More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1293 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02422  cysteine desulfurase  78.47 
 
 
404 aa  681    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.657115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1138  cysteine desulfurase IscS  78.47 
 
 
404 aa  681    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1324  cysteine desulfurase IscS  74.19 
 
 
403 aa  643    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00549463  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1488  cysteine desulfurase  85.4 
 
 
404 aa  728    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.645778  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2783  cysteine desulfurase  78.47 
 
 
404 aa  682    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0158517  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2280  cysteine desulfurase  89.85 
 
 
404 aa  745    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0344556  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1132  cysteine desulfurase  77.23 
 
 
404 aa  672    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2264  cysteine desulfurase  89.11 
 
 
404 aa  759    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0435  cysteine desulfurase  76.98 
 
 
409 aa  651    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000194235 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1961  cysteine desulfurase  88.12 
 
 
404 aa  734    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.037165  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3027  cysteine desulfurase  76.73 
 
 
404 aa  671    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0576674  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3031  cysteine desulfurase  78.22 
 
 
404 aa  680    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.563846  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2502  cysteine desulfurase  88.37 
 
 
404 aa  735    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00893038  normal  0.0261535 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1168  cysteine desulfurase  76.73 
 
 
409 aa  650    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00941489  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2805  cysteine desulfurase  78.22 
 
 
404 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2681  cysteine desulfurase  78.47 
 
 
404 aa  681    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.174524  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2683  cysteine desulfurase  78.47 
 
 
404 aa  681    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980146  normal  0.976252 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2149  cysteine desulfurase  89.36 
 
 
404 aa  746    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00291634  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2917  cysteine desulfurase  78.22 
 
 
404 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2751  cysteine desulfurase  77.97 
 
 
404 aa  684    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.173578  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2742  cysteine desulfurase  78.22 
 
 
404 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.46384  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3627  cysteine desulfurase  76.73 
 
 
404 aa  674    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0168495  normal  0.888851 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1244  cysteine desulfurase  78.22 
 
 
404 aa  675    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.560354  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1293  cysteine desulfurase  100 
 
 
404 aa  840    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0405061 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2317  cysteine desulfurase  89.6 
 
 
404 aa  761    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.459864  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1147  cysteine desulfurase  78.47 
 
 
404 aa  681    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0105086  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1276  cysteine desulfurase  76.73 
 
 
409 aa  650    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00157162  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2698  cysteine desulfurase  78.22 
 
 
404 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.016381  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2386  cysteine desulfurase  88.37 
 
 
404 aa  735    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000240874  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0717  cysteine desulfurase  75 
 
 
406 aa  654    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004360  cysteine desulfurase  77.72 
 
 
404 aa  672    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.591204  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1104  cysteine desulfurase  77.48 
 
 
404 aa  676    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.013649  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1458  cysteine desulfurase  86.14 
 
 
404 aa  747    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.586038  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1776  cysteine desulfurase  87.13 
 
 
404 aa  747    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.743071  hitchhiker  0.0000439392 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01055  cysteine desulfurase  76.98 
 
 
404 aa  664    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3762  cysteine desulfurase  78.47 
 
 
404 aa  681    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00149492  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2815  cysteine desulfurase  78.47 
 
 
404 aa  681    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00976282  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0277  cysteine desulfurase  77.48 
 
 
404 aa  660    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0284858  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1238  cysteine desulfurase IscS  74.26 
 
 
407 aa  649    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.01856  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0281  cysteine desulfurase  71.04 
 
 
404 aa  636    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.910551  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1739  cysteine desulfurase  89.36 
 
 
404 aa  743    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000125789  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1819  cysteine desulfurase  89.85 
 
 
404 aa  745    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00929317  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2397  cysteine desulfurase  88.12 
 
 
404 aa  733    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0798953  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2424  cysteine desulfurase  87.62 
 
 
404 aa  750    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2905  cysteine desulfurase  78.47 
 
 
404 aa  681    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0404853  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2871  cysteine desulfurase  87.62 
 
 
404 aa  748    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000328828 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02386  hypothetical protein  78.47 
 
 
404 aa  681    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.730969  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14730  cysteine desulfurase  74.5 
 
 
404 aa  630  1e-179  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.179473  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0885  cysteine desulfurase  73.51 
 
 
404 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.306655  hitchhiker  0.00050858 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4336  cysteine desulfurase  73.51 
 
 
404 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.180367  hitchhiker  0.00000000219205 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0842  cysteine desulfurase  73.27 
 
 
404 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0648359  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1237  cysteine desulfurase  72.28 
 
 
404 aa  621  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.781022  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0872  cysteine desulfurase  73.27 
 
 
404 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.368262 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1299  cysteine desulfurase  73.51 
 
 
404 aa  623  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0382772  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3511  cysteine desulfurase  73.27 
 
 
404 aa  624  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.309898  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1423  cysteine desulfurase  71.78 
 
 
404 aa  618  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1487  cysteine desulfurase IscS  70.72 
 
 
406 aa  617  1e-175  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000124631  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4612  cysteine desulfurase  72.03 
 
 
404 aa  614  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0217102  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2059  cysteine desulfurase IscS  70.54 
 
 
407 aa  615  1e-175  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0733618  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40400  cysteine desulfurase  72.28 
 
 
404 aa  613  9.999999999999999e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1058  cysteine desulfurase  71.64 
 
 
405 aa  611  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0834623  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0830  cysteine desulfurase IscS  71.29 
 
 
407 aa  613  9.999999999999999e-175  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.184128 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1458  cysteine desulfurase  70.65 
 
 
407 aa  607  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2579  cysteine desulfurase  69.8 
 
 
407 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120053  hitchhiker  0.000683499 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1875  cysteine desulfurase  70.9 
 
 
407 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0949  cysteine desulfurase IscS  70.47 
 
 
405 aa  604  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0399375 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0884  cysteine desulfurase IscS  70.47 
 
 
405 aa  604  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.293282  normal  0.187166 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2655  cysteine desulfurase  70.4 
 
 
407 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2733  cysteine desulfurase  70.65 
 
 
407 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5432  cysteine desulfurase  69.8 
 
 
407 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.116144  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2599  cysteine desulfurase  70.4 
 
 
407 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.129174  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1553  cysteine desulfurase  69.06 
 
 
407 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0484493  normal  0.0430953 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2036  cysteine desulfurase  69.8 
 
 
407 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.639443  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1144  cysteine desulfurase  70.05 
 
 
407 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.282524  normal  0.237339 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2163  cysteine desulfurase  69.8 
 
 
407 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.675105  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1629  cysteine desulfurase IscS  69.38 
 
 
408 aa  603  1.0000000000000001e-171  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000331255  hitchhiker  0.0000285871 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2205  cysteine desulfurase IscS  70.3 
 
 
403 aa  599  1e-170  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00230458  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1493  cysteine desulfurase IscS  70.15 
 
 
419 aa  600  1e-170  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3103  cysteine desulfurase  70.15 
 
 
407 aa  599  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.412431  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1019  pyridoxal-phosphate-dependent aminotransferase (NIFS protein)  69.9 
 
 
405 aa  599  1e-170  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103423  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1708  cysteine desulfurase  70.15 
 
 
407 aa  599  1e-170  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2217  cysteine desulfurase  70.15 
 
 
407 aa  599  1e-170  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0469  cysteine desulfurase IscS  70.15 
 
 
419 aa  600  1e-170  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00221025  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2143  cysteine desulfurase  69.8 
 
 
407 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.950908 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5951  cysteine desulfurase  69.8 
 
 
407 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.350283  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1489  cysteine desulfurase  70.15 
 
 
407 aa  599  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.71249  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2126  cysteine desulfurase  69.8 
 
 
407 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0808  cysteine desulfurase IscS  69.63 
 
 
405 aa  596  1e-169  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000772731  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1025  cysteine desulfurase  69.15 
 
 
406 aa  592  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00998384  normal  0.30784 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2290  cysteine desulfurase IscS  69.15 
 
 
405 aa  591  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00326388  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1164  cysteine desulfurase IscS  71.07 
 
 
402 aa  590  1e-167  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000196201  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1950  cysteine desulfurase IscS  68.64 
 
 
405 aa  586  1e-166  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000843977  normal  0.404205 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2178  cysteine desulfurase IscS  68.66 
 
 
405 aa  584  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000963732  normal  0.389244 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0247  cysteine desulfurase  69.33 
 
 
403 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2443  cysteine desulfurase IscS  68.66 
 
 
406 aa  581  1.0000000000000001e-165  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1638  cysteine desulfurase IscS  68.41 
 
 
406 aa  578  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1477  putative cysteine desulfurase  68.08 
 
 
408 aa  576  1.0000000000000001e-163  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.339117  hitchhiker  0.000732384 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2144  cysteine desulfurase IscS  68.41 
 
 
406 aa  577  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00124025 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2373  cysteine desulfurase IscS  67.41 
 
 
406 aa  576  1.0000000000000001e-163  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.934758  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3999  cysteine desulfurase IscS  67.66 
 
 
406 aa  575  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.102036  normal  0.0133564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>