More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2092 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2092  aminotransferase, class V  100 
 
 		 353 aa  723    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.935088  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00123  cysteine desulfurase  56.45 
 
 		 373 aa  369  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0173  aminotransferase class V  43.27 
 
 		 382 aa  266  4e-70  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0302  cysteine desulfurase NifS  39.71 
 
 		 392 aa  255  1.0000000000000001e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0467605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85588  predicted protein  41.93 
 
 		 493 aa  254  1.0000000000000001e-66  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.464986  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02508  cysteine desulfurase, alanine biosynthesis, putative (Eurofung)  41.67 
 
 		 507 aa  252  7e-66  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND05560  cysteine desulfhydrase, putative  40.22 
 
 		 502 aa  252  8.000000000000001e-66  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0207  cysteine desulfurase NifS  39.24 
 
 		 388 aa  252  9.000000000000001e-66  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000531678  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4044  aminotransferase, class V  40.72 
 
 		 389 aa  250  2e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.159236 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45194  predicted protein  39.66 
 
 		 395 aa  248  8e-65  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0622302  normal  0.609433 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0872  aminotransferase, class V  38.2 
 
 		 382 aa  248  1e-64  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1299  cysteine desulfurase  41.08 
 
 		 404 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0382772  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14730  cysteine desulfurase  40.79 
 
 		 404 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.179473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1551  aminotransferase class V  39.88 
 
 		 383 aa  246  6e-64  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3416  aminotransferase class V  38.92 
 
 		 399 aa  245  6.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.425221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3062  cysteine desulfurase IscS  40 
 
 		 403 aa  245  9e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.635367  unclonable  0.000000859331 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3581  cysteine desulfurase NifS  37.92 
 
 		 400 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.345313  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3884  aminotransferase class V  38.26 
 
 		 398 aa  244  1.9999999999999999e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00981578  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0953  Cysteine desulfurase  39.12 
 
 		 380 aa  242  6e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1629  cysteine desulfurase IscS  39.72 
 
 		 408 aa  242  6e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000331255  hitchhiker  0.0000285871 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0437  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  40.4 
 
 		 388 aa  242  7e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00696357  normal  0.223385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0842  cysteine desulfurase  40.68 
 
 		 404 aa  242  9e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0648359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0872  cysteine desulfurase  40.68 
 
 		 404 aa  242  9e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.368262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0885  cysteine desulfurase  40.68 
 
 		 404 aa  242  9e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.306655  hitchhiker  0.00050858 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1423  cysteine desulfurase  40.11 
 
 		 404 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40400  cysteine desulfurase  39.44 
 
 		 404 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3511  cysteine desulfurase  39.49 
 
 		 404 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.309898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6331  cysteine desulfurase IscS  39.43 
 
 		 405 aa  240  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.134755  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0772  cysteine desulfurase  39.55 
 
 		 384 aa  240  2e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01055  cysteine desulfurase  39.77 
 
 		 404 aa  241  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01356  cysteine desulfurase  41.95 
 
 		 388 aa  241  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.350506  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004360  cysteine desulfurase  39.2 
 
 		 404 aa  240  2.9999999999999997e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.591204  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1237  cysteine desulfurase  40.11 
 
 		 404 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.781022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4336  cysteine desulfurase  40.11 
 
 		 404 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.180367  hitchhiker  0.00000000219205 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1228  cysteine desulfurase  41.98 
 
 		 396 aa  239  4e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.72712  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1277  cysteine desulfurase  41.98 
 
 		 396 aa  239  4e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2907  cysteine desulfurase NifS  38.46 
 
 		 398 aa  239  4e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000201074  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0134  aminotransferase, class V  39.94 
 
 		 395 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1164  cysteine desulfurase  38.7 
 
 		 384 aa  238  1e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0720  aminotransferase, class V  37.82 
 
 		 394 aa  238  1e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00090765  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4612  cysteine desulfurase  40.23 
 
 		 404 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0217102  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2498  aminotransferase class V  39.04 
 
 		 381 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0006  cysteine desulfurase  39.17 
 
 		 384 aa  238  1e-61  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37830  putative pyridoxal-phosphate dependent enzyme  40 
 
 		 393 aa  237  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000488408  normal  0.177664 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1063  aminotransferase class V  38.42 
 
 		 388 aa  236  4e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1932  cysteine desulfurase NifS  38.48 
 
 		 393 aa  236  5.0000000000000005e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000108248  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0410  cysteine desulfurase  38.25 
 
 		 422 aa  235  7e-61  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1351  aminotransferase class V  39.43 
 
 		 384 aa  235  7e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000567164 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0356  aminotransferase, class V  38.64 
 
 		 390 aa  235  7e-61  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.230832 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02422  cysteine desulfurase  39.61 
 
 		 404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.657115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1138  cysteine desulfurase IscS  39.61 
 
 		 404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02386  hypothetical protein  39.61 
 
 		 404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.730969  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1132  cysteine desulfurase  41.76 
 
 		 404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2683  cysteine desulfurase  39.61 
 
 		 404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980146  normal  0.976252 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2681  cysteine desulfurase  39.61 
 
 		 404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.174524  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1776  cysteine desulfurase  40.95 
 
 		 404 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.743071  hitchhiker  0.0000439392 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2815  cysteine desulfurase  39.61 
 
 		 404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00976282  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2905  cysteine desulfurase  39.61 
 
 		 404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0404853  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3762  cysteine desulfurase  39.61 
 
 		 404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00149492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1147  cysteine desulfurase  39.61 
 
 		 404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0105086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2917  cysteine desulfurase  39.33 
 
 		 404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3449  cysteine desulfurase  40.78 
 
 		 389 aa  234  2.0000000000000002e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2742  cysteine desulfurase  39.33 
 
 		 404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.46384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2698  cysteine desulfurase  39.33 
 
 		 404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.016381  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2025  aminotransferase, class V  39.66 
 
 		 383 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2805  cysteine desulfurase  39.33 
 
 		 404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2317  cysteine desulfurase  40.4 
 
 		 404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.459864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2783  cysteine desulfurase  39.33 
 
 		 404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0158517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2871  cysteine desulfurase  41.69 
 
 		 404 aa  233  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000328828 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3627  cysteine desulfurase  39.32 
 
 		 404 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0168495  normal  0.888851 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5230  cysteine desulfurase  40.51 
 
 		 501 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.500122  normal  0.247226 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0277  cysteine desulfurase  39.2 
 
 		 404 aa  232  7.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0284858  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1122  aminotransferase, class V  37.97 
 
 		 382 aa  232  7.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0272  cysteine desulfurase  38.2 
 
 		 388 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3031  cysteine desulfurase  38.98 
 
 		 404 aa  232  8.000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.563846  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5190  aminotransferase class V  39.04 
 
 		 492 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1092  Cysteine desulfurase  38.14 
 
 		 388 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.793736 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1695  aminotransferase class V  39.78 
 
 		 492 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.453095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5432  cysteine desulfurase  38.26 
 
 		 407 aa  230  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.116144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1324  cysteine desulfurase IscS  39.66 
 
 		 403 aa  231  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00549463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2213  aminotransferase, class V  39.89 
 
 		 398 aa  230  2e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.506383 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0629  cysteine desulfurase  37.87 
 
 		 410 aa  231  2e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2751  cysteine desulfurase  38.75 
 
 		 404 aa  231  2e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.173578  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3027  cysteine desulfurase  38.29 
 
 		 404 aa  230  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0576674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1714  cysteine desulfurase NifS  37.68 
 
 		 394 aa  230  3e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000384465  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2036  cysteine desulfurase  38.73 
 
 		 407 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.639443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2002  aminotransferase class V  39.34 
 
 		 492 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.611456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1244  cysteine desulfurase  38.46 
 
 		 404 aa  230  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.560354  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2163  cysteine desulfurase  38.73 
 
 		 407 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.675105  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0169  cysteine desulfurase DndA  38.95 
 
 		 383 aa  230  4e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3365  aminotransferase class V  39.48 
 
 		 494 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1104  cysteine desulfurase  38.76 
 
 		 404 aa  229  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.013649  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0341  cysteine desulfurase  39.94 
 
 		 388 aa  229  4e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0717  cysteine desulfurase  39.14 
 
 		 406 aa  229  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4129  aminotransferase, class V  38.27 
 
 		 381 aa  229  5e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00019108  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2424  cysteine desulphurase  41.03 
 
 		 404 aa  229  5e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2558  cysteine desulfurase NifS  36.31 
 
 		 388 aa  229  5e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.947611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5203  aminotransferase, class V  39.48 
 
 		 494 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00405553  normal  0.806612 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1652  aminotransferase, class V  36.6 
 
 		 392 aa  229  6e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.143138  hitchhiker  0.00767612 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4480  aminotransferase, class V  38.44 
 
 		 381 aa  229  7e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.921351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>