257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_09370 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_09370  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 138 aa  281  2.0000000000000002e-75  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.394563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1809  ribosome-binding factor A  72.88 
 
 		 145 aa  183  6e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.298116  normal  0.213711 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08030  ribosome-binding factor A  62.93 
 
 		 118 aa  159  2e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.536354  normal  0.36831 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0829  ribosome-binding factor A  59.81 
 
 		 136 aa  134  6.0000000000000005e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.320879  hitchhiker  0.00000296727 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  42.59 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  38.21 
 
 		 156 aa  80.1  0.000000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  37.1 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  36.29 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  35.42 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  37.8 
 
 		 136 aa  75.9  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  36.59 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2315  ribosome-binding factor A  43.27 
 
 		 163 aa  73.6  0.0000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0767134 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4038  ribosome-binding factor A  41.32 
 
 		 168 aa  72.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173989  normal  0.432163 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1372  ribosome-binding factor A  37.4 
 
 		 156 aa  72.4  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.116766 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  39.02 
 
 		 156 aa  71.2  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  35.66 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  36.89 
 
 		 126 aa  71.2  0.000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  35.66 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23440  ribosome-binding factor A  37.04 
 
 		 154 aa  70.5  0.000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.487539  normal  0.252109 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  33.57 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1212  ribosome-binding factor A  33.83 
 
 		 147 aa  69.7  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.316878  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  36.67 
 
 		 160 aa  68.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11490  ribosome-binding factor A  34.07 
 
 		 143 aa  68.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0871158  normal  0.911894 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3560  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 140 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000743312 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  34.43 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  30.47 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3560  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 168 aa  67.8  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466003  normal  0.834335 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1184  ribosome-binding factor A  39.8 
 
 		 189 aa  67.4  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.352255 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 129 aa  67  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  36.63 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  34.31 
 
 		 119 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  29.37 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  33.67 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 122 aa  66.2  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1696  ribosome-binding factor A  33.09 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  36.54 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  35.83 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0815  ribosome-binding factor A  39.33 
 
 		 123 aa  65.5  0.0000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0116201  normal  0.0354189 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  35.85 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 118 aa  65.1  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 169 aa  65.1  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1717  ribosome-binding factor A  39.69 
 
 		 157 aa  65.5  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264807  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  40.21 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  36.89 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1413  ribosome-binding factor A  38.83 
 
 		 122 aa  65.1  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  41.75 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  41.75 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  36.89 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 119 aa  64.7  0.0000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  35.85 
 
 		 136 aa  64.7  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 171 aa  65.1  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 119 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  36.51 
 
 		 128 aa  63.9  0.0000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  32.8 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  37 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  40.78 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  40.78 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  40.78 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  40.78 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  40.78 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  40.78 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  40.78 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  40.78 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  40.78 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  28.16 
 
 		 132 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  28.16 
 
 		 132 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  28.16 
 
 		 132 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  35.92 
 
 		 133 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  35.92 
 
 		 133 aa  63.5  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  39.33 
 
 		 119 aa  63.5  0.0000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  33.66 
 
 		 137 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 121 aa  63.2  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  38.78 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1427  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 175 aa  63.2  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000533542 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1741  ribosome-binding factor A  28.7 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0087071  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1060  ribosome-binding factor A  28.7 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00435559  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1916  ribosome-binding factor A  28.7 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24329  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1763  ribosome-binding factor A  28.7 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492617  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  29.29 
 
 		 146 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  35.96 
 
 		 126 aa  62  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0992  ribosome-binding factor A  28.7 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197459  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1506  ribosome-binding factor A  28.7 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0174  ribosome-binding factor A  28.7 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0246509  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  35.64 
 
 		 159 aa  62.8  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 119 aa  61.6  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  32.08 
 
 		 120 aa  61.6  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  26.21 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  26.21 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  29.29 
 
 		 147 aa  61.2  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  29.29 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3059  ribosome-binding factor A  34.91 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.491319  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2563  ribosome-binding factor A  27.78 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240841  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>