More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5230 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5230  cysteine desulfurase  100 
 
 		 501 aa  1021    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.500122  normal  0.247226 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1695  aminotransferase class V  61.8 
 
 		 492 aa  615  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.453095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3365  aminotransferase class V  62.28 
 
 		 494 aa  610  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5203  aminotransferase, class V  62.28 
 
 		 494 aa  610  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00405553  normal  0.806612 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2744  hypothetical protein  62.25 
 
 		 492 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4740  aminotransferase, class V  61.88 
 
 		 492 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3426  aminotransferase, class V  61.88 
 
 		 492 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.119476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4091  aminotransferase class V  61.68 
 
 		 492 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2002  aminotransferase class V  61.6 
 
 		 492 aa  600  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.611456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5190  aminotransferase class V  60.83 
 
 		 492 aa  589  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2435  cysteine desulfurase  57.92 
 
 		 405 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0272  cysteine desulfurase  56.35 
 
 		 388 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3065  aminotransferase class V  57.65 
 
 		 384 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2080  aminotransferase class V  57.38 
 
 		 384 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0134  aminotransferase, class V  55.82 
 
 		 395 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3260  aminotransferase, class V  57.65 
 
 		 398 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.861721  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37830  putative pyridoxal-phosphate dependent enzyme  58.71 
 
 		 393 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000488408  normal  0.177664 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3912  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  55.7 
 
 		 388 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0842  cysteine desulfurase  51.84 
 
 		 404 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0648359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40400  cysteine desulfurase  54.1 
 
 		 404 aa  378  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4336  cysteine desulfurase  51.31 
 
 		 404 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.180367  hitchhiker  0.00000000219205 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0885  cysteine desulfurase  51.84 
 
 		 404 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.306655  hitchhiker  0.00050858 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1237  cysteine desulfurase  52.32 
 
 		 404 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.781022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0872  cysteine desulfurase  51.84 
 
 		 404 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.368262 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3511  cysteine desulfurase  50.92 
 
 		 404 aa  378  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.309898  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1423  cysteine desulfurase  50.93 
 
 		 404 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3220  aminotransferase, class V  54.23 
 
 		 396 aa  375  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.135316  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0277  cysteine desulfurase  50.53 
 
 		 404 aa  372  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0284858  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4612  cysteine desulfurase  52.57 
 
 		 404 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0217102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14730  cysteine desulfurase  50.65 
 
 		 404 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.179473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1122  aminotransferase, class V  52.79 
 
 		 382 aa  369  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1299  cysteine desulfurase  50.39 
 
 		 404 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0382772  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3438  cysteine desulfurase  53.6 
 
 		 393 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.134472  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1058  cysteine desulfurase  50.4 
 
 		 405 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0834623  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0808  cysteine desulfurase IscS  49.1 
 
 		 405 aa  367  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000772731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1553  cysteine desulfurase  49.11 
 
 		 407 aa  363  3e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0484493  normal  0.0430953 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2264  cysteine desulfurase  49.74 
 
 		 404 aa  363  4e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1488  cysteine desulfurase  50.27 
 
 		 404 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.645778  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1487  cysteine desulfurase IscS  48.97 
 
 		 406 aa  362  6e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000124631  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1132  cysteine desulfurase  49.34 
 
 		 404 aa  362  8e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1351  aminotransferase class V  51.56 
 
 		 384 aa  362  8e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000567164 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2579  cysteine desulfurase  48.35 
 
 		 407 aa  362  1e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120053  hitchhiker  0.000683499 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2871  cysteine desulfurase  50.4 
 
 		 404 aa  360  2e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000328828 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2059  cysteine desulfurase IscS  49.35 
 
 		 407 aa  361  2e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0733618  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1776  cysteine desulfurase  50.13 
 
 		 404 aa  360  4e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.743071  hitchhiker  0.0000439392 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0884  cysteine desulfurase IscS  49.09 
 
 		 405 aa  360  5e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.293282  normal  0.187166 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0949  cysteine desulfurase IscS  49.09 
 
 		 405 aa  360  5e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0399375 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1458  cysteine desulfurase  48.83 
 
 		 407 aa  359  7e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1238  cysteine desulfurase IscS  49.74 
 
 		 407 aa  358  9e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.01856  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2733  cysteine desulfurase  49.61 
 
 		 407 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1293  cysteine desulfurase  49.74 
 
 		 404 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0405061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3627  cysteine desulfurase  48.56 
 
 		 404 aa  357  1.9999999999999998e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0168495  normal  0.888851 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1019  pyridoxal-phosphate-dependent aminotransferase (NIFS protein)  49.61 
 
 		 405 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103423  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2036  cysteine desulfurase  48.6 
 
 		 407 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.639443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0830  cysteine desulfurase IscS  49.09 
 
 		 407 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.184128 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2751  cysteine desulfurase  48.43 
 
 		 404 aa  357  2.9999999999999997e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.173578  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2655  cysteine desulfurase  49.35 
 
 		 407 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2163  cysteine desulfurase  48.6 
 
 		 407 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.675105  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2683  cysteine desulfurase  48.3 
 
 		 404 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980146  normal  0.976252 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02422  cysteine desulfurase  48.3 
 
 		 404 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.657115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1138  cysteine desulfurase IscS  48.3 
 
 		 404 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2815  cysteine desulfurase  48.3 
 
 		 404 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00976282  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2905  cysteine desulfurase  48.3 
 
 		 404 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0404853  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02386  hypothetical protein  48.3 
 
 		 404 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.730969  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3762  cysteine desulfurase  48.3 
 
 		 404 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00149492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1147  cysteine desulfurase  48.3 
 
 		 404 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0105086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2681  cysteine desulfurase  48.3 
 
 		 404 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.174524  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1228  cysteine desulfurase  49.74 
 
 		 396 aa  356  3.9999999999999996e-97  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.72712  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1277  cysteine desulfurase  49.74 
 
 		 396 aa  356  3.9999999999999996e-97  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1708  cysteine desulfurase  50.13 
 
 		 407 aa  356  5e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1489  cysteine desulfurase  50.13 
 
 		 407 aa  356  5e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.71249  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3103  cysteine desulfurase  50.13 
 
 		 407 aa  356  5e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.412431  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2599  cysteine desulfurase  49.35 
 
 		 407 aa  356  5e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.129174  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2217  cysteine desulfurase  50.13 
 
 		 407 aa  356  5e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2262  cysteine desulfurase  49.61 
 
 		 406 aa  356  5.999999999999999e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.626751 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1360  cysteine desulfurase IscS  51.57 
 
 		 408 aa  355  6.999999999999999e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2783  cysteine desulfurase  48.3 
 
 		 404 aa  355  6.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0158517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01055  cysteine desulfurase  49.47 
 
 		 404 aa  355  1e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3027  cysteine desulfurase  48.04 
 
 		 404 aa  355  1e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0576674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5432  cysteine desulfurase  48.35 
 
 		 407 aa  355  1e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.116144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2143  cysteine desulfurase  48.6 
 
 		 407 aa  355  1e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.950908 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1025  cysteine desulfurase  49.34 
 
 		 406 aa  355  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00998384  normal  0.30784 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5951  cysteine desulfurase  48.6 
 
 		 407 aa  355  1e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.350283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2126  cysteine desulfurase  48.6 
 
 		 407 aa  355  1e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2805  cysteine desulfurase  48.04 
 
 		 404 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2917  cysteine desulfurase  48.04 
 
 		 404 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2698  cysteine desulfurase  48.04 
 
 		 404 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.016381  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2742  cysteine desulfurase  48.04 
 
 		 404 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.46384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2317  cysteine desulfurase  49.21 
 
 		 404 aa  354  2.9999999999999997e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.459864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1144  cysteine desulfurase  48.35 
 
 		 407 aa  353  5e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.282524  normal  0.237339 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2848  aminotransferase, class V  51.08 
 
 		 382 aa  353  5e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004360  cysteine desulfurase  48.68 
 
 		 404 aa  353  5e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.591204  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1104  cysteine desulfurase  47.78 
 
 		 404 aa  353  5e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.013649  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1244  cysteine desulfurase  47.49 
 
 		 404 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.560354  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2178  cysteine desulfurase IscS  48.82 
 
 		 405 aa  352  5.9999999999999994e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000963732  normal  0.389244 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1875  cysteine desulfurase  48.83 
 
 		 407 aa  352  7e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2280  cysteine desulfurase  49.21 
 
 		 404 aa  352  1e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0344556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3031  cysteine desulfurase  47 
 
 		 404 aa  351  1e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.563846  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2290  cysteine desulfurase IscS  50 
 
 		 405 aa  352  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00326388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1819  cysteine desulfurase  49.21 
 
 		 404 aa  352  1e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00929317  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>