259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0829 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0829  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 136 aa  278  1e-74  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.320879  hitchhiker  0.00000296727 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1809  ribosome-binding factor A  60.19 
 
 		 145 aa  135  1e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.298116  normal  0.213711 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09370  ribosome-binding factor A  59.81 
 
 		 138 aa  125  1.0000000000000001e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.394563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08030  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 118 aa  110  6e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.536354  normal  0.36831 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 125 aa  68.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 		 121 aa  67.4  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 136 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 136 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 136 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  36.89 
 
 		 117 aa  66.2  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  35.07 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 122 aa  65.9  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 120 aa  65.9  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 		 132 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 136 aa  65.1  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 		 118 aa  63.9  0.0000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  35.35 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  35.35 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  35.35 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  32.32 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 128 aa  62  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  34.65 
 
 		 126 aa  62  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  35.35 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  34.17 
 
 		 125 aa  62  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  35.35 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  35.35 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  38.95 
 
 		 122 aa  61.2  0.000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  29.71 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  30.66 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  41.24 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  35.35 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  36.59 
 
 		 131 aa  61.2  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  35.35 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  35.51 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  35.35 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0815  ribosome-binding factor A  36.54 
 
 		 123 aa  60.1  0.000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0116201  normal  0.0354189 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  35.48 
 
 		 136 aa  59.7  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  36.19 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  32.38 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  34.34 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  36.73 
 
 		 121 aa  58.9  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 		 121 aa  58.2  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 133 aa  58.5  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  31.73 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  32.38 
 
 		 130 aa  58.5  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  36.63 
 
 		 119 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4038  ribosome-binding factor A  40.23 
 
 		 168 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173989  normal  0.432163 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  33.05 
 
 		 131 aa  58.2  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2315  ribosome-binding factor A  40.23 
 
 		 163 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0767134 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 		 124 aa  57.4  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  33.02 
 
 		 121 aa  57  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 137 aa  57  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  28.47 
 
 		 147 aa  57  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  35.24 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 119 aa  57  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  33.67 
 
 		 156 aa  56.6  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  29.73 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  29.73 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  29.73 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11490  ribosome-binding factor A  33.01 
 
 		 143 aa  55.8  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0871158  normal  0.911894 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3059  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 142 aa  55.8  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.491319  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2814  ribosome-binding factor A  30.51 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0319  ribosome-binding factor A  36.73 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  35.24 
 
 		 116 aa  55.8  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  35.24 
 
 		 116 aa  55.8  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  35.92 
 
 		 122 aa  56.2  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01851  ribosome-binding factor A  38.95 
 
 		 123 aa  55.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  30.21 
 
 		 129 aa  55.1  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  33.85 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 		 123 aa  55.5  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  29.5 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  27.93 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  28.7 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  27.93 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  37.89 
 
 		 123 aa  54.3  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  36.7 
 
 		 119 aa  54.3  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  30.84 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  27.56 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>