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1005  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  32.35 
 
 
274 aa  133  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000007859  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2825  methyltransferase type 11  29.63 
 
 
274 aa  133  3e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000588613  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0404  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  36.22 
 
 
277 aa  125  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2987  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  30.36 
 
 
280 aa  122  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.476596  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1980  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  32.97 
 
 
309 aa  122  9e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369275  normal  0.0666116 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2637  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  34.13 
 
 
279 aa  120  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0727904  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0832  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  29.71 
 
 
271 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000147805  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1778  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  30.89 
 
 
283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0579  methyltransferase type 11  28.46 
 
 
285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0279  hypothetical protein  28.03 
 
 
302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000809235  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0560  methyltransferase  34.34 
 
 
289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.199813  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1934  Methyltransferase type 11  36.52 
 
 
292 aa  112  6e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000111117 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09150  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  33.2 
 
 
277 aa  112  7.000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1173  Methyltransferase type 11  33.06 
 
 
285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0814  methyltransferase type 11  31.74 
 
 
293 aa  110  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6121  methyltransferase type 11  30.13 
 
 
311 aa  108  9.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.962234 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0509  methyltransferase type 12  30.53 
 
 
326 aa  106  5e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.232418  normal  0.294126 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1634  putative ribosomal RNA methyltransferase  36.24 
 
 
259 aa  105  7e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2268  rRNA guanine-N1-methyltransferase  33.47 
 
 
295 aa  103  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.32282  normal  0.877312 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>