20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3447 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3447  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 390 aa  811    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0678307  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0336  hypothetical protein  27.68 
 
 		 705 aa  65.5  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3033  hypothetical protein  28.24 
 
 		 756 aa  61.6  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0157  AAA ATPase  38.38 
 
 		 382 aa  61.2  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3359  divergent AAA region  24.28 
 
 		 348 aa  58.2  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0553  putative transcriptional regulator  23.72 
 
 		 489 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1143  hypothetical protein  32.22 
 
 		 277 aa  52.4  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.046118  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5330  putative transcriptional regulator  24.47 
 
 		 313 aa  50.8  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3084  hypothetical protein  23.31 
 
 		 778 aa  47.8  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108127 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1509  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 223 aa  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.452011  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1081  putative transcriptional regulator  26.71 
 
 		 492 aa  47.8  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  33.78 
 
 		 485 aa  46.6  0.0008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0967  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 241 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  33.78 
 
 		 499 aa  45.8  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02080  hypothetical protein  22.99 
 
 		 764 aa  45.8  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.701469  normal  0.633703 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  32.1 
 
 		 561 aa  45.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  43.84 
 
 		 483 aa  45.1  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5703  putative transcriptional regulator  38.03 
 
 		 222 aa  44.3  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.643382 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0287  putative transcriptional regulator  24.42 
 
 		 632 aa  43.5  0.006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.00361715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  27.95 
 
 		 620 aa  42.7  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>